雍正帝对年氏这种忠君爱国、大义灭亲的精神深受感动，但却没有因为年氏而宽恕年羹尧，依然加紧对年羹尧的打击行动。年氏本来身体就虚弱，加之长期为兄长担惊受怕，寝食不安，体质越来越差，到雍正三年(1725年)十一月已经病情严重，最后竟然卧床不起。十一月十五日雍正帝也预感到年氏的病情不妙，于是向礼部发出一道谕旨：

贵妃年氏秉性柔嘉，持躬淑慎。朕在藩邸时事朕克尽敬慎，在皇后前小心恭谨，驭下宽厚和平。皇考嘉其端庄贵重，封为亲王侧妃。朕即位后，贵妃于皇考、皇妣大事悉皆尽心，力疾尽礼，实能赞襄内政。妃素病弱，三年以来，朕办理机务，宵旰不遑，未及留心商确诊治，凡方药之事，悉付医家，以致躭延日久。目今渐次沉重，朕心深为轸念。贵妃著封为皇贵妃。倘事出，一切礼仪俱照皇贵妃行。

雍正帝对于年氏所作所为说不出丝毫的差错，但他本人借口公家公务繁忙而不去探视，仅以医生治疗为说词。虽说是在这个时候特意加封年氏为皇贵妃，但这也只是一种变相的冷落，因为这个时候正是雍正帝忙于策划年羹尧的罪行。雍正三年(1725年)十一月二十二日，刚晋升为皇贵妃7天的年氏，尚未来得及行册封礼就病死在圆明园。也就在这个月，其兄年羹尧被逮回京受审，年氏死后刚半个月，年羹尧被赐令自尽。

年氏本来体弱多病，她为胤禛生的三子一女连续夭亡，心情不好，又缺少夫爱，加之整日为自己兄长安危担惊受怕，她的死亡在一定程度上与雍正帝有一定的责任。

雍正三年(1725年)十一月二十八日，年氏金棺由圆明园奉移到阜成门外十里庄殡宫暂安。十二月被册谥为敦肃皇贵妃。乾隆二年(1737年)二月二十二日，敦肃皇贵妃金棺随孝敬皇后梓宫奉移泰陵，三月初二日辰时葬入泰陵地宫，金棺位于雍正帝梓宫右(西)侧，比左侧的孝敬皇后的梓宫稍后些，以示尊卑有别。

敦肃皇贵妃年氏能祔葬在泰陵地宫，究竟是雍正帝的本意还是乾隆帝做主安排的，目前还不得而知。但年氏因其兄功劳晋升为贵妃，后文晋升为皇贵妃，没有因其罪受处罚，这在历史上还是少见的。是因其深明大义得宠，还是生育功劳大，且前有待研究;但她的死，与其兄获罪和雍正帝的冷落，还是有很大关系的。

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