其次，他大力倡导史料的整理，为保存和抢救历史珍贵文献作出了贡献。他带领历史语言研究所的同仁对清代内阁文库中的明清档案，对《清实录》、敦煌卷子、汉魏竹简等都做了比较系统的整理工作。
另外，他努力使用新工具。是他首次带领中国学术机关进行考古发掘工作，如对安阳出土的大批甲骨文和殷商文物的研究，不仅证明了甲骨文的真实性，确立了辨别世传甲骨文真伪的标准，而且使商代的历史面貌由暗转明，使中国的信史向前提了数百年，为后来殷商奴隶制的研究提供了有力的证据。
诚然，由于当时的时代背景以及学术发展阶段的限制，在不断推陈出新的史界，傅斯年的“史学就是史料学”的观点逐渐被封存、否定。因为他主张治史时完全将个人主观的意识排除在外，单就史料论史学，将史料的地位提到了不适当的高度。他主张治史的功夫如何唯看其处理史料的能力，这便势必把史学研究引到重史料而轻史观、重考据而轻思辨上来，这样做，则往往不能全面地、历史地看待历史发展，因而难以贯通古今之变。同时，由于唯重史料考据，将研究拘泥于具体问题之上，便很难置具体问题于历史发展进程特定的历史环境中加以考察，这便会陷入繁冗细琐的考证之中，很难发现历史事物和历史现象的本质特征及其内在联系了，所以他的史学思想存在一定的局限性，他在晚年也认识到了这一点。
总之，事物总是由它的两个方面构成，傅斯年的史学思想中也是精华与糟粕互见的。今天我们在研究他的史学思想时，除了肯定其学术贡献外，还要批判地吸收和借鉴他提出的史学观点和史学方法，剔除糟粕，吸取精华，不断丰富我们史学思想的宝库。
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