第三，提出了史料处理的基本原则。
    史料指治史活动中所用的资料。其有实物的，如古迹、文物等；有口传的，如传说、访问、民歌等；大量是文字的，如各种著作、文献、铭刻等。孔子整理《六经》，以文字资料为主，辅以其他两种。处理这些史料的原则有二，即详近略远，多闻阙疑。
    历史发展由低到高、由粗到精、由简到繁，史料亦反映了这种发展趋势；时间越久远，史料越简单粗陋。加之流传中的损坏丢失，可用程度自然递减，所以采用详近略远的原则，实为客观条件使然。但作为一条处理史料的原则，其中更有深意在，即越相近的历史现象，对现实越有可比性与参照意义，给人的启迪也越贴切深刻。故详近略远的原则，既为客观所限，也为主观所选。孔子对《尚书》与《春秋》的整理，便依用了这一原则。《尚书》史料跨度长达二三千年，而《春秋》只记录了242年的史事，采用史料按时间比例，则是前少后多，前者只作汇编，而后者正经做了一番删削，赋予了作者的褒贬大义，就中可见孔子的详近略远，不只是采用史料多少的不同，更是重视程度之不同。
    当然，史料采用多少，是反映重视程度，但夏商西周史料的残缺，春秋记注的违误，也使孔子在重视程度之外，产生另一条处理史料的原则，即以谨慎态度取“多闻阙疑”的原则。孔子曾说：“吾犹及史之阙文也。”（《论语·卫灵公》）这些“阙文”使孔子深感印证史事的无奈，他感叹地说：“夏礼吾能言之，杞不足征也；殷礼吾能言之，宋不足征也。文献不足故也，足则吾能征之矣。”（《论语·八佾》）为此，他曾与弟子们做过多方搜求和考证，但除反映近现代的百二十国宝书外，其他仍所获无几，故“多闻缺疑”的原则仍十分必要，其中的道理，他在回答子张问如何求得福禄时作了说明：“多闻阙疑，慎言其余，则寡尤；多见阙殆，慎行其余，则寡悔。言寡尤，行寡悔，禄在其中矣。”（《论语·为政》）意为要使言行减少过错，必须多闻多见而慎言慎行，如此则可保泰平安。这是他平素作人治学的一贯原则，具体到治史活动中，便是多方搜求而谨慎使用，把握不大的便“阙疑”。对那种“是非无正，人用其私”（《汉书·艺文志》）的轻率态度，孔子向来反对，曾说：“盖有不知而作之者，我无是也。”纠正的办法是“多闻，择其善者而从之；多见而识之，知之次也”（《论语·述而》）。这一原则运用到《尚书》的整理中，便是“举其宏纲，撮其机要”（孔安国《尚书序》），避开无可证实的传说人物，断自尧舜而迄于周，从上千多篇古文献中仅选百篇成书，其余则保留。故后人在其删余中又选编了《逸周书》，其信实程度显然又差了些。
    这一原则运用到对《春秋》的删订，则更加严谨。当时的“赴告策书，诸所记注，多违旧章”（杜予《春秋左氏传序》），孔子考订其真伪，将有教化意义的存留，有害之文刊正，而把握不准的则“阙之”。对此，顾炎武在《日知录》卷四“所见异辞”条中做过分析：“国史所载，策书之文，或有不备，孔子得据其见以补之，至于所闻，则远矣；所传闻，则又远矣。虽得之于闻，必将参乎以求其信，信则书之，疑则缺之，此其所以为异辞也。”这里主要讲孔子对缺文的处理原则，即凡是亲身见到的，才用之以补充原书，而对“所闻”、“所传闻”的，则要认真地“参乎以求其信”，然后“信则书之，疑则缺之”，区别对待而已。正由于如此审慎，《春秋》比之于先秦诸子、诸史，都要信实得多。绝少荒诞无稽之谈，又无占卦卜筮之虚玄，所记史实相当准确。仅以日蚀记载看，37次中有36次准确。如不是严守“多闻阙疑”的原则，是达不到如此效果的。
    孔子处理史料的审慎态度，为后世史家所继承，形成治史的又一优良传统，保证了我国史著工作的严肃性和科学性。这种审慎的治史原则，也使史家所阐发的历史理论，有了可靠的史料依据，使史著更具科学的学术价值。这一点，也是固守政务、受制于当权者的史官不容易达到的。因此可以说，孔子首开私人治史的方式，为史料的科学处理也创造了条件，而史料的信实，又保证了我国史学的健康发展。
    第四，首开史义的窃取方式。
    孔子治史与以往史官治史的一个重要区别，是对史义的取舍主体不同。孔子自称其治《春秋》是“其义则丘窃取之矣”（《孟子·离娄下》）。显然，孔子之外的史官治史，史义是公定的，并非出自著书者个人。史官遵循怎样的取舍标准？已无明确说法，但从文献的片言只语中，似可窥其端倪。《汉书·艺文志》说：孔子“以鲁周公之国，礼文备物，史官有法，故与左丘明观其史记”。此处之“史官有法”，显然是一种著史的成例。关于这种成例，《左传》中屡有提及，如庄公二十三年之“君举必书，书而不法，后嗣何观”；僖公二十四年之“不书，不告入也”；成公三年之“非礼也，勿籍”等等，均说明古史官记事有一定成例。这些成例，既是记事的规矩，也是衡量史官的标准。如《左传》宣公二年孔子称赞董狐为“古之良史”，其衡量的标准便是“书法不隐”，此“书法”之内涵实由董狐敢于直书“赵盾弑其君”一事生发而来。赵盾身为正卿，“亡不越境，反不讨贼”，董狐以之违背了维持等级秩序的君臣大义，按书法成例，便要负“弑君”之罪，这一记载，严明了为臣的职责，又尽到了史官的责任，故孔子称之为“良史”。此处之书法，显然指史官应当遵循的、对史事义理取舍的原则。