这一时期，由于国民党当局挑动内战，造成经费拮据，人心涣散，中央研究院的工作没有什么大的建树，会议制度及科研秩序都不正常。其各研究所规模简况如下：
物理研究所：迁沪后，复在南京九华山新建所址。主要对基本原理和近代物理学进行研究，如磁暴现象、干涉电磁微波等；同时，利用地磁台，对北碚地区、四川全省和长江沿岸各地的地磁进行复测。
化学研究所：迁沪后，有实验室、储藏室20余间，期刊80余种，书籍8000余册。开展了多项有机化学和电镀的研究，以及对食品、药物的分析、鉴定等项服务工作。
工学研究所：迁沪后，有中外文专业参考书1300余种、杂志刊物80余种；原有之各种试验设备多遭损失，仅棉纺织试验仪器尚属完整。所进行的金属、玻璃、燃料、棉纺织和木材等项试验工作，均属过渡性质。
地质研究所：迁宁后，有图书5000余册、标本1万余件、模型30余种。在地质构造和矿床研究方面，列有数十个课题。其中对各种有色金属和铀矿的调查报告及矿床分析，具有一定的实用价值。
天文研究所：迁返后，仍设于南京紫金山旧址，备有太阳分光仪、变星赤道仪、24英寸返光透镜等精密仪器，图书杂志共万余册。主要研究项目有：对银河系、球状星团，中国古代天文学，以及特殊恒星的研究；对太阳黑子日蚀的观测；以及翻译新城新藏着《东洋天文学史之研究》，编纂《天文学史》等。
气象研究所：迁返南京后，仍设北极阁原址。1947年2月，原物理研究所的地磁台并入，故增设地磁组。除进行远东环境指数、南京气压、中国气团等专题学术研究外，兼作统计各项气象、气候资料之服务性工作。
历史语言研究所：迁返后，设址于南京鸡鸣寺1号。拥有旧藏中文书籍连同善本共13万余册，外文书籍1万余册，拓片数万件，民间文学万余件；另于北平接收中文书籍约17万册、日文书籍约10万册，就地专设图书史料整理处。研究工作分史料、语言、考古、民族四项进行；出版专刊3种、单刊1种、总刊1册、集刊外编4册；并将抗战期间完成的论文及考古、发掘报告，加以整理，陆续出版。
心理学研究所：迁沪后，有生理心理实验用仪器约200余件，神经解剖切片百余匣，图书杂志4000余册。主要研究项目有：两栖类胚胎行为发展的生理分析、脑各部对行为发展的影响等。
社会研究所：迁南京后，所中共收藏中、日文书籍约3万册，西方书籍1.6万册；另接收伪方图书1万余册。对经济理论、社会经济史、财政、贸易等方面开展了研究，并对国民收入、战时损失、物价等项，进行了调查、分析。
动物研究所：迁沪后，研究项目集中于鱼类、昆虫、寄生虫、原生动物、实验胚胎、实验动物细胞及遗传等项。
植物研究所：迁沪后，按高等植物分类学、藻类学、真菌学、森林学、植物形态学、植物生理学及细胞遗传学七研究室分置。有种子植物标本5万余号，标本照片1.8万张，藻类验制标本2500号，液浸标本约3000号，其它标本1000号。对植物生理、种子植物分类和各类藻类进行了研究，并协助台糖公司对甘蔗品种进行了改良。
数学研究所：迁沪后，有外文专门书籍1000余册，英美各类数学期刊基本齐全。主要对数学分析、代数专题、几何专题及数理统计等方面进行了研究。
医学研究所：迁至上海岳阳路，接收了原上海自然科学研究所在医学方面的设备和图书。主要工作仍为筹备设所，已做之研究项目有：斯氏结扎后心跳之暂时停止理象、膈神经中枢之越过现象、各类结晶及酵母抗体的产生以及胃溃疡新药等。（18）1948年冬，南京政府已摇摇欲坠，国民党当局企图将中央研究院的人员和财产劫往台湾。12月，将南京各研究所之重要设备运往上海集中。但因国民党军之战局急转直下，使中央研究院的人员、物资、财产都来不及中转。只有历史语言和数学二研究所的图书、仪器、设备2000余箱及人员，系随故宫文物同以兵舰运往台湾。其余11个研究所的人员和财产，都留在大陆，成了新中国发展科学事业的基础和重要力量。81名院士中，去台者仅朱家骅、凌鸿勋、林可胜、傅斯年、董作宾、李济、王世杰、吴敬恒8人；有12人原先即在国外或辗转出国；其余除逝世者约60人留在大陆。
中央研究院总办事处的人员与一部分档案于1949年2月迁往广州，10月转赴重庆，11月底至台北。时任中央研究院代理院长的朱家骅，为将该院人员、财产劫往台湾，一直滞留南京，直至1949年4月23日，方匆忙抵沪。24日，朱在上海祁齐路大厦召集院务会议，仍图作劫运的最后努力，但毫无办法。此后，他经广州、重庆、成都，直至12月8日，方绝望地离开了成都飞赴台湾。
国立中央研究院留在大陆的11个研究所，在新中国建立后，均为中华人民共和国科学院接收。
注释：
①②中央研究院档案，中国第二历史档案馆藏。
③④《国立中央研究院工作报告》，台湾《革命文献》第53辑。
⑤⑦⑧（11）（12）（13）《抗战时期迁都重庆之中央研究院》，重庆市档案馆藏。
⑥《中国国民党第五次全国代表大会中央研究院工作报告》，中央研究院编印，1935年11月南京。
⑨《中央研究院三十年度工作成绩考察报告》，1942年11月，台湾《革命文献》第59辑。
⑩（16）（17）（18）朱家骅：《国立中央研究院简况》，1953年12月，台湾《革命文献》第59辑。
（14）《国立中央研究院组织法》，1947年3月13日修正公布。
（15）刘敬坤：《国立中央研究院》，《南京史志》1990年第1、2合期。
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