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但由于明代史事繁杂，不易考校，史料又真伪并存，难定是非，再加上底稿由多人撰成，不仅互不相属，纷纭散乱，还有内容详略不同、质量高低不一的差别。尽管万斯同常年累月孜孜矻矻，考核修改，组织编排，所成初稿也不免有“缺而不全，涣而不一”之处，因此，“稿虽就而未敢以进”。此时明史馆已逾十年，当初被任命的纂修总裁升沉物故，风流云散，在馆者寥寥无几，徐元文、徐乾学也先后告归。万斯同则为总裁张玉书、陈廷敬挽留，馆于京师江南会馆，继续参与修订史稿的工作。
    康熙三十三年，诏令续修《明史》。万斯同又应总裁王鸿绪聘请，从江南会馆来到王氏京邸，再次承担了史稿列传部分的修改审定工作。这时，万斯同年事已高，但他为了实现自己的宿愿，仍然在他人的协助下，殚精竭虑地修改史稿，或“辨其人之忠佞”，或“定其时之后先”。有时为了考证一事，删定一传，往往“集书盈尺者四五或八九不止”。对列传传目也重加编排，“合者分之，分者合之，无者增之，有者去之”（杨椿《再上纲目馆总裁书》），进一步提高了史稿的质量，奠定了此后《明史》一书成功的基础。康熙四十一年四月，列传史稿的审定工作基本完成，尚未及最后订正，万斯同便因长期劳累，卒于王鸿绪府邸，可谓为《明史》纂修贡献了毕生精力。