可就在这时，一股反“教条主义”的运动突然降临。1957年2月，当时担任国防部长的彭德怀与陈赓、谭政到南京军事学院检查工作。在座谈中，有部分教员、学员提出学院存在“教条主义”问题。经过调查，彭德怀认为在教学中，不是有没有“教条主义”的问题，而是“教条主义”十分严重的问题，主要表现就是现在的教学内容与我军的实际情况不相适应，没有对我军的几十年的战争经验进行系统整理和总结，提出反对“教条主义”。军事学院领导认为彭德怀的结论不符合实际情况，军事学院的成绩是主要的。在全军训总四级干部会议上，许多干部要求彭德怀收回他视察军事学院后给中央的报告。
     彭德怀一方面积极主张反对“教条主义”，一方面又尽量避免扩大打击面，避免整具体的人。他对持有对立意见的两派人说："你们对敌斗争都很坚决，不搞阴谋，不想推翻谁，都是好人、正派人，但思想方法都有片面性。今天只是整一整思想，分清是非，接受教训，不追责任。"但是，这场运动由于有了林彪的参与，情况就变得难以控制。他对一些军队高级干部说：“有人一提起学习就想到外国，专学外国的东西，以为只有外国的东西才是好的。这就是迷信，一定要打破迷信观点。我们的经验很丰富，不能把黄金当黄土甩掉了”。“有的单位不把毛主席军事着作作为军事基本教材，只作为参考材料，这是不对的。有的单位连参考都没有列上，这就更不应该了。”