“国嘴们”相信万历晋封郑德妃为皇贵妃是为朱常洵接班铺路搭桥，于是纷纷上疏指责皇帝专宠郑贵妃，要求按照制度和习惯先晋封皇长子朱常洛的生母恭妃王氏为皇贵妃，也有人直接要求“册立东宫”，由此拉开了对明代政治影响深远的国本之争的帷幕。

对于国本之争，大多数人都认为错在万历，但事情并不是那么简单。万历很可能有废长立幼的想法，长子朱常洛是“拉链门”事件的产物，次子朱常洵则是真正爱情的结晶，万历心中应该厚薄不均，群臣的批评并非完全是无理取闹。但是按照《大话西游》里唐僧的说法，万历废长立幼只是一个构想，还没有成为事实。况且皇后还年轻，生嫡子的可能性不能排除，万历并没有违反祖制，所以群臣没有必要搬出观音姐姐(朱元璋)，逼迫孙悟空(万历)就范。

当时的文臣中，希望通过刺激皇帝使皇帝记住他们名字甚至希望通过皇帝一顿斥骂、痛打、贬谪而沽取清誉的人不在少数。维护继位祖制，在政治上永远正确，无疑是一个很好的炒题，那些批评万历的言官动机并不单纯。

万历认为册封贵妃与立储没有关系，大臣不该把这两件事联系起来，他斥责群臣“屡借风闻之语”，找他的毛病，而对于“鬻货欺君，嗜利不轨”这类真正的问题却视而不见，实在是“好生可恶”。对于这类奏章，他说：“此不过欲沽名尔，若重处之，适以成其名”，于是“卷而封之”，这就是万历“不批”的由来。

党争形成以后，言官沦为党争的打手和先锋，其拥有的监察权和话语权沦为斗争的工具，各种冠冕堂皇的议题背后，往往藏着不可告人的目的，令执政者眼花缭乱，进退失据，出现了朝廷大员甚至皇帝被小小言官左右的奇特现象。

万历二十九年冬，万历正式册封朱常洛为东宫太子，然而国本问题不仅没有因此结束，反而变本加厉，那些在党争中受到皇帝处理的人利用继位问题制造了“《忧危竑议》妖书案”、“《续忧危竑议》妖书案”、“梃击案”等案件，以此打击政敌、转移焦点或是报复皇帝。

与进谏动机日趋复杂化相适应，万历的冷处理也不断升级，由不批发展到不朝、不任免官员，这种“独到”的处理方式，被许多人认为是怠政。

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