1950年，蒋介石在台湾自我加冕，恢复了中华民国总统职务。毛人凤也重新当上了保密局局长。他以为，虽然在南京和重庆的时候，他总要受制于人;如今到了台湾，总算应该苦尽甘来，让他可以舒舒服服地在情报系统的第一把交椅上终老了。只是计划总赶不上变化，就在他自鸣得意的时候，却没有意料到自己正要面对一个实力超强的对手——“太子”蒋经国。

败退台湾后，国民政府面临着几乎失控的社会秩序，强大而有效的特务机关对于他们稳定局面十分重要。1950年3月，蒋介石任命蒋经国为“国防部总政治部主任”，兼任特设的“总统府机要室资料组主任”。 蒋经国的官衔虽不高，权力却超越三军将领。它既可以命令“台湾保安司令部”等相关部门执行具体命令，又可以通过对情报特务机关人事任免的备案，掌握全岛特务名单，说它是台湾情报机关的决策指挥机构也毫不夸张。

蒋经国上台之后，面临的就是台湾情报系统已经存在的两股势力：其一是台湾原先最大的情报单位——保安处，它是沿袭日占时期驻军司令部“特务机关”和抗战时期的“战区第二处”的编制而设立的;其二是以大陆过来的“中统”和“军统”系统为班底的保密局。这两股势力的头子分别为：彭孟缉和毛人凤。

蒋介石和蒋经国都明白，要整合台湾的情报系统，必须先搬掉这两块石头。为了能让蒋经国尽快上位，蒋介石首先亲自出手劝退了中统的陈立夫 ，其后授意蒋经国多次在公开场合宣称：“军统、中统两大特工组织合为一家，严加整肃，统一运筹。”

看到蒋经国亲自出马，彭孟缉不敢托大了。一方面，彭孟缉只是一个“台湾省保安中将司令”，当时台湾岛“将星如云”，上将、中将一抓一大把，所以毫不起眼;另一方面，彭孟缉一直供职于军队，在情报系统没有什么家底，当初，蒋介石也是希望对毛人凤有所制约才将他安插进情报系统的。

现在有个更大的官压阵，他当然就要把位子让出来。所以，彭孟缉是完全按“太子”眼色行事，不敢有半点出轨。

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