上午7点半左右，东海钓鱼岛附近海域出现了很多中国渔船。日本第十一管区海上保安本部（那霸）的“八重山号”巡视船的雷达，发现了这些渔船，称共有108艘。其中，16艘渔船进入钓鱼岛12海里领海内。日本巡视船以中国渔船进入所谓的日本“领海十二海里内”为由，要求中国渔船退出该海域。此时，中国渔船上的渔民用粉笔在木板上写出“这是中国的领土”、“我们有权在此作业”的大字，以示抗议。这种状况一直持续到晚上八点钟。此后，中国渔船多次进出钓鱼岛海域。日本方面提出：台湾方面曾有过这种行动，但中国方面这还是第一次。是否是因为追逐鱼群来到这里，还需要进行调查，如果继续侵犯日本领海的话，就要考虑向中国政府提出抗议。钓鱼岛事件由此发生。
     钓鱼岛及其附属岛屿自古以来就是中国的领土。因此，中国渔船出现在钓鱼岛海域，是完全合法的。但是，由于日本对中国的钓鱼岛及其附属岛屿怀有野心，故对此事反应强烈，不仅向中国方面提出交涉，有的日本政要还气势汹汹地提出：“为尖阁列岛（即中国钓鱼岛及其附属岛屿，下同）出现的事态感到非常担心，政府将对此进行调查，希望中国政府做出回答。”此外，还有人担心“从中国和越南在南中国海的西沙群岛的争端来看，尖阁列岛问题在将来终会成为重大的问题。”
     4月13日下午，日本外务省中国课课长田岛约见中国大使馆一秘宋文，要求中国渔船立即撤离，遭到宋文的严词拒绝。宋文义正言辞地向日方指出：“钓鱼岛等岛屿是中国的领土”。
     4月14日，日本外相园田直提出：和平友好条约的推进肯定会受到此事的影响……我觉得是中国方面错误地判断了事态，中方认为这样一来会再开和日本的谈判。中方对日方怀有误解。这种误解是双方的不幸。还有人提出，只要中国渔船“侵犯”领海事件得不到最终处理，就不能恢复中日条约谈判。甚至有人扬言：这次事件是“叫醒了睡着的孩子”，“自卫队是干什么吃的？为什么不出动？”……要使用武力“立即拘捕来犯的渔船”。
     同一天，日本驻华公使堂胁光郎就“钓鱼岛事件”向中国外交部亚洲司副司长王晓云表示“遗憾”。王晓云回答：（1）钓鱼岛是中国领土；（2）将要对有关事实进行调查。
     4月15日，中国副总理耿飚会见以田英夫为团长的日本社会民主联合访华团时，指出“这是一个偶然的事情”。耿飚说：“这几天，你们日本的报纸、广播，再加上苏联的挑拨，说这是中国有计划的行动。我可以肯定地告诉日本朋友，我们不是有意识、故意布置搞的，恐怕日本政府方面有人要借题把友好条约的缔结拖下去。至于钓鱼岛问题，是早已明确的，是我们的。你们说是你们的，双方有争议，何必现在去争，将来慢慢解决，现在挂起来，我们不会去挑起这个麻烦。台湾那么大的地方还没有收复，先去搞钓鱼岛没有这个必要。”耿飚进一步强调说，“这完全是一个偶然的事情，与中日签订和平友好条约毫无关系，我们没有别的要求，就是为了中日两国的友好。”耿飚的谈话本来是对事实的陈述和澄清，但是，却被一些别有用心者加以利用，有意借此事件破坏中日关系。