然而，当时间进入20世纪60年代，社会主义的航船却在“左”的思想指导下日益偏离正确的航向。1966年4月，“哈军工”被贬为全军四个“不突出政治”的落后单位之一，突然被集体转业，退出了军队序列，并更名为哈尔滨工程学院。1970年3月，学院主体内迁长沙，更名为长沙工学院，“哈军工”正式解体。这所倾注了毛泽东、周恩来等老一辈无产阶级革命家大量心血的军队高等院校，发生如此巨变，事前连国务院总理周恩来都一无所知。
     (来源:中国共产党新闻网)1972年8月6日下午，周恩来在人民大会堂召开的一次会议上，问负责人造卫星工程的张祥根：你是什么学校毕业的?张祥根回答：“我是哈尔滨军事工程学院二系1964年的毕业生。”周恩来接着问：“‘军工学院’现在怎么样了?”张祥根答：“‘军工学院’已经分了。”周恩来不解地问：“怎么分了?”在座的国防科委领导简单地介绍了“军工学院”分建和内迁的情况。周恩来很惊讶：“‘军工’已经分掉了，我怎么不知道?”有人插话：“被林彪的黄(永胜)、吴(法宪)、李(作鹏)分掉了。”周恩来闻言不无惋惜地说：“‘军工’这样拆散，太可惜!‘军工’还能不能恢复?恢复起来要多长时间?”
     汇报结束前，周恩来拿着名单一一询问汇报人员的姓名、年龄、籍贯及毕业学校。当问到上海新江机器厂总体室主任、负责卫星总体运载工具的邓崇嘏，知道他是“哈军工”五系的毕业生时，他感叹地说：“又是一个‘军工’学生，‘军工’真是出人才啊!”
     1973年，在中央军委召开的一次专委会上，周恩来再次提到：“‘军工’拆散了，可惜!”叶剑英在1973年见到刘居英(陈赓去世后，刘居英任“哈军工”院长)时，也不解地问：为什么把那个学院拆散了?
     对“文革”前的“哈军工”，周恩来是再熟悉不过了。“哈军工”创建时，周恩来向毛泽东力荐陈赓为“哈军工”的首任院长兼政委；他主持专门会议解决“哈军工”的经费、师资等问题；“哈军工”建成后，他曾两次到该院视察；有一次路过哈尔滨，他还特意委托夫人邓颖超视察了该院的学员食堂，告知学院领导要注意学员的身体健康。他深知，“哈军工”在中国国防事业中占有重要地位，当时国家的战略武器有许多都在这里研制，大批科研人才更是不可多得的财富。对于“哈军工”的被拆散，他在去世之前“可惜”之声不断，可见“哈军工”在他心中占据了多么重要的位置。
    “哈军工”还能恢复吗?谁能承担起这个重任呢?
     与此同时，“哈军工”人一直对学院退出军队序列十分不理解：1953年8月26日，毛泽东在给学院的《训词》中提到“为了建设现代化的国防”，“就是要有大批能够掌握和驾驭技术的人，并使我们的技术能够得到不断地改善和进步。军事工程学院的创办，其目的就是为了解决这个迫切而光荣的任务”。为什么仅仅过了13年，这一任务就过时了呢?因而，“哈军工”人一直梦想着重新回到军队的怀抱。