1905年，侠士吴樾身怀炸弹，在北京正阳门东站炸伤出国考察宪政的五大臣。这一事件轰动全国，振奋人心，土制炸弹从此成为激进革命者的首选利器。中国同盟会组织了一个专司暗杀之职的部门--实行部，方君瑛“智深勇沉，可属大事”，被众侠士推举为部长，主要成员有吴玉章、黄复生、喻培伦、黎仲实和曾醒等人。当时，中国同盟会中第二号人物黄兴在横滨设立了一个制造炸药的秘密机关，聘请俄国人为教授，喻培伦擅长化学，主持研制。中国同盟会中的女会员秋瑾、方君瑛、陈撷英、林宗素、唐群英、蔡蕙、吴木兰都是学员。

以今人的眼光去看，这些女革命家学习暗杀行动的重要步骤，岂不是与当今中东和中亚恐怖组织的“黑寡妇”毫无二致?她们的行为果然是正义的吗?这个问题应该如此分析:“黑寡妇”将打击目标锁定为无辜平民，她们的恐怖行为所伤害的并不是民主、自由的天敌，因此这些视死如归的恐怖分子犯下的是不可饶恕的反人类、反人性、反文明的大罪。中国同盟会中致力于暗杀活动的侠士则截然不同，他们针对的仇敌是铁血专制政权的鹰犬爪牙，他们竭力避免殃及无辜平民，有时为了精确打击，行动计划一变再变，终告流产。1907年7月6日，徐锡麟开枪击毙安徽巡抚恩铭。1912年1月26日，彭家珍掷弹炸死宗社党头目良弼。与吴樾的暗杀行动如出一辙，他们的狙击目标均十分明确，针对的是专制政权的鹰犬爪牙，未曾殃及无辜平民。

方君瑛与一些职业革命家有明显的不同之处，一方面她致力于反清大业，另一方面她主张“力学救国”，黾勉于学业。她兼顾二者，无所偏废。经过三年苦学，方君瑛毕业于日本高等女子师范学校。1908年，方君瑛与喻培伦、黄复生、黎仲实、汪精卫、曾醒、陈璧君七人组成暗杀团，将秘密机关设于香港黄泥涌道，试制炸弹。1910年4月，汪精卫、黄复生将清朝摄政王载沣(末代皇帝溥仪的亲生父亲)锁定为刺杀的头号对象，以求取得最佳震慑效果，可惜他们尚未出击，刺杀行动即谋泄失败，两人被判处徒刑，终生监禁。方君瑛心系同志，悲愤不已。

1911年3月，广州起义前夕，方君瑛与四嫂曾醒受广州起义总指挥黄兴委派，往来于香港、桂林之间，怀揣黄兴、赵声的亲笔书信与方声涛、耿毅等革命党人密切联络，共商大计。广州起义所需军械均从香港码头启运，大部分装入棺材中，由方君瑛扮成孝妇，瞒天过海，运抵羊城。

1911年4月27日，广州起义提前爆发，胡汉民率领方君瑛、曾醒、黎仲实、陈璧君、李佩书等革命党人为后援，刚抵羊城码头，就听说起义失败了，清军全城戒严，大肆搜捕革命党人，他们只好退回香港，再作后图。

广州起义一役，革命党人的损失至为惨重，黄花岗七十二烈士中，方君瑛的胞弟方声洞即在其列。方君瑛痛定思痛，“以未能作烈士而遗憾”。死者长已，生者余悲，方声洞的妻子王颖在日本千叶医学专门学校学习，且有孕在身，襁褓之中还有一个刚满周岁的儿子，乍闻噩耗，哀恸欲绝。方君瑛不失家姊的风范，立刻从香港乘船去日本，陪王颖母子归国。

1912年，方君瑛回到福州，短期担任福建女子师范学校校长，四嫂曾醒监学。中华民国新肇，方君瑛无意从政，有意求学，她的求知欲异常旺盛，她认定真正的学问之府远在欧洲。1912年下半年，方君瑛带领幼妹方君璧、四嫂曾醒等人前往法国留学。

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