1618年四月起，努尔哈赤指挥后金大军，先后攻克了明朝的辽东要镇抚顺、开原、 铁岭，并取得了萨尔浒大捷，歼灭了明朝在辽东地区的有生力量。1621年三月，努尔哈赤攻取沈阳后，乘胜攻克了辽阳城，四月迁都辽阳。1622年正月，努 尔哈赤率领大军西渡辽河，攻下了明朝的军事重镇广宁(也称北镇)。1625年迁国都于沈阳。此时，后金国主努尔哈赤完全扫除了明朝在辽东地区的势力。巩固 了在辽东的统治后，他将注意力逐渐转向了蒙古察哈尔部。首先对察哈尔的外围内喀尔喀、科尔沁等部采取了离间、拉拢、威胁等手段，以孤立和削弱林丹汗的势 力。
1619年七月的铁岭战役后，努尔哈赤频繁遣人至内喀尔喀，要求诸台吉与后金盟誓修好，共同对付明朝。努尔哈赤与内喀尔喀建立同盟的目的是为 了离间内喀尔喀与林丹汗的关系。十一月，在内兴安岭的色特尔黑地方，内喀尔喀五部部分台吉与努尔哈赤所遣使臣额克星额、绰库尔、雅希禅、库尔禅等刑白马乌 牛，设酒盟誓，表示彼此修好，与明朝为敌(《皇清开国方略》卷6)。1621年十一月，内喀尔喀五部的古尔布什、奔古勒二台吉率领所属六百户，至辽阳归附 于后金(《皇清开国方略》卷7)。努尔哈赤设大宴迎接，并将松古图公主嫁给了古尔布什台吉。
内喀尔喀部分台吉与后金通婚、盟誓等事，引起了林丹汗的疑心。他严厉指责管理左翼三万户的大臣锡尔呼纳克杜棱洪台吉管束不得力，甚至怀疑他暗中与努尔哈赤已有联系，准备对锡尔呼纳克杜棱洪台吉和其他诸台吉采取必要的措施。这反而加速了蒙古内部的分化。
本 来从林丹汗信奉红教后，尊崇宗喀巴黄教多年的漠北喀尔喀以及漠南影响较大的诸部，已与林丹汗貌合神离，开始自行其是了。1622年二月，管理左翼三万户的 特命大臣锡尔呼纳克杜棱洪台吉与林丹汗发生分歧，遂率领所属乌齐叶特部与明安谔勒哲依图台吉所属乌噜特部共三千多户，投奔辽阳城，归顺了努尔哈赤。受其影 响，1623年正月，内喀尔喀拉巴什希布、索诺木、莽果、达赖台吉等也各率所属五百户投奔了辽阳城。此时，乌珠穆沁部翁衮都喇尔子多尔济车臣济农与其叔之 子塞棱额尔德尼台吉也因与林丹汗不和，率部投奔了漠北喀尔喀车臣汗硕垒。苏尼特部素塞巴图噜济农、浩齐特部策凌伊尔登、阿巴噶部都思噶尔札萨克图济农各率 所部，也投奔了漠北喀尔喀车臣汗硕垒。 
针对锡尔呼纳克杜棱等台吉投奔努尔哈赤，林丹汗传令内喀尔喀和科尔沁部，不得与后金使臣擅自往来，若被发现，定要兴师问罪。
1623 年五月，努尔哈赤又暗遣佑雷和伊沙穆，分别前往札鲁特右翼台吉达雅和色本两处。奉命监视右翼的札鲁特左翼台吉钟嫩和巴林左翼台吉昂安等，中途劫夺了佑雷、 伊沙穆所带衣物。色本惧怕林丹汗问罪，于是率部逃入科尔沁。科尔沁奥巴也惟恐得罪林丹汗而不敢收留。色本台吉走投无路，只好投奔后金国主努尔哈赤。努尔哈 赤得知内喀尔喀的很多台吉怀有归顺之心，但被林丹汗所阻不敢轻举妄动。于是决定以武力相助欲附之台吉。经多次往来，努尔哈赤已争取了科尔沁奥巴为首的诸台 吉。1624年二月，努尔哈赤遣巴克什、希福、库尔禅至科尔沁，在伊克唐噶哩坡(今科左中旗花土古拉苏木一带) 与奥巴为首的诸台吉刑白马乌牛盟誓(《皇清开国方略》卷8)。此时，林丹汗叔祖岱青台吉与林丹汗不和，遂领所属锡纳明安鄂托克及其六子逃入科尔沁境内，受 到奥巴洪台吉的保护。林丹汗命弘吉剌特鄂托克齐赛诺延领兵追回岱青台吉。齐赛诺延深入科尔沁，斩杀了前来堵截的奥巴属下六台吉，取胜而返。1625年十一 月，林丹汗亲自率领内喀尔喀部分兵力，前往科尔沁奥巴洪台吉所在地格勒珠尔根城，围城问罪。努尔哈赤命三贝勒莽古尔泰、四贝勒皇太极率领5000名精锐骑 兵，由农安塔前来援助奥巴，迫使林丹汗撤走。内喀尔喀巴岳特鄂托克达尔汉巴图尔之子恩格德尔台吉欲归后金，因惧林丹汗，不敢前移。努尔哈赤命诸贝勒率兵， 移其部众于辽阳。
在此期间，努尔哈赤以札鲁特部人夺其使臣财务为借口，派阿巴泰、德格类等贝勒率领3000人，深入札鲁特左翼击斩了昂安台吉，尽获其妻孥人户畜产而去。面对后金统治者的军事压力，林丹汗未能有效地组织各部与后金正面作战，客观上为后金提供了蚕食其外围各部的机会。
1626 年五月，努尔哈赤亲统大军，分兵八路进攻巴林部，击斩了该部台吉囊努克，收其畜产班师。巴林部的部分台吉率部逃入科尔沁境，归顺了努尔哈赤。同年十月，后 金以札鲁特台吉鄂尔齐图等兵阻前往科尔沁的使臣为借口，由大贝勒代善、二贝勒阿敏率领万余兵马攻打了左翼札鲁特诸台吉，俘虏了巴克为首的14个台吉及人 畜。随后，后金统治者又以武力迫使察哈尔所属阿剌克楚特鄂托克小台吉图尔济率属下百余户归附了后金。
1626年八月，后金国主努尔哈赤去世，其四子皇太极即位。皇太极登基后，加快了征服蒙古各部的步伐，三征林丹汗。
皇太极以软硬兼施的手段，拉拢并征服了察哈尔部外围的内喀尔喀(巴林、札鲁特、巴岳特、乌齐叶特、弘吉剌特)和科尔沁部，使素来强大的察哈尔部的力量大为削弱。于是皇太极将军事行动的锋芒直指察哈尔部。
奈 曼和敖汉为察哈尔八鄂托克成员，影响较大。努尔哈赤及其继承人皇太极早就通过奈曼鄂托克中有影响力的乌木萨特绰尔济喇嘛，策动奈曼部长衮楚克巴图鲁台吉归 顺后金。1627年二月，皇太极暗中遣人至奈曼部衮楚克所在地，希望衮楚克说服敖汉部首领索诺木杜棱及克什克腾部首领索诺木诺延归顺后金。四月，奈曼和敖 汉部遣人表示，他们曾说服林丹汗与后金讲和，但他们的努力遭到林丹汗和克什克腾部长的拒绝。六月，奈曼和敖汉部长派遣乌木萨特绰尔济喇嘛至都尔弼城(后为 清朝养息牧场)，通知后金两蒙古部来降。皇太极领诸贝勒自都尔弼渡辽河，迎接了两部长。1627年十二月，察哈尔阿喇克楚特部长多尔济伊勒登、安班和硕 齐、扣肯巴图鲁、昂坤杜棱等台吉，也先后率部依附于皇太极。
在此期间，皇太极曾数次遣人策动喀喇沁部归顺后金，但其所遣使臣均被察哈尔所属多罗特 部人截杀。1628年二月，皇太极以使臣被杀为由，亲自率领精锐之师征战察哈尔。皇太极命其弟多尔衮和多铎贝勒为先锋，率精兵先进。多尔衮探知多罗特部青 巴图噜塞棱及其部众在敖穆伦住牧，于是合兵袭击了敖穆伦，多罗特部多尔济哈坦巴图噜受伤遁走，台吉固噜被杀，其部众万余人被皇太极俘获(《皇清开国方略》 卷11)。
皇太极与喀喇沁通使，进兵察哈尔杀掠了多罗特部。于是，林丹汗兴师进抵喀喇沁部所在地，以武力裹走了喀喇沁苏布地塔布囊及其弟万丹伟征 所属户口牧产。喀喇沁拉斯喀布汗与土默特、鄂尔多斯、阿苏特、永谢布的部分台吉联合，攻打了驻守赵城(在呼和浩特城一带)的林丹汗的一支军队。1628年 七月，喀喇沁部首领派遣以4名喇嘛为首的使团与皇太极的使臣，刑白马乌牛盟誓，归顺了皇太极。
趁此机会，皇太极决定第二次征察哈尔林丹汗。 1628年九月，皇太极分遣巴克什和希福传令西北归顺的外藩蒙古各部率领所属兵马，到达约定地点，以征察哈尔林丹汗。敖汉部长索诺木杜棱、奈曼部长衮楚克 巴图鲁会于都尔弼城;内喀尔喀诸贝勒所率兵马会于辽阳城;喀喇沁和科尔沁部会于绰罗郭勒。皇太极统领大军乘夜攻入察哈尔部的锡尔哈锡伯图、英汤图等地，俘 获了很多人畜而还。科尔沁台吉满珠习礼及巴敦(孔果尔之子)力战察哈尔部众，将所获物献给了皇太极。皇太极分别赐二人"达尔汉巴图噜"和"达尔汉卓哩克 图"号。惟有科尔沁部长奥巴不忍心杀掠林丹汗及其部下，以足疾为由未到达所会之地，与其弟布达齐率部抵达察哈尔边界，虚张声势而还。皇太极遣人问罪，罚驼 十峰，马百匹(《皇清开国方略》卷12)。
1630年十一月，阿鲁科尔沁部长达赉楚琥尔、四子部落台吉伊尔扎布墨尔根台吉、阿鲁伊苏特部台吉齐桑 达尔汉、噶尔玛伊勒登等各率所部先后归顺了皇太极。皇太极将他们安置在西拉木伦河北岸游牧。1631年十一月，林丹汗为了用武力夺回阿鲁诸部台吉，遂兴师 到达阿鲁科尔沁达赉楚琥尔牧地，带走了塞棱阿巴海的部众。皇太极亲率2000名精锐骑兵闻讯赶来，林丹汗早已越过兴安岭而去。
1632年三月，皇 太极决定第三次远征察哈尔林丹汗，传令归顺后金的蒙古各部速率部来会。四月，科尔沁、札鲁特、巴林、奈曼、敖汉、喀喇沁、土默特、阿鲁科尔沁、翁牛特、阿 苏特等部的部长台吉会于西拉木伦河岸，总兵力约10万。四月下旬，皇太极率领大军越过兴安岭，驻守都埒河。当夜，镶黄旗两个蒙古人偷马逃出，将大军压境的 消息报告给林丹汗。林丹汗欲率部撤至漠北喀尔喀，但喀尔喀三汗与他不和。于是林丹汗率领所属10万之众，西奔库赫德尔苏，经呼和浩特，渡黄河到达鄂尔多 斯。皇太极分兵三路穷追林丹汗41天，五月下旬进驻呼和浩特，得知林丹汗已南渡黄河而去。遂停止追击，经宣府、张家口返回。途中收拢了林丹汗所遗部众数万 人。
后金大军到达呼和浩特后，林丹汗在成吉思汗陵前举行庄严的仪式，宣称自己为全蒙古的"林丹巴图鲁汗"，遂带领察哈尔、鄂尔多斯部众，移动成吉 思汗之陵，西渡黄河至大草滩。林丹汗在大草滩永固城一带拥众落帐，等待时机，重整旗鼓，准备东山再起。此时，一向坚决支持林丹汗事业的漠北喀尔喀却图台吉 (土谢图汗部)，于1634年初，率所部4万之众，直奔大草滩与林丹汗会合。林丹汗和却图台吉通过红教的关系，与藏巴汗和白利(康区)土司顿月多吉建立了 联系(金巴道尔吉《水晶鉴》，留金锁校注)。
1634年夏，林丹汗不幸因病去世。林丹汗福金苏泰与其子额尔克孔果尔额哲率领察哈尔和鄂尔多斯部众自大草滩返回鄂尔多斯。喀尔喀却图台吉率部进入青海。
林 丹汗病故后，皇太极于1635年二月命多尔衮、岳托、萨哈廉、豪格领兵1万，前往鄂尔多斯寻找林丹汗子额哲。三月，多尔衮在西喇珠尔格地方遇到林丹汗的妻 子囊囊，得知额哲所在地。四月二十日，渡过黄河，至托里图找到了额尔克孔果尔额哲。后来，后金统治者将察哈尔部安置于义州，分设左右翼察哈尔八旗，封林丹 汗子额哲为亲王，并将皇女马喀塔格格嫁之，设都统和副都统统治察哈尔左右翼。
1636年三月，漠南蒙古十六部49个大小领主齐聚沈阳，承认皇太极为汗，并奉上“博格达?彻辰汗”的尊号(内蒙古社科院历史所《蒙古族通史》，民族出版社，2001年发行版)。同年，皇太极在盛京(沈阳)即位，改国号“清”，改元崇德。
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