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1920年代，中国学术界在疑古风潮的涌动下，对上古文献大胆怀疑，而将信史的重建留待考古学事业的发达。早在1921年1月， 胡适就宣布其古史观为：“先把古史缩短二三千年，从《诗三百篇》做起。将来等到金石学、考古学发达，上了科学轨道以后，然后用地底下掘出的史料，慢慢地拉长东周以前的古史。”1924年底，李宗侗在《现代评论》1卷3期发表文章，认考古学为解决古史的惟一方法。顾颉刚虽然指其“颇有过尊遗作而轻视载记的趋向”，但只是针对有史时代，总体上则承认其所说“确是极正当的方法”（注：顾颉刚编著《古史辨》（1）， 上海古籍出版社，1982年，22、268-275页。）。当时王国维以著名的二重证据法重建古史，得到中外学术界的极高赞誉。其实，王国维的所谓地下资料，仍是传统金石铭文的继续，而非正规的考古发掘，更不是实物形制研究。北京大学研究所国学门自成立之日起，就认定实物与遗迹较载籍之于上古史更为重要。只是一直困于财政与技术，加上其中的专家还有金石彝器的本行，迟迟未将考古发掘付诸实践。在此期间，北大虽然在与瑞典学者斯文赫定联合组织的西北考察团中扮演要角，仍然重采集轻发掘。与日本东亚考古学会合作，本来未必不是良好机缘，可以在重建古史的活动中占据重要位置，因为这恰好也是中国现代考古学从发端而初盛的时代。以成果卓著的殷墟发掘为代表的中央研究院历史语言研究所而论，其观念宗旨的渊源明显由北京大学国学门、厦门大学国学院、中山大学语言历史研究所一脉相承，但具体事业却主要继承清华研究院国学科，以至于后人不免误解抹杀，将北大国学门视为单纯疑古。而北大在实行考古发掘方面陷入困顿，其他原因之外，作为合作伙伴的日本东亚考古学会难辞其咎。正是在与之合作的过程中，北大坐失了天时地利的良机，最终不得不将首席国立大学在这一至关重要领域的应有地位拱手让人。