恭帝降元以后，于至元十三年(宋德祐二年，1276年)三月从临安启程北上，五月，过大都，赴上都。丙申，于上都大安殿觐见元世祖忽必烈。忽必烈欲保全亡宋宗室，降封恭帝为瀛国公，开府仪同三司，并且把公主嫁给了恭帝，福王赵与芮受封平原郡公;下诏书明令优待宋室宗亲，让他们居住在大都。南宋末诗人汪元量《水云集》湖州歌八十一有云：“僧道恩荣已受封，上庠儒者亦恩隆。福王又拜平原郡，幼主新封瀛国公。”

至元十九年，中书省奏请皇帝，将瀛国公迁居到上都，世祖忽必烈下诏批准了这个建议。到了至元二十五年(1288年)十月，瀛国公赵?这时已经十八岁，世祖忽必烈下诏，派遣赵?入吐蕃，学习梵书、西蕃字经。元代高僧释念常所著《佛祖通载》记载：“宋主以王位来归，学佛修行。帝大悦，命削发为僧宝焉。”(也有一说是瀛国公自求入吐蕃学佛法)。十二月赵?启程，从脱思麻(今青海省海南藏族自治州一带)进入乌思藏(是藏区传统和文化上的一个地区，范围大致相当于民国时期的西藏地方;清朝以来称为卫藏，后改称西藏)。

在此之后的汉文史籍就就没有了瀛国公赵?的记载，但在藏文材料中偶有恭帝的踪迹。恭帝十九岁时到喇嘛庙里出家，驻锡萨斯迦大寺，号木波讲师。此后为了忘却昨日伤心烦恼事，潜心学习吐蕃文字，果然皇天不负有心人，何况赵家的人本来就带着这种遗传的文化素养。不出数年，瀛国公赵?已经在卫藏佛界崭露头角，成为把汉文佛典译成藏文的翻译家。他还经常把汉藏佛经互译比勘，校订经书中的异文。

后来赵还担任了萨迦大寺的住持，法号为“合尊”，成为当时吐蕃的佛学大师，四处讲经，穷其一生潜心研究佛学。他翻译了《百法明门论》，以及佛理深奥的《因明入正理论》，在扉页留下了题字，自称为“大汉王出家僧人合尊法宝”。他被藏族史学家视为翻译大师，为藏传佛教的发展做出了很大贡献。

宋恭帝的结局有着不同的说法。据释念常《佛祖历代通载》记载：“是年(至治三年)四月赐瀛国公合尊死于河西，诏僧儒金书藏经。”这句话的语意应该是很清楚的，元英宗至治三年(即公元1323年)四月，御封的灜国公合尊死于河西(今甘肃河西走廊张掖)，“诏僧儒金书藏经”这句话也明确了灜国公死后享受到了厚葬的待遇，表明了朝廷对灜国公的礼遇之意。宋恭帝赵?在五十四岁亡故，应是病亡，而不是横死。算下来，他在乌斯藏定居了35年，其间再也没有回到中原，特别是那魂牵梦绕的江南故乡!

明初人们出于反元的心理，多将“是年四月赐瀛国公合尊死于河西”，解释为“灜国公合尊被赐死于河西”。明人还多认为瀛国公因为写诗怀念故国，遭到了文字狱祸，被元英宗赐死。灜国公死后，英宗颇有悔意，厚葬之。明初僧人释无愠所集《山庵杂录》云：“合尊大师者，宋幼主瀛国公也。既归附大元，萨禅皇帝命剃发为僧。帝师躬为摩顶，授秘密戒法，精炼坚确，已多应验。瀛国公为僧后，至英宗朝，适兴吟诗云：“寄语林和靖，梅开几度花。黄金台上客，无复得还家。”谍者以其意在讽动江南人心，闻之于上，收斩之。既而上悔，出内帑黄金，诏江南善书僧儒集燕京，书大藏经云。”

关于宋恭帝，历史上还有一个离奇的传说，说他是元顺帝妥懽帖睦尔的生父。元文宗曾布告中外，引元惠宗乳母夫之言，称元明宗在漠北时，经常说太子(妥懽帖睦尔)并非自己亲生。元末明初人权衡撰写的《庚申外史》云：“国初，宋江南归附时，瀛国公幼君也，入都，自愿为僧白塔寺中。已而奉诏，居甘州山寺。有赵王者，嬉游至其寺，怜国公年老且孤，留一回回女子与之。延佑七年，女子有娠，四月十六日夜，生一男子。明宗适自北方来，早行，见其寺上有龙文五彩气，即物色得之，乃瀛国公所居室也。因问：「子之所居，得无有重宝乎?」瀛国公曰：「无有。」固问之，则曰：「今早五更后，舍下生一男子耳。」明宗大喜，因求为子，并其母载以归。”此子即为太子妥懽帖睦尔，也就是后来的元顺帝。瀛国公驻锡的甘州山寺，元时称十字寺，即张掖大佛寺。书中所言的明宗，是元武宗长子周王和世琜(即位后为元明宗)，当时流亡于西北。

有明以后，这个说法成为定论。传说，当年明太祖朱元璋立国之初供奉历代皇帝时，一直纳闷元朝最后一个皇帝元顺帝的像，怎么看都象个汉人，和宋恭帝长的相似。后来发现顺帝的母亲曾经去过藏区，与灜国公讨教过佛学教义。后来元明宗招她入宫，不久已有身孕，就是后来的元顺帝。到了清代，《四库提要》认为这个说法是南宋遗民伪造的，明人“附会而盛传之”，“渺无可据，实为荒诞之尤，非信史也”。近年来，据对元顺帝后裔与赵宋皇族后裔基因鉴定表明，二者没有任何血缘关系。据史籍记载，宋亡以后，宋恭帝赵?曾徙居元大都、上都、乌斯藏、甘州(一说还有谦州，今俄罗斯图瓦共和国境内)等地，亡年五十四岁，是中国历史上游历最远的一位汉人皇帝。

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