西方人对中医的了解，早在元代中西交往的过程中已经开始，但是对中医的深入研究则是明后期耶稣会士来华之后的事情。传教士在16世纪东来以后，一直将科技作为其在中国站稳脚跟的重要手段，而医学尤为先导。雍正朝禁教后，传教士感到在华行医传教难以进行，便转而研究中医中药。由于文化、生活背景、自身科学素养和研究深度的不同，传教士对中医药的看法呈现出多样性。但正是通过他们，中医被广泛介绍到西方社会，引起了极大关注。
16世纪下半叶，耶稣会果阿教区视察员范礼安神父到达澳门，开始系统收集关于中国的资料和信息，以期打开在中国传教的大门。范礼安对中国科学知识作了如下评论：“和我们相比，他们的科学是不完全的，他们似乎仍然处于阿里士多德所创造的古代哲学和基督文明降临前的时代。尽管如此，他们还是擅长于自然和道德哲学、天文学、数学、医学和其它学科--特别是书法和官话，这是花费很长时间的学习才能掌握的。”（吴孟雪《明清时期--欧洲人眼中的中国》）
之后对中医药观察和记载较多的，是在华居住了近30年的利玛窦。他说：“中国的药草丰富，而在别处则只有进口才行。……在这里买一磅大黄只要一角钱，而在欧洲却要花六七倍之多的金块。在这里可以找到葡萄牙人叫做中国木而别人叫做圣木的那种能治多种疾病的著名的药。……一般说来，他们用的药物非常简单，例如草药或根茎等诸如此类的东西。事实上，中国的全部医术就都包含在我们自己使用草药所遵循的规则里面。”（《利玛窦中国札记》）
利玛窦不仅对中医进行了赞扬，而且对当时中国传统社会存在的重科举而轻视数学和医学研究的现象做了深刻剖析，他认为：“这里没有教授医学的公立学校，每个想要学医的人都由一个精通此道的人来传授。在两京南京和北京都可以通过考试取得医学学位指通过太医院考试。然而，这只是一种形式，并没有什么好处。有学位的人行医并不比没有学位的人更有权威或更受人尊重，因为任何人都允许给病人治病，不管他是否精于医道。在这里每个人都很清楚，凡是希望在哲学领域成名的，没有人会愿意费劲去钻研数学或医学。结果是几乎没有人献身于研究数学或医学，除非由于家务或才力平庸的阻挠而不能致力于那些被认为是更高级的研究。钻研数学和医学并不受人尊敬，因为它们不像哲学研究那样受到荣誉和鼓励，学生们因希望着随之而来的荣誉和报酬而被吸引。”（同上）这些值得今人深思的重大社会文化问题，利玛窦在四百年前就有了深刻的认识，实在让人叹服。
此后，葡萄牙传教士曾德昭对中医治疗方法和西医方法进行了比较：“他们不放血，不用玻璃杯充血，没有糖浆、药剂、药丸，更不用烧灼疗法，即疏导法。他们只用中草药，使用草、根、果和种子，等等，这些都是干的。”他还向西方介绍中国的脉诊：“他们的脉诊很有名，从不问病人是头痛，肩痛或腹痛，只把病人的双手放在枕头或别的物品上进行诊脉，摸一阵脉搏的跳动，然后告诉病人的病痛是什么。”（曾德昭《大中国志》）不过，虽然亲自见证了中医的疗效，但他对脉诊的学理依据并未深究。
明末，波兰籍耶稣会士卜弥格开始系统研究脉学，并将晋代名医王叔和的《脉诀》翻译介绍到西方。他称赞“中国人确实在脉学上具有伟大的知识，在把脉艺术的基础上，他们建构了行医的做法”（韩琦《中国科学技术的西传及其影响》）。1652年（清顺治九年），他撰写《中国医药概述》一书，论及中国脉学，认为其与欧洲的诊断方法不同，通过把脉来诊断疾病，不仅能确认疾病的类型，还可以预测疾病的发展情况。后来该书由荷兰东印度公司医生格勒耶刊行，即《中医示例》。英国名医弗洛伊尔受此启发，致力于脉学研究，在伦敦出版了二卷本的《医生之脉钟》，并发明了切脉计数脉搏的表。他对中国脉学由衷赞扬道：“我将首先证明中国人确实在脉学上具有伟大的知识，在把脉艺术的基础上，他们建构了行医的做法。”耶稣会士李明在其著作中论及中国脉学时说道：“应该承认，他们已取得有关脉搏方面的特殊知识，这使中国人闻名于世界。黄帝创立医学已有四千多年，从那至今，中国人始终视脉搏学为整个医学的基础。”（曹增友《传教士与中国科学》）此外，卜弥格和耶稣会士钱德明也纷纷对针灸加以介绍，认为向西方介绍这种不放血、不吃药的治病方法大有益处。到19世纪初，针灸已经在法国得到广泛应用，出现了相关研究机构，国际学术活动也得以相继开展。
清初，本草学传到欧洲。《本草纲目》作为东方药物巨典，是明代医学家李时珍对本草学的全面整理总结之作。1659年，卜弥格将该书的植物部分译成拉丁文，称为《中国植物志》，同时介绍了部分中医本草药物。法国汉学家杜赫德在其名著《中华帝国志》中介绍了《本草纲目》的重要内容，评价道：“他指李时珍对每一种药草都作了描述，讲述了它生长的地点和怎样生长，指出了应以什么方式来收藏或采集之。他还计算了每种药草之中有争议或不太可靠的地方，不太正确和错误的地方，他接着介绍了制药的方式，和收藏及使用药物的方式。继此之后，他又论述了它们的药性、用途及其效果，最后提到了配方和各味药的剂量。”（[法]安田朴、谢和耐《明清间入华耶稣会士和中西文化交流》）
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