惟王变而霸道，德变而功利，此运会所趋，即祖宗亦不能不听其自变。（同上）
    夫子删书始自唐虞，以人治不复以天治，虽天地亦不能不听其自变。（同上）
    三代以上，天皆不同今日之天，地皆不同今日之地，人皆不同今日之人，物皆不同今日之物。（注：《魏源集·默觚·治篇五》。）
    既然现在的天、地、人物是从古时夏、商、周三代的天、地、人、物变化而来，那么，“变古愈尽，便民愈甚。”（同上）变化的根据就是把不合理的旧制度变革得越彻底，对人民的好处就越大。所以“执古以绳今，是为诬今；执今以律古，是为诬古。诬今不可以治，诬古不可以语学。”（同上）
    魏源认为那些“言必称三代”的人，是“读周、孔之书，用以误天下”，只能说是“庸儒”，流毒无穷。他说：“庄生喜言上古，上古之风必不可复，徒使晋人糠稗礼法而祸世教。宋儒专言三代，三代井田、封建、选举必不可复，徒使功利之徒以迂疏病儒术。”（同上）因此不能守旧泥古，而要变古因革。魏源认为今文经学，主要是西汉今文经学才能“承七十子微言大义”。他在论今文经学之复兴事出必然云：
    西经微言大义之学附于东京，东京典章制度之学绝于隋、唐，两汉训诂声音之学熄于魏、晋，其道果熟隆替哉？且夫文质再世而必复，天道三微而成一著。今日复古之要，由训诂声音以进于东京典章制度，此齐一变至鲁也，由典章制度以进于西汉微言大义，贯经术、政事、文章于一，此鲁一变至道也。（注：《魏源集·古微堂文稿·为刘礼部遗书序》。）
    魏源的今文经学思想有自己的鲜明个性。其“变易”主张更是直截了当、铿锵有力。魏源是在道光中叶，内部攘乱，外敌侵入之时倡言“变易”的。此时的时代环境已容不得动辄以经书为旨归，根据经书立论，围绕经书阐扬《春秋》之“微言大义”了。内忧外患，大敌当前，治经要“致用”才去作，“变易”是为了“经世”，以“救裨当世”。因此，魏源索性不拘泥于什么师法、家法，即不惑经崇上，也不泥守古方，直接上探西汉今文经学，即斥《毛诗》，又尊董氏（仲舒）。主张摆脱传注，直求经义，用自己的体会来解释经书，根据当时的形势，参考经籍，发挥经义。他说“故废谱而师心，与泥谱而拘方，皆非善弈者也。有变易之易而后为不易之易。”（注：《魏源集·默觚·治篇》。）他是为了议政言事借用今文，从明“今学之正”的。魏源以为六经“皆圣人忧患之书”，所以他和那些守家法、师法，为经学而治经学的考据正统派迥然不同。他比较强调口传微言大义对于《春秋》的重要性远胜于章句：
    《春秋》之有公羊氏也，岂第异于左氏而已，亦且异于谷梁。《史记》言《春秋》上记隐，下至哀，以制义法，为有所刺讥褒讳抑损之文不可以书见也，故七十子之徒口受其传指。《汉书》言仲尼没而微言绝，七十子丧而大义乖。夫使无口受之微言大义，则人人可以属词比事而得之，赵汸、崔子方何必不与游、夏同识；惟无其张三世、通三统之义贯之，故其例此通而笔碍，左支而右之出。……是故以日月名字为褒贬，公、谷所同，而大义迥异，则以谷梁非卜商高弟，传章句而不传微言，所谓中人以下不可语上者。此江公于董生齐名，而董生之业卒显欤！（注：《魏源集·公羊春秋论下》。）
    魏源的这一思想与经世派的主张一脉相承。林则徐自称四岁时就从父亲那里接受了“从之无以至章句、皆口授之”（注：《云左山房文钞》卷二。）的儒家启蒙教育。魏源认为以往的经学之教弊在使“经术之教”与“政事之教”相脱离、相分裂：
    自孔、孟出有儒名，而世之有位君子始自于外儒矣；宋贤出有道学名，而世之儒者又自外于学道矣。……《春秋》列国二百四十年，自郑人游乡校以议执政外无闻焉。功利兴而道德教化皆土苴矣。有位与有德，泮然二途；治经之儒与明道之儒、政事之循，又泮然三途。（注：《魏源集·默觚上·学篇九》。）
    而这种经学教育的结果，不可能导向“以实事程实功”，而只能导致轻视政事。他认为，轻事功无益于挽救民族危亡，因而主张“以经术为治术”，把治经引向“治世”。魏源揭露了科举制度禁锢天下智慧，颓坏士人志节。科举制度以功名利禄诱使知识分子钻研八股，以为进身之阶。这种人才选拔制度，不问真才实学，而以内容空疏的八股时文取士，“试文衡，试言职，试枢密，无非衡书艺之工敏，声律骈偶之巧丽，罔知朝章、国故为何物，其部曹观政，无非胥史文例是求，罔知漕、盐、河兵得失何在”（注：《魏源集·明代食兵二政录叙》。）。这种制度只能造就醉心功名利禄而不关心民众疾苦，只知舞文弄墨而不懂得国计民生的昏庸空虚的鄙夫。魏源直接把矛头指向了以《四书》、《五经》为范围的八股取士制度，认为：
    其造之试之也，专以无益之画饼，无用之雕虫，不识兵农礼乐工虞士师为何事；及一旦用之也，则又一人而遍责以六官之职，或一岁而遍历四方民夷之风俗；举孔门四科所不兼，唐、虞九官所不摄者，而望之科举兔册之人。（注：《魏源集·默觚·治篇一》。）
    魏源提倡“通经致用”，反对理学家迂阔空疏的心性修养及治学方法，指出：汉学“争治训诂音声，瓜剖釽析”，“锢天下聪明智慧，使尽出于无用之一途。”（注：《魏源集·武进李申耆先生传》。），而宋学只会“使其口心性，躬礼义，动言万物一体，而民瘼之不求，史治之不习，国计边防之不问，……无一事可效诸民物。”（注：《魏源集·默觚·治篇一》。）可见他的反对汉学和宋学，是因为他们或则脱离实际，或则空疏无用，不能援经以经世，用以变革。他认为讲求经世致用，才是当前之急务。魏源对迂腐的俗儒进行了猛烈抨击：
    工骚墨之士，以农桑为俗务，而不知俗学之病人更甚于俗吏。托玄虚之理，以政事为粗才，而不知腐儒之无用亦同于异端。彼钱谷薄书，不可言学问矣，浮藻饾饤，可为圣学乎？释、老不可治天下国家矣，心性迂谈可治天下乎！（同上）