陈旉还特别注意在水田裹使用石灰，补足钙的淋失。王祯《农桑通诀》提出了草粪（干制堆肥）、火粪（草木灰）、泥粪（天然湿制堆肥）等肥源，并且倡议将一切动物性有机物质，作为制造堆肥的原料。“……一切禽兽毛羽亲肌（接近皮肉）之物，最为肥泽；积之为粪，胜于草木”，而以“粪田胜如买田”，的农谚，劝人积肥上地。
徐光启对于施肥积肥颇为重视：《农政全书》里面，总结了过去书中所记载的各种肥料，并且着重施用“草粪”（即绿肥）、油枯（即油籽饼）、苔华（即浮游植物，包括具有固氮能力的蓝绿藻在内，值得我们注意！），廐肥；推荐施用骨灰和贝壳灰（补充磷、钙两种重要元素），在淋失较严重的泽农区域具有非常重大的意义；归结到踏粪、窖粪、蒸粪、煨粪、煮粪等积贮和促进腐熟的方法。在他的手稿【10】中，存有向各地农民访问调查肥料价格及施肥量、施肥方法的笔记，也有将肥料提炼浓缩的设想。
值得我们注意的，还是我国农民羣众总结施肥的几项原理原则：第一，因为生物体质直接间接都来自植物体及其所利用的土壤，所以凡生物体的各种成分都可以作为植物的养料，加到土壤里面，经过“化腐朽为神奇”以后，补充地力的消耗，帮助植物生长。这里，包含着对物质循环的基本认识。第二，“用粪如用药”。即使积有大量肥料，一次还是不要用得太多，正像药虽然可以养生治病，但不能用得过“猛”一样。过量的粪与过量的药一样，是放进去就掏不出来的，等到表现出损害时，已来不及挽救。所以使用肥料，一般都是分作一次“基肥”（称为“垫底”、“坐兜”、“胎粪”等）和几次“追肥”（“接力”、“托腰”等），让它们“细水长流”地发挥有益作用。这样，既可以避免施肥初期由于肥料浓度过高而可能引起的“烧伤”，也可以减少肥料的淋失。第三，不同作物需要不同肥料，决不可强求一致。从《泛胜之书》起，到《授时通考》止，所有几部大型重要农书，对各种不同作物所提出的肥料种类和施用方式的记载，是愈来愈细致、周密，讲究“分别对待”。
施肥不是增加地力惟一的方法。任何残留在土壤里面的有机物质，包括由于施肥而加进土壤里去的在内，经过微生物所引起的腐败，都可以分解成为可供植株吸收的养分，而且也只有经过腐败分解，才真正对于植物有益。腐败分解，既然是微生物的活动过程，它也就和植物的生长活动一样，要受到土壤温度、湿度、通气条件等的影响。凡属对于植物生长有利的土壤条件，几乎可以说全部都有利于腐败分解作用的进行。翻地、中耕、灌溉等的主要目的固然在于使作物的根得到更好的生长环境，可是，同时也替微生物的活动准备了适宜条件。很可能，那些措施的良好效果，有一部分是通过促进微生物的活动得来的。水田中土壤的湿度自然是足够的，但是温度和通气条件却常常不够。水稻田耕翻之役，晒几天，甚至烧一烧，都可以发生有益的改变。泛胜之所说的水稻种植方法，第一步是“春，冻解，耕反（即耕翻）其土”，为的是晒暖，并且和大气中的氧接触，加强氧化作用。此后，《齐民要术》说：“北土高原，……二月，冰解地干，烧而耕之”。南宋初，陈旉《农书》记载江南种水稻的方法，耘田的时候，在田中间和四周作成又深又宽的沟，把水放干，让田底干到坼裂的程度，再灌水浸，也是增高地温、促进氧化的措施。陈旉说这样做“胜于用粪”，理由很明显。王祯《农桑通诀》记载，元代江南种稻，仍旧是“耘毕，放水，熇（即烤）之”。直到现在，栽培水稻的地区，还有用火烧或翻起之后让太阳晒的习惯。这是恢复水稻田肥力的有效办法之一【11】。
不同作物，利用地力的条件与方向，彼此不同。轮换作物，至少可以有调济平衡的作用。特别是种植过一批豆科植物，可以藉助于根瘤细菌的活动来增加土壤内氮化物的分量，这是非常有益的。北方旱田，用苜蓿、豌豆、毛苕子、草木犀等和谷物倒茬；南方水田，冬季种一批巢菜（苕子）、紫云英（红花草子）、蚕豆、豌豆等，正是利用豆科植物来调节地力。《齐民耍术》记载公元六世纪以前的经验时说过，“美田（让田变好）之法，绿豆为上”，可以说明这种经验的古老。
（四）复种与套种
陈旉《农书》有一篇“六种之宜”，里面提出“种无虚日，收无虚月”，意思是说，地里没有一天不畏着庄稼，也就没有一个月不进行收获。这句话，是农业生产的理想水平。陈旉当时在临时都城（“临安”）附近。都城所在，人口骤然增多，赋税也空前加重，只有充分发挥地力，争取单位面积的最高额产量，农民才能生活，也才可以养活不从事农业劳动的“权贵”及其一伙，所以提出了这个高标准。近八个多世纪，我国的农业生产，凡气候和社会条件允许的地方，都实行精耕细作，尽量充实地力，向“收无虚月”前进，提高单位面积产量。
提高单位面积产量，增加复种是一条途径。这条途径的原理，是使土地继续不断地供给植物生长，做到“种无虚日”。另一条途径是“种无闲地”，让地面载覆着最大数量的个体。前一条途径，习惯上称为“倒茬”；后一条途径，称为“套种”。
作物中，周年365天，天天都能生长的很少。绝大多数种类，尤其是禾谷类，只能在固定的季节中生长结实。要作到种无虚日而同时又收无虚月，很难实现。因此，复种只能是按照作物所需要的气候条件，依次序种一批收一批后，再种一批，春夏秋冬，作为“农家月令”来安排，尽可能地让土地不空闲。事实上，禾麦轮作，周民族早已开始实行。《泛胜之书》说“田有六道，麦为首种”。六道是什么内容，现在还没有找到明确的记载。看来，似乎是颇为复杂的轮作。崔寔《四民月令》中，农作物和蔬菜的生产都有细致的安排。尤其是蔬菜生产，往往先育苗作准备，腾出空地，就随时移栽，是很先进的办法。以后的发展，不仅蔬菜栽培这一种集约利用土地的生产，讲究高度复种，就是一般大田，栽种谷物、纤维、油料等作物，大面积生产，只要气候条件和肥料供应赶得及，也一律从加强管理中求得最多次数的轮作。复种指数高，是我国农业生产的显著特征之一。上面说过，作物对土壤中养分的吸取，各有不同偏重，轮作可以调节地力。只要季节安排合适，肥料补充及时，勤劳的我国农民，是不会忽视耕作和施肥的。地力所以长期保持着相当高的水平，不是偶然的事。
根据许多记载，过去我国农家（农业生产者）有作出五年、七年、十二年乃至十五年长期轮作安排的。两茬之间，往往只空闲两三日，作为翻地的时间。技术高，不怕辛勤，爱好劳动，原是我国农业劳动者的优良传统。个别农家，在优越的自然环境中，根据丰富的经验，按计划执行得这样精确周密，也有可能。不过，每年的气候常有不很规律的变动，晴雨冷暖，前后挪移十来天，恐怕不很少见。作物的生长成熟，未必能完全不受气候变动的影响【12】，而照十五年前原计划的日期，如期成熟收获？收获后，能否马上耕翻和播种出芽？是不是完全不受当年气候变化的支配？某些谷类种子，储藏了四五年乃至七八年后，能否保持很高的发芽势与发芽率？再加上虫害、病害的发生，乃至解放以前经常出现的“人祸”，种种干扰，十年以上、二十多种作物的轮作计划，是不是绝对有把握地保证实现？尤其新引入的品种，栽培条件、成熟时期等，可能和原有品种有相当大的差别，十多年前订下的计划，在采用质量更优良的新品种上，适应性更不易预报。一般来说，老农累积了丰富的农业生产经验，根据目前天时、土壤、人力、物力等条件，按照农业生产的特殊要求，一切从现实出发，作短期安排，随时灵活地选择种类，也许更有把握获得合理的解决。因此，我们觉得，高度复种的轮作肯定是我国农业生产的特征，但是在实践时，恐怕“因时制宜，因地制宜”的灵活安排会占较大的比重。严格执行十二年十五年预定计划来倒茬的，过去也许只有极少数的农家可以坚持实现。
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