这时，苏丹因为支持乌干达的邪教恐怖组织“圣灵抵抗军”。乌干达陈兵两国边境，苏丹不得不将大批部队调到乌干达和苏丹的边界。这样对付南方人民解放军的政府军兵力不足。
1995年6月26日，埃及总统穆拉巴克在埃塞首都险些遇刺，刺客被击毙。但主谋是藏在苏丹的三名埃及恐怖组织头目。1996年1月31日，安理会通过决议，要求苏丹交出3名头目，并对其制裁。1998年美国驻肯尼亚使馆爆炸案发生后，美军用巡航导弹攻击了喀土穆一个怀疑用作生化武器实验的制药厂。
肯尼亚美国使馆爆炸案是苏丹内战的转折点，美国原先并不直接支持苏丹南部的人民解放军。但现在美国决定向人民解放军提供食物、帐篷和探雷排雷器等人道主义物资。
苏丹政府为了躲开制裁，为了让美国不再支持南方人民解放军。便将与肯尼亚爆炸案有关的本拉登及部下驱逐出境，没收了他的所有在苏丹的资产。并通知美国总统克林顿，本拉登飞机飞离苏丹的时间和航线，美军如果要将其击落或迫降随你们的便。不料，克林顿担心这样“不审讯就将本拉登击毙会使自己陷入法律纠纷，遭到谋杀指控”。竟令中央情报局座视本拉登的飞机安全飞到阿富汗避难。
另外，苏丹政府下令关押了苏丹宗教精神领袖图拉比。
可是美国对苏丹政府长期支持恐怖组织仍是心怀不满，继续向人民解放军提供非战争援助。
从1996年起，人民解放军拥有了一种威力巨大的防空兵器，萨姆-14肩扛式地对空导弹。人民解放军共从政府军手中缴获了约50具萨姆-14。
1996年2月26日，政府军一架C-130被击落，机上91人全部遇难。3月19日1架米格-21被击落，仅一天后，又一架安东诺夫-26飞机被击落。就在4月10日，一架AB-212被击落时，苏丹人民解放军取得一次战役胜利，他们消灭了一百多名政府军并摧毁了得到政府军支持的乌干达邪教武装圣灵抵抗军的总部。
1997年2月，人民解放军占领了耶伊。该镇距离朱巴70公里，苏丹军在耶伊镇附近布雷，一架安-24机在投放地雷时被一枚导弹击中，迫降失败，坠毁在朱巴机场。
1997年12月，政府军派出一股特种部队企图袭击乌干达境内的人民解放军营地，但这次冒险以惨败收场，70名政府军特种部队成员全部被杀。此外，12月9日，一架歼-7被击落，飞行员丧生。
1998年12月，政府的第一副总统祖贝尔-穆罕默德-萨利赫及26名随从所搭乘的飞机在纳塞尔降落时滑出跑道，落入索巴特河中。
政府军接下来发起了一场大规模的进攻，第1师在空军的支持下企图破坏人民解放军在南部加扎勒河州的社会基础。政府军野蛮地实施了三光政策，到处烧杀掳掠。数百万人被迫逃离家园，大批平民在政府军的进攻、炮击和轰炸中遇难。
恰在当时，苏丹正发生可怕的饥荒，喀土穆蓄意阻止人道主义援助进入，从2月4日到3月31日，约10万平民死于饥饿。
这场人道主义灾难超过了当时的波斯尼亚。在国际压力下苏丹政府同意为人道主义援助提供便利。
但在以后3年时间内，苏丹政府的安东诺夫运输机改造的轰炸机经常轰炸人道主义组织设在苏丹的人道主义援助机构、学校、教堂和平民目标。这是因为人民解放军装备了防空导弹，空袭代价惨重，政府军便转而轰炸民用目标。想通过南部平民的伤亡来迫使人民解放军作出让步。
2001年4月4日，苏丹国防部长及13名高级官员所乘的客机因沙尘暴失事。而国防部长易卜拉欣-沙姆斯上校是巴希尔的忠实支持者，在政变中立下过汗马功劳。而且多年来他一直将全部精力放在南方战场上，十分熟悉南方战场。他和13名高官的死使人民解放军少了一个劲敌，却是巴希尔政府的一个重大打击。
2001年11月20日，人民解放军一支小分队伏击政府军一个运输车队，打死100名政府军，自己仅2人阵亡，16人受伤。
2002年1月23日，政府军在努巴地区的小规模攻击被击退，人民解放军趁胜袭击了驻扎在乌拉乌施的政府军据点。作为报复。政府军的安东诺夫飞机向一个村庄投下6枚炸弹。炸死2名儿童。2月24日，政府军的两架米-24武装直升机向联合国粮食计划署设在一个村子中的供应中心发射火箭和机枪。17名平民和援助人员被打死，100多人受伤。
这一事件引起国际社会强烈谴责，西方国家加大压力，巴希尔总统被迫宣布停止轰炸平民和人道主义目标，并逮捕审判飞行员，十三名飞行员成了替罪羊被枪决。同时，下令谋求与人民解放军和解。
2002年3月29日，政府军南方产油中心克尼尔-迪据点被人民解放军攻陷。300名守军战死6辆装甲车和一批枪枝弹药被人民解放军缴获。
4月25日，一支人民解放军的百人突击队突袭了苏丹北部希拉的一个机场，摧毁了18架政府军飞机，包括一些安东诺夫运输机。并打死32名政府军士兵，抓走了基地司令易卜拉欣-布沙拉-伊斯梅尔。
6月9日，人民解放军一举打下东赤道省首府卡波埃塔，200名政府军战死。其余3000名政府军逃入沙漠，大部分人渴死热死在沙漠中。该城失守至使南方政府军与北方大本营之间的后勤补给线被切断。此后，政府军在南方各个孤立据点和城市的守军纷纷投降。南方除朱巴以外重新完全落入人民解放军手中。
在国际社会的谴责和压力下，加上战场上的失败。11月苏丹政府同意与人民解放军进行谈判。最后苏丹政府同意在南方实现自治。政府军撤出在南方的最后一个飞地朱巴，人民解放军随即进驻。人民解放军的争取自治的战争取得了完全胜利。现在苏丹分为北方和南方两个政府。
现在在苏丹南部，由于石油的开发，南部经济得到了发展。
曾得到苏丹政府支持在乌干达作乱而且参与政府军镇压人民解放军的“圣灵抵抗军“，在苏丹政府和人民解放军实现和平后，就成了弃儿。去年，美国中央情报局和乌干达、肯尼亚和苏丹南部政府军队（就是人民解放军）协同，对圣灵抵抗军进行围剿，已将其大部消灭。 (责任编辑：admin)
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