一、过渡阶段（1949到1955年）
民主革命时期，对如何处理党与革命根据地政权之间的关系积累了丰富的经验。但在分散的根据地到建立统一的国家政权，中国共产党上升为全国范围的执政党以后，党对如何处理同国家政权之间的关系还没有成功的经验，国际共产主义运动也没有提供成功的范例。因此，在建国之初，党根据国内阶级斗争复杂尖锐，国外帝国主义侵略封锁，国家机构尚处在初创阶段的历史特点，总体上沿用了在革命战争时期党和根据地政权关系的作法，即党委集权，对国家机构实行一元化的领导。
第一，在中央人民政府和一切国家机关均成立党的委员会。1949年11月，中共中央发出《关于在中央人民政府内组织中国共产党党委会的决定》，指出，党委会将保证行政任务的完成，并负责管理政府内部党员干部的政治生活。同时，为实现和加强党对政府的领导，统一并贯彻执行党的政治路线和政策，党中央还发出了《关于在中央人民政府内建立中国共产党组织的决定》。决定由中央人民政府中担任负责工作的共产党员组成党组，归党中央直接领导。党中央一切有关政府工作的决定，党组必须保证执行，不得违反。以后儸在中央人民政府所属各部、委及地方各政府和人民团体的领导机关中也相继实行。
第二，根据党的一元化领导原则，在政权的建设上采取了分口领导方式，即把政府工作按工作性质划分为若干口，由同级党委的常委（后设分管书记）分工负责领导。
第三，党委与政府对口设部。从1952年7月中共中央发出《关于省级以上党委建立农村工作委员会的指示》以后，中央到省级党的组织先后设立与政府职能部门相对应的机构，如：农村工作部、工业交通部、财贸工作部、文教工作部等等，地方党委还设立了一些其它与政府部门对应的机构。
第四，政法系统实行党内审批制度。1951年，党在镇反运动中提出：“整个镇压反革命的工作必须在各级党委的统一领导之下，一切公共机关和有关镇压反革命的机关的负责同志都必须和过去一样坚决接受党的领导。”规定有关逮捕、判刑尤其是死刑判决，均须经过相当于一级党委审批；特别重要的案件判决，则须报经党中央批准。
第五，作为实行党的一元化领导的重要组织保证，规定国家所有干部的选拔、调配、考核、任免，均由各级党委（经过党委组织部）统一管理，即党管干部的原则和制度。1953年11月，党根据国家机构的职能部门日益增多，干部队伍迅速扩大，多数干部在专业工作上相对稳定下来的特点，发出《关于加强干部管理工作的决定》。决定逐步建立分级管理干部的制度，即在原有的组织部、宣传部、统战部的基础上设立新的党委工作部门，在党委领导下分工管理政府各部门的干部；各类干部按职务名称划分，归中央或地方分级管理。
这一阶段，党虽然对国家机构实行一元化领导，但并没有认为一元化就是以党代政。相反党曾多次地强调注意克服党政不分、以党代政的现象。1949年11月，党中央关于在人民政府内建立党组和组织党委会的决定中明确指出，党政之间不是隶属关系，党的领导是通过党的路线、方针、政策及在政权机关由担任公职的党员发挥作用来实现的。如果把对国家的领导作用看作是党直接执掌政权，管理国家，实际上就否定了国家政权机关的职能。1951年2月，党中央在对《河北省关于改善领导方法的决定》作出指示中又指出，党委主要掌握全面工作方针、政策的领导，凡属政府日常的执政工作，统由政府部门办理。同年9月，董必武在华北第一次县长会上讲话，更加明确地指出：“党领导着国家政权。但这决不是说党在直接管理国家事务，决不是说可以把党和国家政权看做一个东西。”“但无论在什么情况下，不应把党机关的职能和国家机关的职能混同起来。党不能因领导政权就包办代替政权机关的工作，也不能因领导政权机关而取消党本身组织的职能。”“党对国家政权机关的正确关系应当是：（一）对政权机关工作性质和方向应给予确定的指示；（二）通过政权机关及其工作部门实施党的政策，并对它们的活动实施监督；（三）挑选和提拔忠诚而有能力的干部（党的和非党的）到政权机关中去工作。
总的说来，建国初期的党政关系基本上适应了我国社会政治和经济发展的实际状况。但是，这一时期的党政关系也存在着一些问题。特别是1953年以后，由于强调反对分散主义，地方各级行政管理权限开始日益集中在中央各捒门手里。1953年3月，党中央在《关于加强中央人民政府系统各部门向中央请示报告制度及加强中央对于政府工作领导的决定（草案）》中指出，为了使政府工作避免脱离党中央领导的危险，今后政府工作中一切主要的和重要的方针、政策、计划和重大事项，均须事先请求中央，并经中央讨论和决定或批准以后始得执行。政府各部门对中央的决议和指示的执行情况及工作中重大问题，均须定期地和及时地向中央报告的请求，以便取得中央经常的、直接的领导。由于党的一元化领导原则在实际中未对党与政府及其他组织的职权范围作出明确划分，因而一些党委工作部门和政府部门的党组管了一些业务范围的事情；党委讨论和决定政府工作的重要问题，不同程度地发展为党委直接管理政府工作，等等，这些问题的消极作用在以后日益显露出来。
二、探索与调整阶段（1956年到1966年。）
1956年4月，毛泽东发表《论十大关系》，标志我党对领导体制的独立探索和思考。毛泽东指出：“中央和地方的关系也是一个矛盾。”“我们不能象苏联那样，把什么都集中到中央；把地方管得死死的，一点机动权都没有”。“应当在巩固中央统一领导的前提下，扩大一点地方的权利，给地方更多的独立性，让地方办更多的事”。同年9月，党的八大指出：不要混淆党的工作和国家机关工作的界限，不要对国家机关的行政工作作出不正确的干涉。党对国家机关的领导，不是“直接去指挥国家机关工作”，也不是“把各种纯粹行政性质的问题提到党内来讨论”。而是：“第一，在国家机关中工作的党员，首先是由担任负责工作的党员所组成的党组，必须服从党的统一领导。第二，党必须经常讨论和决定国家工作中的各种方针政策问题和重要的组织问题，国家机关中的党组必须负责在同党外人士完满合作的条件下，实现党所作出的这些决定。第三，党必须认真地有系统地研究国家机关工作的情况和问题，以便对国家工作提出正确的，切实的和具体的主张，或者根据实践及时地修正自己的主张，并且对于国家机关工作进行经常的监督。”1957年兌月召开的一届人大四次会议再一次明确地指出，在某些机关中，共产党的组织包办代替行政工作，或者对于某些具体业务不通过行政而直接干预，这些现象对于政府工作和对于党的工作都是不适当的，应该加以纠正。会议指出：“我们国家的权力机关，是在共产党领导下由各民族、各阶级、各党派、各人民团体的代表人物组成的。国家的大政方针是由各方面通过各种形式或事先协商然后提交有关国家机关讨论和制定的。”“共产党必须领导一切的原则主要是从政治上来说的，并不等于一切具体工作都要由共产党直接管理，相反的，许多专门业务工作应该由专家负责。
以上的探索，本来可以成为在新的历史时期解决党政关系的良好起点，但这些认识被打断了。1957年反右斗争扩大化，1958年反对分散主义，”大权独揽，小权分散，党委决定，各方去办，“还有”书记挂帅“的口号，被当作党的重要的领导原则提出来了。这样，本应该根据社会主义改造基本完成以后国内政治、经济形势的变化而加以改变的党的一元化领导原则，被不断的强化起来，使党政不分、以党代政的现象日益发展。
其一，把党的一元化领导概括为”党领导一切“的原则，”党政不分“得到肯定。1958年6月，党中央在《中共中央关于成立财经、政法、外事、科学、文教各小组的通知》中明确规定：“大政方针在政治局，具体部署在书记处。”“具体执行和决策属政府机构及其党组。”“对大政方针和具体部署，政府机构及其党组有建议之权，但决定权在党中央。”“大政方针和具体部署，都是一元化，党政不分。”1962年1月，毛泽东在《在扩大的中央工作会议上的讲话》更集中地概括为：“工、农、商、学、兵、政、党这七个方面，党是领导一切的。”
其掇，在“党领导一切”的口号下，分口领导制导致了分管书记代替行政负责人直接处理政务。建国初期在曍方政权的建设上采取了分口领导方式，在“党领导一切”的口号下，政府各大口的行政工作一切重要问题都要由分管书记（或常务委员）拍板决定，分管书记实际直接处理了政务，完全代替了行政负责人。
其三，在“党领导一切”的口号下，党委与政府对口设部的领导方式成为直接对行政的管理。建国以来，中央到地方各级党的组织设立了与政府职能部门对应的机构，1958年6月党中央还成立了五个小组，直属政治局和书记处，分管财经、政法、外事、科学、文教工作。这些党的职能部门最初的任务主要是管理各类干部，但在“党领导一切”的口号下，逐渐领导对应的政府部门的业务，成为行政化的党务部门，直接包办了政府工作。
其四，在“党领导一切”的口号下，全面推行党委领导下的行政首长负责制。1956年8月，中共中央第三办公厅向中央报告，明确提出要在全国企业建立严格的“一长制”。1956年9月，党的八大发言中批评了“一长制”。认为“一长制”把企业的行政领导与党的领导对立起来，否定了企业党组织对于企业生产行政工作的领导，使党组织处于从属的地位。所以，八大以后企业里普遍实行党委领导下的厂长负责制。1958年9月，中共中央国务院在关于教育工作的指示也明确规定了“在一切高等学校中，应当实行学校党委领导的校务委员会负责制。”1964年毛泽东还提出“在一切部门中，都必须实行党委领导制度。”以后，各级政府部门也都相继地实行了这一制度。
其五，在“党领导一切”口号下，政法部门党内审批制度被延续下来。1954年宪法实施后，党中央强调，为了保护对敌斗争中的统一领导，决不能因为有了法律程序就放松公检法系统的党内审批制度。经过反右斗争扩大化后，政法部门更直接受命于地方党委和政府，党委直接参予具体的审判活动。
其六，在“党领导一切”的口号下，司法、行政监督系统融于党的监督系统。1957年以后，司法监督体系不再对国家权力机关负责，而是向各级党委负责；1959年4月，国家监察部撤消，行政监督体系融于党的监督体系，其业务欓属于中央监委，地方各级监察机构和上级监察机构派出的监察组织亦随之撤销，并入各级党的监督组织。
总之，在“党领导一切”的口号下，党的系统的机构愈来愈细密和完备，功能愈益增多，而行政管理系统和国家权力系统的结构则相对比较简单，其功能也愈益趋向单一的执行。尽管在国民经济困难时期以后，党政机关在某些方面作了一些调整，如在地方党委取消党委分管书记名义，在县委一级取消农村工作部、工交工作部等。但由于没有触及暢的一元化领导的根本，使过分集权、党政不分、以党代政、党不管党的弊端得到了充分的发展，最终成为导致“文化大革命”发生的一个重要根源。
三、混乱阶段（1966年到1976年）
“文化大革命”中，毛泽东“左”倾错误的个人领导实际上取代了党中央的集体领导。在“东西南北中，党政军民学，党是领导一切的”口号下建立起来的“革命委员会”，集党政大权于一身，包揽党务、行政、司法等各项工作，实际是党政，党企一元化的组织。党组织行政化达到了顶点。
四、开始改革的新阶段（1976年至今）
1976年10月粉碎“四人帮”以后的一段时间，由于“两个凡是”的错误方针，党的工作在徘徊中前进，党政不分，以党代政的状况仍然没有改变。
1978年，具有历史意义的党的十一届三中全会对党的历史经验进行了认真研究和总结，明确提出了应该“认真解决党政企不分，以党代政，以政代企的现象。”1980年8月，中央政治局召开扩大会议，邓小平同志讲话指出：“权力过分集中的现象，就是在加强党的一元化领导的口号下，不适当地把一切权力集中于党委，党委的权力往往集中于几个书记，特别是集中于第一书记，党的一元化领导因此变成了个人领导。权力过分集中越来越不适应社会主义事业的发展。”要“着手解决党政不分、以党代政的问题。”十一届六中全会通过的《关于建国以来党的若干历史问题的决议》，进一步提出了“必须正确处理党同其他组织的关系，从各方面保证国家权力机关、行政机关、司法机关和各种经济文化组织有效地行使自己的职权。”党的十二大政治报告对这个问题又作了全面阐述，指出：“正确解决党对政府机构的领导和企业事业单位的领导问题，是机构改革中的一个重要问题。党的工作和政府工作，企事业单位中党的工作和行政、生产工作必须适当分工，党不是向群众发号施令的权力组织，也不是行政组织和生产组织。……党的领导主要是思想政治和方针政策的领导，是对于干部的选拔、分配、考核和监督，不应当等同于政府和企业的行政工作和生产指挥，党不应当包办代替它们的工作。”1986年9月3日邓小平在会见日本公明党委员长竹入义胜时的谈话把党政分开作为政治体制改革的中心问题，指出：“我们正在考虑政治体制改革的内容。首先，我们要确定政治改革涉及的范围，弄清从哪里着手。总的来说，我们的党要善于领导，党政要分开。”1986年9月13日，邓小平同志又指出：党政要分开，这涉及到政治体制改革。政治体制改革包括什么内容？我想要把党政分开放在第一位。1987年5月26日，薄一波在《关于整党的基本总结和进一步加强党的建设》中进一步强调了党政分开后党委的职能，他指出：“党委的职能，从原则上说就是要集中精力管好党的路线、方针、政策（包括经济和社会发展的各项重大政策）的制定和贯彻；管好党的思想政治工作和党的意识形态工作；管好党的组织干部工作和宣传工作；管好发挥党员的先锋模范作用工作。只有这样，才能真正加强和改善党的领导。”
十一届三中全会以来，党为了正确处理党政关系，切实解决以党代政、党政不分的问题，除了进行大量的理论探索之外，还在坚持党对国家政权机关实行政治领导的基础上，采取了一系列具体措施。
第一，党政领导实行分任制。1976年6月18日，中共中央组织部下发文件，明确提出，党政工作要分开，省、市、自治区党委第一书记和革委会主任不要由一人兼任。1980年8月邓小平同志进一步指出，中央一部分主要领导同志不再兼任政府职务，地方各级党委的第一书记不再到兼任政府的主要负责工作，各企业事业基层单位党委书记也不再兼任主要行政负责职务。
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