中国中日关系史学会于1984年8月31日在北京成立。
学会是由研究中日关系史和关心中日两国关系发展的人士自愿组成的全国性非营利性民间学术团体。
学会接受中国社会科学院、民政部的业务指导和监督管理。
学会的宗旨是广泛团结我国从事研究中日关系史的知识界人士以及其他关心中日关系发展的有关人士，推动对中日关系史和两国间有关问题的研究，增进与日本有关团体和人士的学术交流和友好往来，以提高中日关系史的研究水平，为促进中日两国人民世代友好和两国关系的健康发展作贡献。
学会首任会长是已故全国政治协商会议副主席、中国佛教协会会长、著名社会活动家赵朴初；第二任会长是已故国务院发展研究中心主任孙尚清；第三任会长是现任全国政治协商会议常委、全国政协经济委员会副主任、北京大学社会科学学部主任、北京大学光华管理学院名誉院长厉以宁；现任会长为中国社会科学院副院长武寅。
学会设理事会、常务理事会。在理事会、常务理事会闭会期间，由常务理事会负责研究决定学会日常工作。
学会日常工作机构设有办公室、编辑部、联络部、学术研究部。
学会积极开展国内外交流活动，与日本有关团体及日本驻华机构有良好的交流关系。学会经常举办中小型座谈会、研讨会、学术报告会，邀请日本及中国的专家、学者、政治家、外交官等，就中日关系史和当前中日关系进行学术交流和研讨。
学会多次组团出访日本，加强中国青年与日本人民的交流，促进中日民间的友好往来。
多年来，学会编辑出版了《友谊铸春秋--为新中国做出贡献的日本人》卷一和卷二、翻译出版了《大平正芳》、《日本通商产业政策史》全十七卷等，在国
内外受到广泛好评。
学会的会刊是《中日关系史研究》，季刊，每年出版四期。
中国中日关系史学会
中国中日关系史学会第5届领导机构成员名单（以姓氏笔划为序）
法定代表人：徐启新
名誉会长：丁 民 刘德有 吴学文
顾 问：厉以宁 沙 里 杨振亚 徐敦信 韩树英
会 长：武 寅 中国社会科学院副院长
副会长：王晓秋 北京大学历史系教授
副会长：王泰平 中日友好二十一世纪委员会副秘书长、
副会长：卞崇道 中国社会科学院哲学研究所研究员
副会长：冯昭奎 中国社会科学院日本研究所研究员
副会长：孙东民 人民日报高级记者
副会长：朱福来 北京社会科学院研究员
副会长：汤重南 中国社会科学院历史研究所研究员
副会长：张云方 国务院发展研究中心研究员
副会长：徐启新 中国中日关系史学会
秘书长：徐启新（兼）
副秘书长：董永裁、张旺栋
1999年11月，第四届研究会会长等改选为：
法定代表人：朱福来
名誉会长：谷牧 沙里 吴学文 丁 民
会 长：厉以宁（教授）全国人大常委法律委员会副主任、北京大学经济管理学院院长、民盟中央副主席
第四届领导机构成员名单：（1997-1999年）
会 长：厉以宁 全国人大常委法律委员会副主任、北京大学经济管理学院院长、民盟中央副主席
副会长：沙 里 全国政协委员（原副秘书长）
副会长：杨正光 北京市社会科学院（原研究所所长）
副会长：吴学文 现代国际关系研究所研究员
副会长：丁 民
副会长：武 寅 中国社会科学院历史研究所研究员
副会长：汤重南 中国社会科学院历史研究所研究员
副会长：俞辛淳 南开大学日本研究中心主任、教授
秘书长：蒋道鼎 《光明日报》高级记者
副秘书长：赵文斗 张云方 孙东民
常务理事：杨正光 丁 民 赵文斗 孙东民 张云方 林国本 蒋道鼎
第三届领导机构成员名单：（1994-1997年4月）
会 长：孙尚清
副会长：沙里 赵安博 韩树英 杨正光 爱新觉罗？溥杰、
秘书长：杨正光
副会长：武 寅（研究员）中国社会科学院世界历史研究所所长
副会长：汤重南（研究员）中国社会科学院世界历史研究所亚非拉研究室
副会长：王晓秋（教授） 北京大学历史系教授
副会长：张云方（研究员）国务院发展研究中心办公厅主任
副会长：孙东民（高级记者）《人民日报》国际部
副会长：卞崇道（研究员）中国社会科学院哲学研究所
副会长：朱福来（研究员）北京社会科学院
副会长：冯昭奎（研究员）中国社会科学院日本所
副会长：蒋道鼎（高级记者）《光明日报》
副会长：马仲良（研究员）北京社会科学院副院长
秘书长：朱福来（兼）
常务理事：厉以宁 沙 里 吴学文 丁 民 武 寅 汤重南 王晓秋 张云方 孙东民 朱福来 卞崇道 冯昭奎
马仲良 蒋道鼎 林国本
第二届领导机构成员名单：（1989-1994年）
会 长：孙尚清（已故国务院发展研究中心主任）
副会长：沙里 赵安博 韩树英 杨正光 爱新觉罗？溥杰、
秘书长：杨正光
第一届领导机构成员名单：（1984-1989年）
会 长：赵朴初（1984-1985年4月）（已故全国政协副主席、中国佛教协会主席）
孙尚清（1985-1989年）
副会长：孙尚清 爱新觉罗？溥杰 韩树英 沙 里 赵安博
秘书长：胡锡年
副秘书长：杨正光
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