《新元史》的价值主要在下列三个方面：
首先，总结了前人的研究成果，广泛采用了多方面的史料来校对、订正《元史》。根据《新元史考证》，柯劭忞利用的史籍有中国的传统史籍《元朝秘史》、《元典章》、《元经世大典》、《元圣武亲征录》、《元朝各朝事略》、《蒙古源流》、《蒙鞑备录》、《黑鞑事略》、《长春真人西游记》、《辍耕录》等蒙元史要籍；宋辽金西夏史料《宋史》、《辽史》、《金史》、《宋季三朝政要》、《两朝纲目备要》、《大金国志》、《契丹国志》、《西夏书事》等书中有关蒙元史的史料。外国史料则有朝鲜史料《高丽史》、《东国通鉴》；西方史料《史集》、多桑《蒙古史》、《不可动摇的铁木真》等；日本学者那珂通世的《成吉思汗实录》、大桥顺的《元寇纪略》等。
第二，增补史事史实，丰富了有关蒙元时代政治、经济、文化等方面的记载。如本纪部分较详细地记载了成吉思汗祖先的事迹；增补了元顺帝退出大都，回到漠北后的事迹。表的部分，《氏族表》比钱大昕的《补元史氏族表》进了一步，不仅增加了《史集·部族志》中的材料；而且在分类上也有改进，把蒙古民族分为黑、白、野三塔塔儿，显得更为合理。志的部分，根据《元典章》、《元经世大典》作了较多增补。《食货志》中，辑补盐、茶、酒、醋、市舶课税等项目外，补了有关户口、海运、斡脱官钱等内容；《百官志》中补入覃官、封赠、荫官、注官、守阙、给假、丁忧等重要内容；《兵志》中增加了有关和买马、括马、抽分羊马、军粮等内容。列传部分，《元史》原有人物传记约1300人，《新元史》增写了1100余人，包括蒙古宗王、开国功臣、将相大臣、南宋降臣；汉族、女真族、契丹族的各种重要人物；学者、文人、画家、书法家；元末农民起义领袖等等。列传的编排上，改变了旧史以蒙古、色目人在前，汉人、南人在后的排列方法，基本上采用按时代前后排列的方法，这也是一大改进。
第三、纠正了《元史》的一些错误。《元史》中有九个伯颜，十三个脱欢，十五个脱脱，还有一人两传，如速不台与雪不台、完者都与完者拔都，石抹也先与石抹阿辛等；这些问题，在《新元史》中都一一纠正了。
《新元史》的缺点是：第一，删去了《元史》中不少重要材料，如政治方面有关中央官制、民族歧视及人民起义的记载；经济方面有关农牧业矛盾及屯田、江南豪富、工匠、奴隶等记载；文化方面有关修史、语言文字、译书进呈等记载。第二，人名、译名、地名、纪年、世系等方面仍有不少错误。第三，史料不注出处。梁启超在《中国近三百年学术史》中批评此书，说："柯著彪然大帙，然篇首无一字之序，无半行之凡例，令人不能得其著书宗旨及所以异于前人者在何处。篇中篇末又无一字之考异或案语，不知其改正旧史者为某部分，何故改正，所根据者何书。"这不仅给读者带来不便，而且降低了著作本身的价值。第四，作者的清朝遗老态度及守旧的政治立场，使他在史论中滥用"史臣曰"，鼓吹忠君思想、官吏专权、封建迷信、妇女守节等陈腐的伦理道德观念。他把农民起义咒骂为盗、贼、寇，仇视农民起义。这些，都是应该批判和摒弃的。
近代史学大师王国维的治史，是在辛亥革命后，他研究蒙元史是在1925年担任清华国学研究院导师之后，为时极短。但是，他善于运用新资料、新方法，又善于总结前人的成果，他对成吉思汗先世事迹与史事纪年问题的研究，对蒙古族在历史上的存在及其发展情况的考察以及对各种有关蒙元史的史料的笺证、校注和考释，都反映了他深厚的功力，代表了元史研究深化的趋势。当代史学大师陈垣在前人的基础上继续前进，他撰写的《元也里可温教考》、《元西域人华化考》、《元典章校补释例》、《元秘史译音用字考》等，在研究的深度上更令人敬佩。这些成就，都已超出了本文讨论的范围，就不一一列举了。
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