台湾方面，也在准备：其一，刘国轩负责战事；其二，在台湾门户——澎湖进行防守；其三，水军主力集中到澎湖海域。
     巧用兵略康熙二十二年（1683年）六月，福建水师提督施琅率清朝水师，向澎湖进发。澎湖海战，一触即发。
     第一回合。康熙二十二年(1683年)六月十四日，施琅率水师2万人，战船230余艘，出其不意，向澎湖进发；此举出乎刘国轩之所料，他没有想到懂得海上风候的施琅，会选择大风大浪的季节进攻澎湖，因事发突然而措手不及。
     十六日，两军对峙于海面，发生激烈海战。在这里我讲一个蓝理的故事：施琅发起进攻前，问诸将：谁敢为先锋？诸将互视，无人回答。蓝理挺身响应。施琅命蓝理为先锋，并命在其战船帆篷上，书写两丈长的两个大字——蓝理。战起，蓝理率7艘战船冲入敌阵。双方展开激战。郑军刘国轩初战失利。但风向突转，对清军不利。郑军乘机进攻，包围清军指挥战船，施放火器，施琅右脸被烧伤，众官兵惊慌。这时，蓝理督率战船冲向郑船，负伤10余处；又被敌炮轰倒，肚破肠流，非常严重。有人喊：“蓝理死矣！”蓝理忍痛跳起来喊道：“蓝理在！”他的部下把蓝理破肚流出的肠子装到腹中，四弟给他穿上衣服，五弟用布把他的腹部包裹起来。蓝理重整衣甲，继续指挥战斗。官兵深受感动，更加奋勇作战。郑军败退。后康熙帝誉称他为“破肚将军”（陈康祺《郎潜纪闻三笔》卷四）。
     第二回合。二十二日，清军与郑军在澎湖海域进行决战。清军船舰分作三队：左翼以50艘进攻鸡笼屿，右翼以50艘进攻牛心湾；主力由施琅率领，分作前后两队——前队56艘居中，后队80艘分作两股，既左右策应，又前后援应。郑军将领刘国轩率军全力以赴。从早上七时到下午四时，双方海战，异常激烈。施琅指挥清军，靠近敌船，用火罐、火筒、火炮、火铳等，射向、抛向郑船。霎时间，郑船焚烧，一片火海。郑船20余艘，沉入海中。刘国轩见势不妙，乘小船逃往台湾。郑军见主帅逃走，大势已去，5000余名官兵向清军投降。此战，郑军死伤1万多人，清军总兵朱天贵等300余人战死，清军取得了海战的胜利。

     清军取得澎湖海战大捷，打开了通向台湾的海上门户。郑氏失去屏障，官兵解体，风声鹤唳，无力再战。这时，台湾流传施琅会乘胜进入台湾，烧杀抢掠，为父报仇。施琅郑重宣布：仇人只郑成功一人，郑成功已死，决不报复其他任何人。
     郑克塽召集官员议商对策，有人主张逃往吕宋（今菲律宾），有人主张投降。郑克塽同意投降，并派人到施琅军前。施琅表示：“夙昔结怨，尽与捐除！”过去恩怨，一笔勾销。但是兵部不允。康熙帝高瞻远瞩，特旨允降。康熙帝已经事先作了部署，对郑氏及其官员进行妥善安排。
     康熙二十二年八月十一日（1683年10月1日），施琅率领清军前往台湾受降。
     郑克塽率领官员列队恭迎。双方在天妃宫会见，施琅“握手开诚，矢不宿怨”。事后，施琅亲自前往郑成功庙进行祭奠，表现了一位杰出政治家、军事家的博大胸怀。是年施琅63岁。康熙帝重用施琅，台湾一统。这正好应了郑成功的一句话，当年他得知施琅逃走时后悔地说：“吾不幸结此祸胎，贻将来一大患！”
     施琅的捷报传到康熙帝御前，正好是八月仲秋之夜。康熙帝高兴地作《中秋日闻海上捷音》七律一首：
     万里扶桑早挂弓，水犀军指岛门空。
     来庭岂为修文德，柔远初非黩武功。
     牙帐受降秋色外，羽林奏捷月明中。
     海隅久念苍生困，耕凿从今九壤同。（《康熙诗词集注》）
     他还挥笔写下五言绝句：
     明月中秋节，驰书海外来。
     自今天汉上，万里烟云开。（《康熙诗词集注》）
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