新疆区党委根据上述一系列指示精神，结合新疆实际，决定在新疆不专门搞宗教制度改革运动，对宗教制度的改革结合各项中心工作用和平方式逐步进行。在社会上也不公开提宗教制度改革的口号，而是响亮地提出反对宗教界坏人坏事，废除宗教封建特权和压迫剥削这一口号。1959年2月，新疆第七次统战会议专门研究了新疆少数民族宗教制度改革问题。会议提出，改革的方法是结合各项工作进行，也可发生某个问题时解决某个问题，也可召开宗教人士座谈会协商解决，通过宗教界的进步分子去宣传。但不专门搞宗教制度改革运动（注：自治区党委第七次统战会议文件，新疆维吾尔自治区档案馆藏。）。6月6日，新疆区党委又就新疆少数民族宗教制度改革提出四条具体意见：第一，反对简单急躁的做法和一扫而光思想，采取逐步削弱的办法进行。第二，进行的步骤是先党内后党外、由干部到群众、自上而下、逐步扩大，不规定统一的时间表。第三，今年开始在党内、大专院校、县以上干部中进行无神论教育，在群众中只是全面地宣传宗教信仰自由政策，需要指出的是无神论教育是个长期的思想教育过程。第四，不搞强迫命令，凡广大群众不能接受的事，不要勉强去做（注：《关于当前阶级斗争和统战工作问题》（1959年6月6日），新疆维吾尔自治区档案馆藏。）。
    从1958年下半年至1960年底，新疆在继续执行宗教信仰自由政策的前提下，结合整顿人民公社、社会主义和共产主义教育运动及工农业、科教文卫事业的发展，首先在党内进行无神论教育，帮助共产党员划清共产主义同宗教信仰的界限，同时在宗教上层开展反对坏人坏事的斗争。然后，逐步废除宗教的一切封建特权，废除寺院的生产资料所有制和高利贷、无偿劳役等剥削制度，教育引导宗教界人士自食其力。不提倡修寺院，对寺院适当合并，但对寺院不人为地拆除和占用。寺院不得强迫信教群众封斋和出家当喇嘛，要允许出家喇嘛有还俗自由，但对信教群众自愿封斋和出家当喇嘛也不禁止。禁止寺院敲榨勒索信教群众财物，但对信教群众自愿给予寺院和宗教人士布施的行为也不干涉。废除寺院的封建管理制度，组成新的寺院民主管理委员会加以领导。通过以上作法，逐步地完成了以废除封建特权和压迫剥削为主要内容的少数民族宗教制度改革。
    在这里需要指出的是，虽然新疆少数民族宗教制度改革的成绩是主要的，但由于受当时“左”的错误影响，个别地方在具体进行过程中也发生了一些偏差和扩大化错误，如有的地方干涉和限制了信教群众正常的宗教活动，开展了不作礼拜、不封斋的签名运动；有的地方没收经文书籍、拆除寺院，还召开现场会议推广这种作法；有的地方寺院合并过多，保留下来的寺院被人民公社、生产队占用；有的地方甚至乱挖“麻扎”（墓地）来积肥；个别地方甚至混淆了宗教封建特权、宗教信仰和民族的风俗习惯。
    纵观50年代党处理新疆少数民族宗教问题的实践，可以得出以下结论：党对新疆少数民族宗教问题的处理具有慎重、稳妥、灵活的特点，既成功地达到了目的，又没有引起大的震动，还使新疆各族人民得到充分享受宗教信仰自由的权利，这在历史上是从未有过的。从总体和全局上看，50年代党对新疆少数民族宗教问题处理的主流是健康的，政策是正确的，工作是稳健的。进行宗教制度改革时，在具体执行中有过某些“左”倾之举，发生过一些偏差，但那仅是局部和个别的，很快得到了纠正。
    需要特别指出的是，50年代党对新疆少数民族宗教问题的处理使当地少数民族宗教状况发生了很大变化，主要表现为：第一，随着宗教封建特权和压迫剥削制度的废除，新疆少数民族宗教摆脱了为反动阶级控制利用的工具地位，成为纯属个人信仰的行为和思想问题。第二，政教分离原则得到了较好体现，新疆原先存在的宗教经常干预行政、司法、婚姻、教育的普遍现象逐步变成不时发生的个别现象。第三，新疆各民族全民信教状况和广大群众的宗教观念发生了变化，就民族而言，新疆各民族中出现了相当数量的不信教群体，逐步改变了实际生活中民族和宗教不分的情况。就个人而言，原来只有信教自由的权利而没有不信教自由的权利，现在则有了个人选择的权利，即拥有了不信教自由的权利。第四，新疆少数民族宗教界有了一批拥护中国共产党领导、拥护社会主义，具有一定宗教知识素养的宗教学者和宗教职业者，成为党和政府联系信教群众、贯彻执行党的宗教信仰自由政策的可信赖力量。第五，教育党员划清了共产主义同宗教信仰、无神论同有神论的界限，澄清了他们对宗教问题的许多糊涂观念，从而纯洁了少数民族党员的党性，进一步提高了新疆各级党组织的战斗力。