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第三，对秘密教门进行分类定性。除朝廷主持或者批准的合法宗教活动外，对于涉及信仰而又位于国家权力系统以外的民间聚众活动，统治者往往非常警惕，秘密教门更是其治理与关注的重点。不同教门的活动对统治秩序的危害程度不同，清廷在查处时采取的对策也有所不同。一般而言，统治者将秘密教门的活动区分为以下几个层次：（1）杂拾释道辞句，鄙俚不经，仅与人劝善说“好话”、“并无违悖之处”的；（2）男女混杂，有害人心风俗的；（3）聚众烧香，敛集钱财，有碍民众生计的；（4）以灾劫等词诬民惑众，组织严密，有聚众为乱潜在威胁的；（5）大肆宣扬弥勒佛下生治世，“悖逆显然”，或已经进行暴动起事的。总体而言，前三者除偶有教首因奸污女性被当堂杖毙以儆“愚民”外，大多数归入一般“邪教”范围治理。后两者则多以“谋反大逆”的罪名进行严厉处治。显然，统治者主要关心的是其中隐含的政治危害。对社会秩序威胁较大的秘密教门，受到的惩罚也相应加重。
    总体来说，有清一代对秘密教门的治理，康熙朝失之宽纵，乾隆朝失之严峻，相对而言，雍正一朝较有成效。嘉庆、道光以后，为形势所迫，对秘密教门的治理更加重视，《实录》、《圣训》中相关的上谕越来越多，指示也越来越细，但成效并不如其所愿。清朝在治理秘密教门的过程中，不断总结经验，补充完善，虽然不能像专制统治者所标榜的那样“净绝根株”，但也给秘密教门以一定打击，使其发展和传播受到很大限制。