搞聚落考古，不仅应了解聚落中哪些单位属同一时期使用，也需搞清这些单位的建造及废弃年代，以及结构、功能等问题。
例如，在发掘大河村F1-F4这组建筑时，如没有搞清楚这组建筑的增建、改建过程和各间结构及留存器物这类情况，我们就无法弄清楚居住于这组建筑的居民的主次之分，以及他们的增殖、分居以及分居后仍保持联系等具体情况（注：辽宁省文物考古研究所：《辽宁牛河梁红山文化女神庙与积石冢群发掘简报》，《文物》1988年第8期。）。
例如，在发掘牛河梁坛、冢时，如果只清理出坛、冢和它们同时使用的遗存，而没有弄清楚各个冢的建造程序及结构的话，就无法明白埋于冢内的居民的身份存在着主次有别的情况。
例如，在研究元君庙墓地时，如果只搞清楚了墓地的布局，而没有明白合葬墓内居民的葬式（一次葬或二次葬）、性别、死亡年龄、随葬品的配置，就无法得出合葬墓基本上是以女性为本位包含了几代人的墓葬（注：北京大学历史系考古教研室：《元君庙仰韶墓地》，文物出版社，1983年。）。
可见，聚落考古不仅应搞清楚聚落布局、结构、形态，也应对聚落中各个单位作仔细的研究。
现代科技，例如航拍对聚落考古能提供很好的帮助。然而，进行大面积乃至全面揭露，仍是聚落考古工作的基本方法。这类揭露仍需采用探方发掘，在只需大面积而无需全面揭露的情况下，对那些不必用探方发掘的部位，如围沟、中心广场、城墙及道路的某些部分，则可辅以探沟乃至钻探以探明情况。聚落考古是规模巨大的考古工程。对一个聚落的研究，少则数年，多则需几代人的连续努力。为了顺利地开展聚落的研究，就得把那些可以而又必须作聚落考古的遗存先圈定下来，切实地作好保护工作，选择人员，制定规划，适时地开展工作。
前面讲的主要是聚落个案研究的基本要求。聚落个案研究，是聚落考古的基础。如果我们把同一文化不同时期、同谱系的诸考古学文化和谱系有别的诸考古学文化不同时期的聚落，都作了个案研究，并弄明白了它们的布局、结构、形态，就为聚落的异同、演变等这类研究打下了坚实的基础。然而，这类研究却不能代替同一文化或不同谱系诸考古学文化同一时期的聚落的分布及其相互关系的研究。如前所说，这是聚落考古的重要内容。
这一研究需要解决的问题是：
如何，或以什么办法确认聚落的共时性？
怎样确认同一文化不同聚落之间的关系？又如何识别这类关系的性质？怎样识别不同文化的聚落间存在的关系和性质？
考古学文化区分为不同的聚落群，是否是一定历史时期才出现的现象？何时出现？产生的条件或时代背景是什么？如何识别？区分聚落群的标准是什么？
何时在什么条件下，出现了聚落分化？以哪些标准识别中心聚落和一般聚落？怎样识别与中心聚落相关联的聚落群？
聚落分化与城乡分野存在什么样的联系？分化与分野经历哪些历史阶段？以及这类分化与分野同国家政权的出现与发展是否存在着关系？又是什么样的关系？等等。
至今的研究所取得的成果，与其说是能对这些问题作出一些回答，不如说是为提出这些问题提供了条件。要系统地回答这些问题，还有待于今后聚落考古的实践。而且，是否只是这些问题，以及这些问题是否提得符合实际，增益或修正这些问题，也有待聚落考古的深入。当然，提出问题总比不提问题要好，提出这些问题，或许能增进聚落考古的自觉性。
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