按，宣政院既“掌释教僧徒及吐蕃之境而隶治之”，其前身为至元初年设置的总制院。总制院亦“掌浮图氏之教，兼治吐蕃之事”。（注：见《元史》卷205，《桑哥传》。）则宣政院的设置， 是元朝对以吐蕃为主的西部各民族地区民族政策与宗教政策的具体体现。元人朱德润说：“国家混一区宇，而西域之地尤广，其土风悍劲，民俗尚武，法制有不能禁者，唯事佛惟谨，且依其教焉。以故自河（按，黄河）以西直抵吐蕃，……其军旅、选格、刑赏、金谷之司，悉隶宣政院属，所以控制边陲屏翰畿甸也。”（注：见《存复斋文集》卷4， 《行宣政院副使并行诗序》；转引自罗贤佑《元代民族史》，第327页。 ）这段话对元朝设置宣政院的意义和目的都说得很清楚。
    元朝设宣政院，与中书省、御史台、枢密院并列为元朝中央政权中的四大机构。宣政院既负责管理全国佛教事务，又直接统辖西部以吐蕃为主的各民族地区，西部各民族地区的军政、民政、财政大权都归宣政院掌握。而宣政院的用人与行政原则体现了政教合一的特色。这是为了适应以吐蕃为主的西部各民族地区的现实生活状况。在名义上，由吐蕃中最大的宗教首领“帝师”总领宣政院事，以避免引起民族矛盾。而宣政院的实际负责官员是院使，其为长者例以朝廷重臣担任。第一任总制院、宣政院使桑哥是吐蕃人。《元史·桑哥传》说：“桑哥，胆巴国师之弟子也。”是佛教徒。“至元中，擢为总制院使。……桑哥又以总制院所统西蕃诸宣慰司，军民财谷，事体甚重，宜有以崇之，奏改为宣政院，秩从一品，用三台银印。世祖问所用何人，对曰：‘臣与脱因。’于是命桑哥以开府仪同三司，尚书右丞相，兼宣政[院]使，领功德使司事，脱因同为使。”忽必烈以吐蕃佛教徒桑哥为尚书右丞相兼宣政院使，表明了他在对待以吐蕃为主的西部各民族地区民族政策和宗教政策的正确。接着便在吐蕃地区出现叛乱，乃由桑哥直接出面处理，顺利地解决了问题。《汉藏史集》即说：“当桑哥新被委任为宣政院官员时，上师（按，指总领宣政院的八思巴）返回萨迦，由于本钦贡噶桑布（按，本钦，藏语为长官或大官之意，贡噶桑布为萨迦第二任本钦）作了背信弃义之事，有人将此事奏报到朝廷。皇帝因为朝廷与萨迦派的关系特别重大，决定加以帮助，遂派大臣桑哥为首，领蒙古大军前往查究。桑哥启奏道：‘吐蕃乌思藏地方山谷险峻，难容大军。’皇帝说：‘以蒙古大军七万，再加朵甘思、朵思麻之军，总共十万，可否？’桑哥答道：‘足可使其驯服，请照此颁诏。’皇帝依此下诏。讨伐之军启程，至伍由梅朵珑时，欲选择地势开阔处，取道拉襄进军。至恰米仲时，有名叫洛本洛追桑布的上师八思巴的司茶侍从，是大臣桑哥的好友，前来营中慰劳，赠送礼品。他提议大军绕道朗卓，故蒙古军改变进军方向，先攻下朗卓康玛土城，（朗卓康玛土城当在今西藏自治区日喀则专区康马县境内，康马县在江孜县以南，看来此次蒙古军采用了从南路包抄、出其不意而攻占江孜的战术，所以能很快生擒贡噶桑布，平定乱事-原译注。）然后以炮火猛攻吉祥甲若仓之城，（甲若仓一些书中作甲若宗，在今西藏自治区日喀则专区江孜县境内-原译注。）使贡葛桑波伏法，大军之任务完成。由于对上师和大小寺院的崇敬和信仰之力，桑哥到了萨迦，修建了东甲穷章康，其门楼的样子采用汉地风格，并表示今后还要来拜望上师。然后，讨伐大军返回。在蚌波岗，由尼玛兖和达尔格为首，抽调精兵，留下一百六十名兵士，担任达玛巴拉大师的警卫队。又从七个蒙古千户的军队中，抽调七百人，担任警戒西路蒙古（按，指察合台汗国和窝阔台汗国）的哨所的驻军。在南木官萨地方，留下以乌玛尔恰克为首的蒙古军四百。以多台为首的巴、拉克的军队留驻塞日绒地方。卫普尔的军队，留驻甲孜、哲古、羊卓等地方，镇摄冬仁部落。（据说元代有一些从喜马拉雅山南麓北移的部落，抢掠江孜、山南的南部地区，这些部落被称为冬仁部落-原译注。）多尔班土锦的军队留驻当雄那玛尔、朗绒等藏北草地，以保障各个寺庙的安全，这也是桑哥的恩德。”因为桑哥既是吐蕃人，又是藏传佛教徒，更是元朝廷的尚书右丞相兼宣政院使，由他率领军队镇压乌思藏地区的叛乱，既避免了民族形式的对抗，更得到吐蕃人的支持，这就巩固了民族团结而又加强了元朝在乌思藏吐蕃地区的统治。
    宣政院设在元朝中央而直接统辖以吐蕃为主的西部各民族地区，是政教合一的组织机构，它由常驻元朝廷中央的吐蕃宗教领袖“国师”、“帝师”总领。《元史·释老传》说：“元起朔方，固已崇尚释教，及得西域，世祖以其地广而险远，民犷而好斗，思有以因其俗而柔其人，乃郡县土番之地，设官分职，而领之于帝师。乃立宣政院，其为使位居第二者，必以僧为之，出帝师所辟举，而总其政于内外者，帅臣以下，亦必僧俗并用，而军民通摄。于是帝师之命，与诏敕（按，元朝皇帝的命令）并行于西土。百年之间，朝廷所以敬礼而尊信之者，无所不用其至。虽帝后妃主，皆因受戒而为之膜拜。正衙朝会，百官班列，而帝师亦或专席于坐隅。而每帝即位之始，降诏褒护，必敕章佩监络珠为字以赐，盖其重之如此。”而领宣政院的“帝师”、“国师”则基本上是由乌思藏萨迦派佛教领袖沿袭充当。《元史·释老传》说：“帝师八巴者，土番萨斯迦（今西藏日喀则市萨迦县）人，族款氏也。相传自其祖朵栗赤，以其法佐国主霸西海者十余世。八思八生七岁，诵经数十万言，能约通其大义，国人号之圣童，故名曰八思巴。……岁癸丑（1253），年十五，谒世祖于潜邸，与语大悦，日见亲礼。中统元年（1260），世祖即位，尊为国师，授以玉印。……至十一年（1274），请告西还，留之不可，乃以其弟亦怜真嗣焉。……亦怜真嗣为帝师，凡六岁，至元十九年（1282）卒。答儿麻八剌（乞列）[剌吉塔]嗣， 二十三年（1286）卒。亦摄思连真嗣，三十一年（1294）卒。乞剌斯八斡节儿嗣， 成宗特造宝玉五方佛冠赐之。元贞元年（1295），又更赐双龙盘纽白玉印，文曰：‘大元帝师统领诸国僧尼中兴释教之印。’大德七年（1303）卒。明年（1304），以辇真监藏嗣，又明年卒。（都）[相]家班嗣，皇庆二年（1313）卒。相儿加思[巴]嗣，延祐元年（1314）卒。二年（1315），以公哥罗古思监藏班藏卜嗣，至治三年（1323）卒。旺出儿监藏嗣，泰定二年（1325）卒。公哥列思八冲纳思监藏班藏卜嗣，赐玉印，降玺书谕天下，其年卒。天历二年（1329），以辇真吃剌失思嗣。”“帝师”、“国师”称号是由元朝皇帝封赐的，他所领的宣政院又是元朝中央政府的四大政权机构之一。“帝师”、“国师”既是西部各族中的宗教领袖，又是元朝中央的政府官员。所以，凡颁行西部各族地区的政令，必先书皇帝“圣旨”，后书“国师”法旨。例如：
    皇帝圣旨里：
    八思巴法旨：
    教谕萨迦所属大小人众：
    却顶寺所辖之僧人们，敬奉上夭位坐着，无论何人俱不得征派兵役、赋税、劳役三者，不得征收商税，不得索要饭食及乌拉差役，不得在寺院住宿。（该寺）先前所有的普扎巴黑、达如苏东面的噶如苏、茫龙，下面的拉热萨，西面的沙沙由、索唐之间的萨尔甲等地；却顶寺及邬金却丹普，甲日普波且、毕日邦桑等四座寺院及静修地等；色马四院房舍、却莫林四院房舍、冬磋四院房舍、郭孟四院房舍等四处四院房舍；以上所列（地方、寺院、房舍），任何人都不得夺占、收取、不准欺凌。凭执的文书，于兔儿年（1267，藏历为火兔年）十月十五日写于当宁地方。（注：据狄特·舒：《西藏印谱学》，第346～348页，藏文影印件译出，转引自《西藏地方是中国不可分割的一部分》（史料选辑），第61页。）