中轴两侧各平行纵向建有6座宫阙，称为东西六宫，是皇帝的后妃们日常生活起居之所。明初修建时，东六宫为长寿宫、长宁宫、永安宫、永宁宫、长阳宫和咸阳宫;嘉靖十四年(1535)，改为延祺宫、景仁宫、永和宫、承乾宫、景阳宫和钟粹宫。西六宫原为长乐宫、未央宫、万安宫、长春宫、寿昌宫和寿安宫;嘉靖十四年，改为毓德宫、启祥宫、翊坤-宫、永宁宫、储秀宫和咸福宫。东西六宫占地3万多平方米，布局规整、严谨，各宫院之间南北走向有二条长街，俗称一长街、二长街。东西走向的巷道纵横相连，巷口有巷门，街口有街门，井井有条，构成了12个相互独立的院落。每座宫院占地2500平方米，呈正方形，四周都是高墙，布局为两进院的三合院形式，由前殿、后寝、东西配殿组成，墙高院深，门户森严。

东西六宫在建筑格局上严格遵循封建正统思想的建筑模式。东西十二宫将代表“天”、“地”的乾清官、坤宁宫如众星捧月般的围在内廷的正中，清晰地反应出“王者必居其中”的营建思想。此外，东西六宫严格对称，各以一条长街为轴线，将六宫一分为二，各为三宫，形成了横二宫、纵三宫的建筑格局。在以乾清、坤宁两宫为中心横向排开的同时，又相对保持了各宫的纵向排列，相得益彰。每一宫的前殿、后寝以及配殿，为一正两厢，严格对称，间数、屋顶的形式也完全一致，就连各宫院内水井的位置也丝毫不差，西六宫的水井均在后寝的左前方，东六宫的水井均在后寝的右前方，严格的对称使得十二座宫殿整齐、规范、威严、宏伟。

此外，东西六宫在造型艺术方面，也颇具特色，一律采用飞檐斗拱的传统形式，宫顶饰以黄色琉璃瓦，金碧辉煌。内檐及窗棂点金彩画，描龙绘凤，栩栩如生，呼之欲出。各宫门前均建有琉璃影壁一座，不仅避免了内宫暴露无遗，又给人以幽深、神秘之感。清代，又在各宫内添建游廊，使之更加生动、活泼，整肃的宫殿和曲折的游廊互为映衬，相映成趣。

东西六宫基本上保持了明代的旧有风貌，清代，虽不时修缮，但多只限于局部的修修补补。清嘉庆年间，西六宫作了大规模的改动，使得东西六宫的整体布局发生了变化，严格的对称已经不复存在。

此外，内廷里还有供皇子们居住的乾东、西五所，皇太后居住的慈宁宫、寿康宫、寿安宫，太上皇居住的宁寿宫，众多的宫殿形成多座院落的组合。在宫殿建筑之外，还有皇家苑囿太液池，或称西苑，即现在的中南海和北海，以及御花园、戏台、藏书楼等文化娱乐、宗教活动等设施，数量繁多。

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