公元前99年(天汉二年)，李陵出击匈奴，兵败投降，汉武帝大怒。司马迁为李陵辩护，触怒了汉武帝，获罪被捕，被判宫刑。“人固有一死，或重于泰山，或轻于鸿毛，用之所趋异也。”(《报任安书》)为了完成父亲遗愿，司马迁含垢忍辱忍受“宫刑”。公元前96年(太始元年)，获赦出狱，做了中书令，掌握皇帝的文书机要。他发愤著书，全力写作《史记》，大约在他55岁那年，终于完成了全书的撰写和修改工作。司马迁以其“究天人之际，通古今之变，成一家之言”的史识，成就了《史记》——中国历史上第一部纪传体通史。

大臣们都谴责李陵不该贪生怕死，向匈奴投降。汉武帝问太史令司马迁，听听他的意见。司马迁说：“李陵带去的步兵不满五千，他深入到敌人的腹地，打击了几万敌人。虽然打了败仗，可是杀了这么多敌人，也可以向天下人交代了。李陵不肯马上去死，准有他的主意。他一定还想将功赎罪来报答陛下。”

武帝听了，认为司马迁这样为李陵辩护，有意贬低李广利(李广利是汉武帝宠妃李夫人的哥哥)，便勃然大怒，说：“你这样替投降敌人的叛徒强辩，是不是存心反对朝廷?”便把司马迁下了监狱，交给廷尉处理。司马迁被关进监狱以后，案子落到了当时臭名昭著的酷吏杜周手中，杜周严刑审讯司马迁，司马迁忍受了各种肉体和精神上的残酷折磨。面对酷吏，他始终不屈服，也不认罪。司马迁在狱中反复不停地问自己：“这是我的罪吗?这是我的罪吗?我一个做臣子的，就不能发表点意见?”不久，有传闻说李陵曾带匈奴兵攻打汉朝。汉武帝信以为真，便草率地处死了李陵的母亲、妻子和儿子。司马迁也因此事被判了死刑。

第二年汉武帝杀了李陵全家，处司马迁死刑。但是汉朝的死刑要免死的话可以接受两条路，要不交50万钱，要不接受宫刑，宫刑是个奇耻大辱，污及先人，见笑亲友。

司马迁被关进监狱以后，案子落到了当时名声很臭的酷吏杜周手中，杜周严刑审讯司马迁，司马迁忍受了各种肉体和精神上的残酷折磨。面对酷吏，他始终不屈服，也不认罪。司马迁在狱中反复不停地问自己“这是我的罪吗?这是我的罪吗?我一个做臣子的，就不能发表点意见?”不久，有传闻说李陵曾带匈奴兵攻打汉朝。汉武帝信以为真，便草率地处死了李陵的母亲、妻子和儿子。司马迁也因此事被判了死刑。

据汉朝的刑法，死刑有两种减免办法:一是拿五十万钱赎罪，二是受“腐刑”。当时司马迁官小家贫，只好“腐刑”赎罪。(这里说的“腐刑”就是指司马迁下身被阉割)，服刑后终才保全了性命。

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