尽管在国会中失去了大部分议席，进步党并没有销声匿迹，这是因为，进步党的班底是战前的民政党和政友会的中岛知久平派，这些党派有着较为固定的地盘，进步党以这些传统的、长期积累的地盘为基础，得以维持下来。但是，整肃使进步党的性质发生了变化。因为假如没有整肃，战前的这些保守政治势力很可能纠合成一股强大的统一的势力，而通过整肃，只保留了其中的自由主义势力，从而使进步党从一个极右的保守政党转变为一个自由主义政党，党的领导人也由于整肃换上了一批新人。
    日本自由党的前身是战前的政友会，发起人是战前属于政友会的鸠山一郎。整肃中自由党虽失去了一批重要人物，但比起进步党来损失要小得多。自由党在整肃中损失较小的主要原因是建党时比较慎重，党内有战争嫌疑的人物和不适应新民主体制的人物较少。
    尽管如此，在整肃第一阶段，自由党46名众议院议员，仍有28名被解除公职，其中不少是建党时的有功之臣。但总裁鸠山一郎和干事长河野一郎暂免于此难，同时，那些自由主义派议员也多半留了下来。总之，在整肃第一阶段，自由党的基本性质和阵容没有太大变化，没有出现象进步党那样全面重建的局面。党的领导人还是原班人马，加之由于进步党溃不成军，自由党在1946年大选中一举跃升为第一大党，由原来的46席增加到140席。
    社会党在整肃中损失不大，成立时26席，只有3人被解除公职， 而且整肃对象是党内右派，这反倒更增加了其大众政党的形象。社会党的基础是战前的社会民主政党，这些政党战前和战争期间，一直主张国家社会主义，1940年前后均被迫解散，战后不久，原社会民众党系统的西尾末广等人开始着手组党工作，联合“日本无产党”、“日本劳动者农民党”和“社会民众党”三个主要政党的成员，于1945年11月2 日成立日本社会党。所以从总体上讲，对保守阵营的整肃，对社会党是有利的，1946年大选时，社会党由原来的17席一跃而增至92席。
    协同党是战后成立的新党，在日本主要政党中，也是受整肃影响较大的一个政党，在所属27名议员中，除2人外全部被解除公职。 协同党与自由党、进步党不同，与战前的旧政党没有直接联系，其主要成员是一些代表地主、富农和中小工商业者利益的保守势力，是一个挂着民主招牌的保守政党。整肃有助于该党进行政策上的调整，1946年大选时获得14个议席。大选后为了扩大党的势力，于1946年5月25 日改名为国民民主党，1947年3月8日，又与国民党（1946年9月25 日成立）合并为国民协同党。〔16〕
    日本共产党创建于1922年7月， 成立后长期遭受日本军国主义和法西斯势力的残酷镇压，处于非法地位，德田球一等领导人被关押长达18年之久。日本战败后不久，德田球一等人出狱，随即于1945年12月1 日重建日本共产党，高举反战、民主的大旗继续进行斗争，因此，整肃与日共无缘是理所当然的。
    但是，1948年以后，随着美国对日政策的转变，整肃性质发生了变化，矛头公然指向反抗占领军的“破坏活动”，日本共产党成为被整肃对象，这就是所谓“红色整肃”。1949年以后，吉田内阁与美国占领当局相呼应，不经议会通过，便以政令形式擅自公布了《团体等规正令》，吉田茂直言不讳地称该法令“是以作为政治团体的共产党为对象的”。〔17〕“规正令”禁止一切政党及群众团体的秘密活动，迫使日共交出领导人和10余万党员的名单。结果朝鲜战争前夕美军和吉田内阁根据这一名单对日共采取了镇压行动，大批日共党员被解雇，工会干部也遭到镇压，1949年2月至1950年的一年内，10,546个企业共解雇了50 万职工，从此，工人运动进入低潮，直至1952年。日本工人运动史上称这一时期为“黑暗的峡谷时期”。〔18〕
    “红色整肃”给日本共产党以沉重打击，1950年6月，24 名中央委员和17名“赤旗”报编辑被整肃，随后又以“报道失实”为名命令“赤旗”报停刊，7月18日，警察又命令日共所有报刊全部停刊，1名日共议员因批判麦克阿瑟而遭整肃，8月30日， 日本政府又强行解散了日共系统的“全日本劳动者联合会”。这样，日本共产党在开始整肃到1951年9月旧金山媾和会议召开的16个月内，共失去了62名高级干部， 日共众议院议员由36人减少到23人，9 名被整肃的日共党员因继续从事政治活动而被当局列为缉捕对象（其中1人被捕）， 使党的组织受到严重破坏，合法活动不能开展，只好转入地下活动。〔19〕
    几乎是在开展“红色整肃”的同时，“解除整肃”的工作便开始了。如前所述，从1948年5月以后的两年多时间内，共恢复了10,090 人的公职，其中包括犬养健、鸠山一郎、石桥湛山、河野一郎、平野力三等知名政治家。至1951年9月以前，除14名日共党员之外，1946年4月以后被整肃的国会议员全都恢复了公职，其他在战争期间为军国主义效劳的政治家也绝大部分解除了整肃。经过分化组合，进步党——民主党的一部分人归属于自由党，民主党和国民协同党的一部分组成为国民民主党，这样，作为自由民主党的前身，自由党和民主党的雏形基本上趋于形成。在社会党内，随着社会党右派的被解除整肃，党内右派势力增强，导致党内矛盾激化，从而在组织上正式分裂为左派社会党和右派社会党。
    综上所述，整肃对战后日本政党的形成与走向产生了多方面的影响。
    整肃计划的全过程分为前后截然不同的两个时期，即前期的整肃和后期的“解除整肃”及“红色整肃”，大约经历了6年的时间， 到1951年8月，整肃计划全部结束。 这两个时期对日本的政党及政党体制都产生了影响。前期的影响是显而易见的，后期的影响则随着时间的推移，通过几次大选结果而逐渐表现出来。
    整肃计划的对象虽然是针对个人而不是政党组织本身，但对日本战后政党体制的发展还是产生了重要影响，一般地说，这种影响是间接性的。
    通过整肃，剥夺了1945年以前积极参与日本侵略扩张政策的人物的参政资格。这些老牌政治家遭整肃后，一批新人填补了日本政治的空白，这些新人虽然缺乏从政经验，但对发展战后民主政治是有利的因素，使日本各政党朝着比较自由、民主的方向发展。 例如， 在建党之初的1945年，在两大保守党中，自由党比进步党更为进步一些。但到1951年，情况就发生了逆转，民主党（前身为进步党）又超过了自由党。这不是说自由党内保守倾向增强，而是因为民主党内部发生了较大的变化，通过整肃，积极支持战前扩张主义政策的保守势力从公职和党的重要岗位上被开除出去，党的管理运营被一批自由主义者取而代之。当然，自由党也在变，这也是由于整肃带来的间接影响。鸠山被整肃后由吉田取代，自由党的党人派主导权被剥夺，起用了大批新人，这样，自由党开始从职业政治家的政党逐步向官僚政党变化。
    社会党的情况是，被整肃的人中右派多于左派，所以，通过整肃，左派在党的领导层中的影响增强，除此之外，党的性质并没有因为整肃而发生根本变化。