丘浚没有辜负皇帝的信任，屡屡上疏，触及时政的弊端。他指出：陛下端正自身作为立朝之本，清心寡欲应对政务，谨慎对待喜好不流于异端，节约开支不至于耗费国力，任用官员出于公心不失于偏听，禁止拉关系以严肃内政，提倡义理以杜绝奸佞。这样可以消除天灾人祸，实现帝王之治。这位著名学者写得兴起，一共拟了二十二条，洋洋万言。好学的孝宗耐心批阅，给予高度评价：“切中时弊”。
    令人不解的是，王恕和丘浚这两位皇帝倚重的大臣，互不服气。有一天宫内举行宴会，座次的排列有一点麻烦：丘浚作为内阁大学士，自以为应该排在王恕前面；王恕以吏部尚书身份位居六部之首，自以为不宜排在礼部尚书丘浚后面，颇有牢骚，从此结下嫌隙。不久，丘浚指使太医院官员刘文泰弹劾王恕。刘文泰经常出入丘浚家，企求升官，吏部尚书王恕没有批准。刘文泰自以为有丘浚撑腰，弹劾王恕变乱选拔官员的成法，揭露他请人为自己撰写《大司马王公传》，大量透露被皇帝“留中”奏疏的内容。丘浚随即指责王恕“卖直沽名”。孝宗听信刘文泰与丘浚的意见，谴责王恕“沽名”，责令焚毁《大司马王公传》的书版。王恕不得不向皇帝作自我检讨，请求退休。王恕被迫退休，引来舆论哗然，言官交章弹劾丘浚“媢嫉妨贤”。
    弘治八年（1495）二月，七十六岁的丘浚去世，史家对他的盖棺论定还是公允的，说他在内阁五年，常常以宽大启迪皇上，用忠厚改变士人习气，清廉耿介，嗜好学问，自己家的房屋低湿狭小，四十年没有翻修。也指出他的弱点：“议论好矫激”，例如讥讽范仲淹的庆历新政是“多事”，说岳飞未必能够恢复故土，秦桧有再造之功云云。这种令人惊骇的言论，与他性情的偏隘不无关系。他和内阁同僚议事，意见不合，竟然把官帽扔到地上；看不惯言官的言论，动不动就当面大骂。和王恕有嫌隙，甚至见面不说一句话，以至于指使刘文泰攻击王恕，招来一片谴责声。他去世后，刘文泰前往吊唁，被丘夫人赶了出去，骂道：因为你的缘故，使得已故相公与王公失和，背负不义的名声。由此可见，丘浚和他的夫人，对于无端攻击王恕，导致他的退休，事后有所反省，深感内疚。

    王恕从政五十余年，刚正清严始终如一，在吏部尚书任上，引荐的人才，如耿裕、彭韶、何乔新、周经、李敏、张悦、倪岳、刘大夏等，都是一时名臣。《明史·王恕传》说：弘治二十年间，众正盈朝，职业修理，号称极盛，王恕功不可没。武宗即位后，仰慕他的名声，派遣官员前往慰问，向他征求高见，要他知无不言言无不尽。正德三年（1508）四月，九十三岁的王恕逝世，武宗得到讣告，停止上朝，赠给左柱国、太师头衔，赐谥号“端毅”。
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