万历十五年(1587年)，都察院左都御史辛自修奏：“白莲教、无为教、罗教，蔓引株连，流传愈广，踪迹诡秘。北直隶、山东、河南颇众。”万历二十五年刑部侍郎吕坤奏称：“白莲结社，遍及四方，教主传头，所在成聚。倘有招呼之首，此其归附之人。”万历四十三年，白莲教发展至高峰，“近日妖僧流道聚众谈经，醵钱轮会。一名涅槃教，一名红封教，一名老子教。又有罗祖教、南无教、净空教、悟明教、大成无为教，皆讳白莲之名”。
     清入关后，白莲教增加了许多支派，如老官斋、八卦教，其名目繁多，加上旧有支派，竟高达百余种，教义更加芜杂。清朝的白莲教徒以反抗为己任，倡言“日月复来”，举起反清复明的旗帜，从而遭到清朝镇压。
     清顺治、康熙、雍正、乾隆时期，白莲教活动频繁。到了乾隆后期，清朝国力日衰，是白莲教鼎盛时期，在东北和南方各省广泛流行，其中又以大乘教流行最广。乾隆三十九年(1774年)清水教徒王伦聚众起义。
     嘉庆年间白莲教与地方人民结合，引发川楚教乱颇伤清朝国力。嘉庆年间的白莲教起义，前后持续了9年零4个月，最早参加者多为白莲教徒。参加的人数多达几十万，起义爆发于四川、湖北、陕西边境地区，斗争区域遍及湖北、四川、陕西、河南、甘肃5省，甚至还波及到湖南省的龙山县。白莲教起义军在历时9年多的战斗中，占据或攻破清朝府、州、县、厅、卫等204个，抗击清政府从全国16个省征调的兵力，歼灭了大量清军，使清军损失一、二品高级将领20多人，副将、参将以下的军官400多人。清政府为镇压起义，共耗费白银2亿两，相当于当时清政府5年的财政收入。从此，清王朝从所谓“隆盛之世”陷入了武力削弱、财政奇黜的困境，迅速跌入没落的深渊。

     之后1813年天理教之乱是最后一次白莲教名义的叛乱，之后逐渐消失于历史。
     1898年，山东义和团之扶清灭洋运动的主要团队、有部分追溯起源于白莲教的分支派八卦教。根据清末学者劳乃宣考证，义和团起源于白莲教。但义和团的信仰主要为中国主流文化信仰，如义和团提出的保“华教”、反“洋教”，华教主要是尊孔教、讲人伦、祀祖宗、尊玉皇、拜关帝、诵观音、念弥陀等这些民间主流的三教合流信仰，但偏激极端，并不全然同于白莲教。但不可否认，包括义和团在内的许多民间宗教与团体，都与白莲教息息相关，他们有着相似的信仰及传说，通常以“无生老母”为主神，以弥勒佛救世为号召。
     白莲教作为一种宗教概念，包括的内容很广。可以说它是一千多年来，发生在中国这块古老土地上的各种“异端”、“左道”、“邪教”的总括，是佛教、道教以外的重要的民间宗教。反映的是中国下层社会百姓的生活、思想、信仰和斗争，在中国农民战争史上充当着重要的角色。
     白莲教教徒的主要特征是烧香、诵偈(即宝卷)，信奉弥勒佛和明王。他们的经典有《弥勒下生经》、《大小明王出世经》等等。为了适应下层百姓白天劳动的实际情况，白莲教徒多是“夜聚晓散”，愿意入教的人不受任何限制，不分贫富、性别、年龄，男女老少只要愿意均可加入，“男女杂处”。到了明末清初，白莲教逐渐在教理方面趋于完备，教义也更加体系化。
     白莲教教义认为：世界上存在着两种互相斗争的势力，叫做明暗两宗。明就是光明，代表善良和真理;暗就是黑暗，代表罪恶与不合理。这两方面，过去、现在和将来都在不断地进行斗争。弥勒佛降世后，光明就将最终战胜黑暗。这就是所谓“青阳”、“红阳”、“白阳”的“三际”。教徒们侍奉“无生老母”，信奉“真空家乡，无生老母”的八字真言。无生老母是上天无生无灭的古佛，她要度化尘世的儿女返归天界，免遭劫难，这个天界便是真空家乡。无生老母先后派燃灯佛、释迦牟尼佛、弥勒佛下界。他们分别在不同时期内统治人类世界。
     青阳时期是由燃灯佛统治的初际阶段，那时还没有天地，但已有了明暗。明系聪明智慧，暗系呆痴愚蠢。
     红阳时期是由释迦牟尼佛统治的中际阶段，那时黑暗势力占上风，压制了光明的势力，形成“大患”，这就是所谓“恐怖大劫”的来临，这时弥勒佛就要降生了。经过双方的决斗，最后光明驱走了黑暗。
     白阳时期是由弥勒佛统治着的后际阶段，明暗各复本位，明归大明，暗归极暗。
     初际明暗对立，是过去。中际明暗斗争，是现在。后际明暗各复本位，是未来。教首们宣传，人们如果信奉白莲教，就可以在弥勒佛的庇佑下，在大劫之年化险为夷，进入云城，免遭劫难。待彻底摧毁旧制度，破坏旧秩序后，即可建立新的千年福的境界，那时人们就可以过安居乐业的好日子了。
     白莲教认为现阶段(即中际)，虽然黑暗势力占优势，但弥勒佛最后一定会降生，光明最后一定会战胜黑暗。它主张打破现状，鼓励人斗争。这一点吸引了大量贫苦百姓，使他们得到启发和鼓舞。加上教首们平日的传授经文、符咒、拳术、静坐以及用气功为人治病等方式吸收百姓皈依，借师徒关系建立纵横联系。
     白莲教的教主和首领们利用白莲教经文中反对黑暗，追求光明，光明最终必将战胜黑暗的教义，宣传“大劫在遇，天地皆暗，日月无光”，“黄天将死，苍天将生”，“世界必一大变”。他们还号召信徒以四海为家，把教友关系看成是同生父母的兄弟姊妹关系，号召教友之间互通财物，互相帮助，男女平等。这些口号直接反映了广大农民的利益和迫切要求，因此对贫苦农民有极大的吸引力，发展非常迅速，在当时成为一股巨大的社会力量。一旦遇到有野心的教主或者灾荒年份，白莲教的教主和首领们总是迫不及待的造反或者起义，其主要原因就是手中掌控有巨大的实力，而且很多农民起义由于自身知识水平的不足，提不出更好的口号，于是也借用白莲教来吸引人心，这也是为什么白莲教一直处于造反的原因。
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