(一)设立羁縻卫所。这类卫所以降附明朝的首领为都督、都指挥使、指挥使、千户、百户、镇抚等官职，自己管理内部事务定期向明廷朝贡。蒙古地区最著名的是泰宁卫(今吉林洮安一带)，初以辽王阿札失里为指挥使;福余卫(今齐齐哈尔一带)，以海撒男答奚为指挥同知;朵颜卫(今绰尔河流域)，初以脱鲁察儿为指挥同知。泰宁、福余、朵颜三卫统称兀良哈三卫或朵三卫，一直存在至明朝末年。在三卫的的西北面还曾设立斡难卫(今鄂嫩河流域)、坚河卫(今额尔古纳左旗根河一带)、海剌千户所(今海拉尔一带)、哈剌孩卫(今哈刺哈河流域)等，这些卫所在设立后不久都消亡了。在今包头、呼和浩特、集宁地区一度设立官山、失宝赤、五花城、斡鲁忽奴、燕只、瓮吉剌等千户所，随着蒙古势力的逐渐南下，这些千户所也很快消亡了。

在明朝的西北地区，即今甘肃、青海西部，以及新疆东部先后设立安定、阿端、曲先、罕东、罕东左、沙州、赤斤蒙古、哈密等八卫，以蒙古族首领为指挥使等官，有的还封以王号。

(二)修筑长城壕垣。从鸭绿江起，沿着今抚顺;昌图，辽河下游、黑山、义县、山海关一线，修筑了壕垣。东从山海关起，西至嘉峪关，经过十八次大兴土石，修筑了长城，称为边墙，其中宣化、大同之南还修筑了内长城，称为次边，这就是今日见到的万里长城。这些化费了无数人力、物力、财力而修筑的长城和壕垣，基本上都是为了防御蒙古骑兵的南下。

(三)沿长城壕垣设置重镇，派驻重兵。自明初至中叶，明朝先后设置了九个重镇统领前线军士，这九个重镇统称九边镇，即：辽东镇(治广宁，今辽宁北镇)、蓟州镇(治三屯营，今河北迁西县西北)、宣府镇(治宣府，今河北宣化)、大同镇(治所在今山西大同)、山西镇(治所在今山西宁武)、延绥镇(治所在今陕西榆林)、宁夏镇(治所在今银川)、固原镇(治所在今宁夏固原)、甘肃镇(治所在今甘肃张掖)。各镇都有总兵官、巡抚，数镇之上还有总督。这些封疆大吏统领的兵力，多时达百万，少时也有几十万，约占全国兵力的三分之二。如此众多的兵力，当然基本上也是为了阻止剽悍的蒙古骑兵。

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