《明史》经过清廷反复修改后，出现的问题更多。夏燮指出，明亡前后的史实，钦定《明史》或者是不敢如实记载，或者是记载太简略。特别是一些重要人物不为之立传，如张煌言在明亡以后，坚持抗清，失败后“流离海上，与宋之陆秀夫相似；就刑杭城，与宋之文天祥相似；若其身膏斧锧，距我大清定鼎已二十年，疾风劲草，足以收拾残明之局，为史可法以后之一人。列之《忠义传》犹非其例，况无传乎！”有些重要的历史事实，“如太湖义旅，但载云间，山寨殷顽，不登只字，以及沈寿民不附《黄道周传》中，顾杲不列《吴应箕传》后，此则不无可议者耳。”
其次，《明史》记载史实时，在时间上也不够确切。他说：“《明史》《纪》、《志》之文，皆本之《实录》、正史，而《列传》则兼采野史。”所以《明史》本纪就其叙事时的月日干支虽然最为详细，但是和有关传、志所载史实进行核对，则时间多不合。因为《实录》所记攻战剿抚及克复郡邑之类的事件，多据奏疏至京师的月日，而传中所记事，本之原奏者多据交绥月日，“故有近者数十日，远者数月不等。然准系月、系日之例，则原奏中如有事系确凿之月日，俱宜考证书之，方为纪实，若但据奏至月日，则叙事参错，而先后之次第不明。”（均见卷首《义例》）夏燮指出这一点是很重要的，因为不搞清楚历史事实的时间，就无法发现史事产生错误的原因。他说：“夫记事之体，偶差旬日，不足为病，而干支一误，遂至此后之朔、闰、大小建皆不可推，则关系非细也。”因而他主张“先推历而后系事”。《明通鉴》视此为第一事。所谓“考年月以定事系，一年之朔望既准，乃考定干支日分，排入月纬中，择其事之宜系者，提之为纲，日之所不能定者则系以‘是月’；月之所不能定者，则系之以‘是春’‘是夏’之等。又不能定则系以‘是岁’。”从而使历史事实年经月纬，以达到历史事实产生的时间在记载上真确。
一八六二年他在《与朱莲洋明经论修明通鉴书》中，对《明史》所存在的问题归纳为十个方面，其重要者，一是许多重要史实，如庚申、建文等事，《明史》不载，应该就各家引证之书而补之。二是有些史实众说纷纭，如建文帝出亡，《从亡》、《致身》、《录》虽不可信，而明人野史，汗牛充栋，无以惠帝为自焚者。自焚之语，仅见《永乐实录》，进行考实后，应当删除其不可信而信其所可信者，应据有关资料进行增补或删除。三是挺击、红丸、移宫三案本末，后人都认为是疑案，实则挺击非疑案也。他认为要叙述三案，必须详明首一案以间执后世訿訿之口。尤为重要的是，“甲申之变，正史语焉不详，所记殉难诸臣，亦多遗漏。宜博采《北略》、《绎史》，《绥寇记略》及甲申以后之野史，必使身殉社稷之大小臣工，悉取而登之简策，以劝千秋忠义也。”至于明清之间的关系，以及清灭明的事实，清统治者更是讳莫如深，尽量加以隐瞒、歪曲、篡改，这一方面的问题，夏燮在当时的条件下还不敢触及。
在夏燮看来，《明史》既然存在着这么许多问题，则另行编纂一部明史的史学著作，是刻不容缓的事。与他具有同样看法的人，有明末清初的谈迁和清季的陈鹤，他们分别著有《国榷》和《明纪》，可是夏燮没有能够看到这两部著作，因此三书的体例和详略都不很相同。夏燮认为有明一代关系之大事，“非《通鉴》不足以经纬之”。而这样做，他也是具备条件的。他说：“年来校证贵池书（即吴应箕次尾《楼山堂集》），搜辑明季野史无虑数百种，以《明通鉴》无书，慨然欲辑之。”（《与朱莲洋明经论修明通鉴书》）他的朋友们也支持和鼓励他这样做，如当时的知名学者平步青写信给他说：
“近时史学凋废，魏默深《元史新编》、张南山《后南北史》，似皆未成。徐鼒之《纪年》，规抚《纲目》，李瑶之《绎史》，盗盩哂园。其余从事乙部者，大都史纂、史考之流，何足以语著作。……执事起衰自任，覃精五十年，聚书千百种，贯串考订，卓然成一家言，于以风示海内，不朽之盛业也。”（《樵隐昔寱》卷四，《与夏嗛父书三》）
夏燮以《明史》、《御撰资治通鉴纲目三编》两书的资料为主，参考《明会典》、《一统志》、王弇州《史料》、朱氏《大事记》、徐氏《典汇》、孙氏《春明梦余录》、王氏《续文献通考》、秦氏《五礼通考》以及其他稗官野史数百种，对有明一代朝廷纪纲、礼乐、刑政、天文、历法、河道、漕运以及营兵、练饷、折色、加赋，所谓有关于一朝治乱之源者，都曾加以研究，在《明通鉴》中都有较详细的记载。特别是对明廷的“治乱之源”的发展过程，年经月纬，叙述得较为详尽。全书反映了明代社会矛盾加深的过程及其发展情况，企图以这些得失为鉴戒，总结出明代的“治乱之源”，为当时的封建腐朽政权找到一条出路。本书一八七三年（清同治十二年）初刻于江西宜黄官署，一八九七年（清光绪二十三年）又由湖北官书处重校刊行。 (责任编辑：admin)
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