考古学研究的对象，从具体层面来说，是古代人类留下来的各类遗存。这些古代遗存虽然表现为各种具体的实物，但其中包含有人类行为（制作、使用、废弃、埋藏等）的信息、社会组织及其运行的信息，同时也反映了古代人类的思想。人们的思想有些是通过遗存及其情境无意识地流露出来的，有些则是通过器物的造型、装饰或遗存之间的联系有意识地表达出来的。考古学家对这些遗存的解读必然涉及古代人的思想、情感、精神、宗教和哲学。
比如说，西阴文化彩陶基本的构图要素是弧线三角和圆点，但其中的弧线三角均可以同时从阴文和阳文两个角度来观察。从阴文的角度观察，这些弧线三角就是花瓣的形状：从阳文的角度观察，这些弧线三角是鸟的造型。距今约6000年前开始的西阴文化彩陶是我们能够观察到的最早的花鸟画，开创了中国绘画的一个经典主题。花和鸟可以理解为女性和男性或阴与阳的象征。西阴文化彩陶用阴阳互衬的手法，表达阴阳对比的概念，用非常具体的形式表达出抽象的哲学思想。阴阳概念的起源当远早于西阴文化时期；宋代以后拟构出来的太极图基本上只能算是西阴文化彩陶的翻版。
从抽象层面来说，考古学的研究对象是人类的文化。“文化理论”是考古学的灵魂，其演进过程代表了学科发展的基本脉络。“文化理论”也是近代以来人文哲学的核心内涵。
中古时期形成“世界观”和“宇宙观”，将时间与空间结合起来（中国的“五行学说”是其中的典型），产生了“文明与野蛮”、“华夏与蛮夷”之类的概念，用来区分“我族与异类”，这是一种由己及人、由内而外的视角。“地理大发现”及随后的殖民扩张，欧洲人有机会接触大量不同的族群，由此形成“国际观”和全球视野，产生了现代意义的“文化”和“民族”概念，这是一种由上往下、由外而内的视角。人类学是这一文化视野的产物。传统的历史学为人们观察世界提供了一个历时性的视角，近代以来的人类学则为观察世界提供一个共时性的视角。过去的一百多年，人类学成为各种社会思潮、哲学思想的温床，从进化论到传播论，从功能主义到结构主义等。
随着工业化的推进，世界各地的传统文化日渐式微，人类学也成了无源之水，理论创新能力走向衰竭。特别是第二次世界大战之后，广大亚非拉地区政治独立，文化自觉，人类学居高临下的视角逐渐失效，考古学则开始提供一种更加整体、更加平衡的文化观。考古学兼具了历史学的历时性视角与人类学的共时性视野的优势，经过长期的资料积累，担负起对人类文化及其历史进行全景式考察的使命，成为人类获取新知的重要途径、文化思潮和哲学思想产生的土壤。
中国考古学是近代以来在传统学术的基础上，接受西方学术影响形成的。20世纪前半期，中国考古学与西方学术界有十分密切的关系，是西方殖民学术的重要组成部分。50年代，中国考古学亦受到苏联考古学的短暂影响。1959年，夏鼐发表《关于考古学上文化的定名问题》，讨论了考古学中的文化概念，为中国考古学走向独立自主的理论创新铺平道路。
在经历“文革”的十年停顿之后，苏秉琦在70年代后期提出“区系论”，系统地构建中国古代文化的时空框架（苏秉琦形象地称之为“条条块块说”）。其一方面“块块”主要涉及文化的空间分化，揭示不同区域文化的相对性。具体到中国文明起源的研究，就是用所谓“满天星斗说”取代传统的“中华大一统观”，证明中国不同地区的文化都对中国文明起源有重要贡献，而不是像学术界传统认为的只有中原地区一枝独秀。费孝通对苏秉琦的这些思想非常欣赏，并在1988年写成《中华民族的多元一体格局》，运用考古学资料、历史文献、民族学材料，系统论证了中国文化的“条条块块”，并最终提炼出“各美其美，美人之美，美美与共，天下大同”的著名论断。这一思想引导了中国人在对外开放过程中建立正确的文化观。
苏秉琦“区系论”的另一方面“条条”则在于揭示文化的渊源流向，阐释文化随时间发生的变迁。他曾经形象地提出：“楚（文化）就好像一棵大树，有大的树干，大的树冠，还有大的树根体系。这是一个譬喻，是为了说明楚文化应有两个范畴：其一是，犹如这棵大树的树干，指的是因时而异的楚文化自身；其二是，犹如包括树根、树冠和树干的这棵大树，指的是楚文化形成和发展过程中的基础、背景以及同它有关系的诸不同地区、不同文化之间的相互影响和相互作用。”
在其基础上，张忠培在20世纪80年代中期提出“谱系论”：“文化传播和迁徙是广泛存在的历史事实，在它的作用下，考古学文化之间大量出现了文化渗透、借用、融合、同化和考古学文化的分化，使任何一种考古学文化成了不同谱系的多元结构，即不同谱系的文化因素，结合成统一的考古学文化。”“谱系论”强调了文化之间的相互影响在文化变迁中的作用，通过揭示不同文化之间的互动，阐释文化变迁的动态过程，总结文化运行的机制与规律。
近代以来，中国现代化道路跌宕起伏，思想界有人将“现代化”与“西方化”混为一谈，在全面西化与固守传统之间摇摆不定。张忠培又以大量考古学文化实践与研究为前提，将文化的动态变迁过程概括为“传承、吸收、融合、创新”，揭示了文化演进的普遍规律，使“谱系论”从一种考古学理论升华为具有现实意义的文化思想，对中国现代化进程具有指导意义。
考古学研究的实践不停，考古学的理论创新不息。考古学给社会带来的最宝贵的财富，并不只是那些世界级的遗产或国宝级文物，还包括闪耀着智慧光芒的哲思。
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