八路军一二九师的初期工作是落实毛泽东的指示：“应照每师扩大三个团的方针，自筹枪支、军饷。实行减租减息，废除苛捐杂税，团结左翼力量，而以大部兵力尽量分散于各要地，发动群众，武装群众。”按照分工，师政治部副主任宋任穷、组织部部长王新亭、宣传部部长刘志坚率七七二团，分赴山西的沁县、长治、晋城、高平、武乡、平顺、壶关、安泽等地区开展群众工作。出发前，刘伯承对宋任穷、王新亭和刘志坚说：“晋东南是毛主席选定的下棋的‘眼位’，我们一定要把这个‘眼’做起来。”
     1937年10月，王新亭对外以三八六旅政治部主任的身份，率七七二团3个连队到达长治。当天，王新亭拜会了国民党军第二军团司令官汤恩伯。
    长治是上党地区的中心，阎锡山的第五行政公署所在地。第二天，王新亭去会见公署主任续济川。
     在接下来的日子里，八路军深入大街小巷，贴标语，发传单，演讲又表演，抗日宣传搞得有声有色，群众参加八路军的热情很高。但是，一股谣言也在悄悄地出现：“八路军仅仅是宣传工作做得好，参军与日本人打仗就是去送死。”“八路军过黄河到山西，是来抢地盘的，根本不是来抗日的。”“参军不如保家乡，保家乡还是参加保安队好！”等等。
     宣传抗日和参加八路军的工作，在谣言面前，受到了影响。王新亭一深入调查，发现这些都是阎锡山的第五行政公署一个叫聂士庆的科长搞的鬼，并搜集到了他的一次私下谈话记录。于是，王新亭拿着证据，到行政公署找续济川，严肃地责问：“八路军到山西来抗战，这是国民党同意了的；委员长也曾说过：‘地无分南北，人无分老幼，无论何人皆有守土抗战之责任。’这是你们知道的吧？！为什么有人故意散布种种谣言，阻挠我军的动员工作？”
    续济川在证据面前，只好用计脱身，连连重复：“一定调查，一定调查！”
     后来，八路军七七二团3个连队在长治站稳了脚跟。到了年底，3个连队扩充了一个团的兵力，王新亭将这个团的番号定为八路军三八六旅扩充团。后来，这个扩充团改称八路军第十七团。1938年1月，八路军将政训处主任一职恢复为政治委员，王新亭被任命为一二九师三八六旅政治委员。在长治做好“棋眼”后的王新亭回到旅部，与陈赓旅长一起指挥部队打仗。
     “专打三八六旅”的标语是一句高级评语香城固战斗中，日军的坦克写上了“专打三八六旅”的标语。这样的标语，至少清楚地表明，在抗日战争中，三八六旅是日军眼中的劲旅，必欲除之而后快。而三八六旅是由政委王新亭和旅长陈赓指挥的。事后，王新亭说：“这条标语是对我们的高级评语！”
    那么，是在什么情况下，让日军如此憎恨三八六旅的呢？
     香城固战斗之前，也就是王新亭上任三八六旅政治委员后的1938年二三月间，王新亭和陈赓率部先后进行了长生口、神头岭、响堂铺伏击战，取得了三战三捷的重大胜利。神头岭一仗，只用了两个小时，就消灭了日军一○八师团1500多人，缴获长短枪550多支，骡马600多匹。这三战三捷在抗日战争史上颇有影响，不仅沉重地打击了日军在河北、山西的嚣张气焰，牵制了日军的行动，而且锻炼和壮大了抗日队伍，改善了武器装备。一时间，八路军在人民群众中的威信迅速提高，人民群众的抗日情绪也随之高涨，抗日烽火燃遍太行山区。
     为了进一步打击日军，扩大根据地范围，1938年8月，王新亭率三八六旅新一团、青年纵队、六八九团、六八八团向漳河以南挺进打击日军。从8月至11月，王新亭率部在临漳、安阳、内黄连续攻克回隆、楚旺等重镇，消灭日军4000多人。1938年12月，王新亭与陈赓再次汇合，率三八六旅全部兵力，第二次挺进冀南平原，给日军予以沉重打击。由此，引发了日军在坦克上打出标语：“专打三八六旅”。1939年1月17日，王新亭率新一团在安儿寨消灭日军150多人，击毁日军4辆军车。之后，王新亭和陈赓立即研究在香城固打一次诱伏战。王新亭说：“老陈哪！根据我们在冀南平原反‘扫荡’的经验，每一次袭击日军之后，日军就派出部队实施追击。我们利用日军这一报复心理，在香城固打一次诱伏战，诱敌就范。”
     陈赓说：“政委说得好。咱们还有一句经常说的老话：‘人是活的，想吃肉，还怕找不到一个杀猪的地方吗？’我看政委说的这个香城固是有利于我设伏的理想地形。”
     三八六旅在日军打出“专打三八六旅”的标语时，选择在香城固打击日军。在具体研究会议上，三八六旅参谋长周希汉说：“香城固西北是一个带形沙河故道，四周长满了红柳和野枣树，地势十分倾斜，形成一块洼地，西边靠近张家庄，那边是一道由西南伸向东北的大沙岗，长有二里半路。东北方向三里处是庄头村，与张家庄正好遥遥相对，这块洼地是个天然的诱伏敌人的‘好口袋’阵地。”
    副旅长许世友更是点头说：“真是好地方。”
    陈赓也连声说好，同时说：“从威县县城的地理位置和对地形的侦察来看，威县县城的敌人恰好可以作为我们诱伏的对象。”
     王新亭说：“很好。从威县县城到香城固的距离大约有30里，只要我们部队隐蔽得好，封锁消息做得好，敌人是不容易察觉的。”王新亭还建议道：“现在就把设伏阵地和诱击对象定下来！”
    陈赓说：“对。夜长梦多。政委的意见很好。现在就可以定下这个设伏点和诱敌对象！”
    根据会议最后确定，许世友立即带领各团领导靠前仔细察看地形，对阵地进行熟悉布置。
    经过一番周密的组织，2月7日至9日连续三天，王新亭和陈赓派出小部队夜袭威县的日军第十师团第四十联队，引诱其出笼。
     2月10日，日军四十联队一个加强中队果真出动。当天下午4时许，日军的坦克和汽车陆续进入伏击圈，坦克上的标语在三八六旅指战员们眼前清晰可辨。三八六旅一营营长下令开火，当即击毁了头一辆汽车，击毙了日军的翻译官，击伤了中队长安田。
     日军遭到当头一棒，顿时乱了阵脚。受了伤的安田中队长知道中埋伏上当了，立即命令后撤。然而，为时已晚，经过8小时激烈战斗，日军一个中队的兵力全部被歼灭。
     香城固战斗的胜利，给日军再次造成沉重打击，振奋了根据地人民的斗志，这对巩固冀南平原抗日根据地，坚持平原游击战起到了重要作用。
     1939年3月，三八六旅总结了香城固诱伏战后，陈赓率三八六旅主力回太行山区作战，王新亭和许世友率由三八六旅新一团和补充团各一个连的兵力，继续留在冀南平原作战。直至1939年底，王新亭奉命返回太行山。
     1940年4月，三八六旅和山西的决死一纵在岳北庶纪会师，史称“岳北会师”。会师后，部队进行了整编，成立了太岳军区，军区下辖三八六旅和决死一纵。陈赓任军区司令员兼三八六旅旅长，王新亭任军区政委兼三八六旅政委，周希汉任三八六旅参谋长，辖七七二团、十六团、十七团、十八团。决死一纵司令员、政委由薄一波担任，副司令员是牛佩琮，参谋长是颜天明，辖二十五团、三十八团、四十二团、五十七团、五十九团。从此，王新亭和陈赓一起率部，在晋西北、同蒲铁路前沿打击日军，直至1945年8月，日本无条件投降为止。
     1945年10月，太岳军区对部队进行了调整，组建了野战军部队。1947年8月，太岳军区二十二旅、二十三旅和二十四旅组成晋冀鲁豫野战军第八纵队，王新亭担任纵队司令员兼政委，副政委是周仲英，参谋长是张祖谅，政治部主任是桂绍彬。