王恕刚刚抵达北京，很有政治头脑的翰林院庶吉士邹智，向他提醒：以往大臣不能会见皇帝，所以朝廷事事苟且。先生应该先请求皇帝召见，一一指出时政的弊端。
    王恕在皇帝面前畅所欲言，很好地履行了吏部尚书的职责。他向皇帝说，从正统年间以来，皇帝每日只上朝一次，臣下觐见不过片刻。圣主虽然聪明，那里能够尽察大臣贤能与否？希望陛下每天下朝以后，前往便殿，召见大臣，详细讨论治国之道，谋划大政方针。孝宗采纳了这个建议，从弘治元年（1488）三月开始，早朝之外，增加了午朝，皇帝在文华殿接见大臣。被接见的大臣可以当面向皇帝陈述政见，皇帝详细询问，作出裁决。
    孝宗起用的另一位名臣，是学者型官僚丘浚。丘浚幼年丧父，由寡母李氏教导，读书过目成诵。家贫无书，常常走数百里借书。苦读的结果，是乡试考了第一名。景泰五年（1454）成为进士，在翰林院工作，见闻愈加广阔，熟悉国家典章制度，以经济之才自负。成化元年（1465）朝廷在两广用兵，丘浚向内阁大学士李贤上书，洋洋数千言，指陈形势。李贤很欣赏，推荐给皇帝，皇帝命人抄录，发给总兵、巡抚参考。丘浚因此而声名鹊起，晋升为礼部右侍郎兼国子监祭酒。

    他鉴于真德秀的《大学衍义》关于“治国平天下”的内容有所欠缺，博采群书予以补充，写了一本《大学衍义补》，阐述“四书”之一的《大学》关于治国平天下的道理，重点在于治国的方略。比如，他讲到从唐代以来，朝廷财政仰赖于江南已见端倪，到了明代江南已经成为财赋重地，唤起朝廷对江南的重视，极具政治家见识。弘治元年（1488），他把此书呈献给皇帝，孝宗看了非常欣赏，批示说：“考据精详，论述该博，有辅政治。”随即指示礼部出版此书。用这样的语言品评一本著作，显示了品评者自身的学术功底，这与他太子时代受到的系统经史训练，以及自己的文化追求有关。由于皇帝的器重，丘浚晋升为礼部尚书，奉命编撰《宪宗实录》。弘治四年（1491）书成，以礼部尚书兼文渊阁大学士，参与机务，开创了尚书进入内阁的先例。当时他已经七十一岁了。