蒙古八旗与汉军八旗也有禁旅与驻防之别，编制基本上与满洲八旗相同。但汉军八旗每佐领下置领催四人，马兵三十人，步军领催一人，步军十二人，共计四十七人，与满洲八旗略异。编入汉军八旗的兵丁，不再是分属满洲八旗的奴隶，而是国家直属的军队。其地位当然低于满洲八旗，但因降清较早作战有功，军事、政治地位又都优于入关后的汉人降军绿旗。

吴三桂、尚可喜、孔有德、耿仲明等藩王，所率领的旧部虽按八旗制度编制，设统领，但各自成系统，并不隶属满洲八旗或汉军八旗。在历年作战中，收降的绿旗兵，也由藩王直接管辖。“三藩”战后，康熙帝将吴三桂藩下人丁编入内务府三旗，分遣到辽东各地。尚之信藩下十五佐领兵丁，改属驻防广州的汉军旗。耿精忠藩下十五佐领兵丁，改属福州的汉军旗。原属孔有德藩下的兵丁，也编入汉军旗。

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