《补元志》史部根据元代史著的情况，不设纪事本末、时令、别史、载记等目，或因无此类典籍，或因数量太少不足以立目，如黎《安南志略》属载记类，《补元志》将其列入相关的地理类。而实录目的设置则别有一番新意，黄虞稷《千顷堂书目》收元代世祖、成宗、武宗三朝实录入国史类，倪灿、卢文弨《补辽金元艺文志》也只收这三朝实录，入国史类，而《补元志》著录了元代自太祖始至宁宗十五帝的实录，远比前两种目录数量多，足以单独设目，反映出统治者对撰修实录的重视，从一个侧面说明元代蒙古族统治者进入中原吸收先进文化所取得的进步。值得注意的是，《补元志》史部不设诏令奏议目，而是将制诰这类典籍分别在各皇帝实录之下，如《补元志》卷二《实录类》有“《成宗实录》五十六卷，《事目》十卷，《制诰录》七卷”。“《仁宗实录》六十卷，《事目》一十七卷，《制诰录》十三卷”。这样处置制诰类典籍有一定的合理性，因为制诰是皇帝发布的命令公文，是皇帝实行统治的一个组成部分，将其列于实录之下，反映出钱大昕对这两类典籍的共性有深刻的认识。《补元志》设刑法目，收《唐律疏义释文》、《至元格》、《刑统》、《无冤录》这都属于律例、刑律、办案汇编类的典籍。《四库》无刑法类，将《唐律疏义》收入政书类的法令目，而把《刑统赋》、《无冤录》等收入子部法家类。法家是战国的一个重要的思想学派，一般目录的子部都设法家类，收录阐述法家学派思想主张的典籍，而《四库》将刑律、办案“汇编类”的典籍收入法家类显然不妥，因为这类典籍是不同历史时期统治国家工具的反映，与一个有完整思想体系的法家学派有本质的不同。钱大昕注意到《唐律疏义》和这类刑律、办案汇编都属于法律制度、规范的范围，将其同收入刑法类，客观地反映这类典籍的共同本质，具有相当的科学性。
由于钱大昕能正确区别法家著作与刑法类的典籍，而元代又无法家著作，所以子部不设法家类，却在子部设一以前的目录及以后的目录都不曾有的类目，即经济目。经济，乃经国济民之意。钱大昕在此目下收《守成事鉴》、《治世龟鉴》、《中兴济治策》等，这些典籍不是统治经验的总结，就是针对当时统治提出的良策，如《治世龟鉴》就是苏天爵编辑，“所采皆宋以前善政嘉言，而大旨归于培养元气。其目凡六，曰治体，曰用人，曰守令，曰爱民，曰为政，而终之以止盗，殆有深意也”（注：《四库全书总目》卷九三。）。《四库》则将此书列在子部儒家类，虽然封建社会以儒家思想为统治思想，但不是所有经国济民的良策皆出自儒家思想，如果将论述治国平天下的著作按思想学派分类，使同一主题内容的著作分列诸类，不便于对这类典籍整体状况的了解。钱大昕专设经济类，集中地反映出这类典籍在元代的发展水平，另外也说明钱大昕意识到经世致用不再是少数人的事，天下人都可以为经国治民出谋画策。体现出处于封建社会后期的清代在西方资产阶级文明的冲击下，个人的力量、作用逐渐受到重视。钱大昕立经济类，可以说是对社会变革一个方面的反映。
集部以收录总集、别集为主，作者一人者为别集，作者为多人者是总集，虽然内容多种多样，但一般目录不再分细目。随着新典籍不断地出现，目录类目亦有所增加。《宋史·艺文志》增设文史类，收录《诗话》、《文格》、《史通》这类涉及文史理论问题的典籍。宋代的词作颇盛，元代则杂剧、散曲兴起，明代杂剧繁荣，然而这些在《明史·艺文志》的分类上没有反映。《四库》除设诗文评类（相当于文史类）外，又增设词曲类，却不收杂剧、散曲，表现出四库馆臣对民间文艺形式的偏见。钱大昕《补元志》也设词典类，除收录《中原音韵》、《菊庄乐府》等典籍外，还收了《小山小令》、《凤林书院词选》等典籍，客观地反映了宋词这一重要文学形式在元代的发展状况。集部出现文史、词曲两类目，不仅打破了只以作者为分类标准的局面，同时启发人们考虑集部如何分类才能明白准确地揭示典籍的本质。钱大昕在集部又增置评注、骚赋、制诰、科举四类目，显然后两类是以内容为分类标准，而值得注意的是，元代制诰收录在史部实录类，分别列于每朝实录之下，强调当代制诰对当代统治的作用。而集部制诰类只收录元代人编撰前人的制诰，如苏天爵《两汉诏令》、虞廷硕《历代制诰》等，把不同时代、不同人的诏令、制诰撰集成书，如按作者而论当属总集，设制诰类收录这类典籍，为的是突出它的内容，引导人们去探求它的历史意义，而不限于它是如何鸠集成书的。还有，元代科举时断时续，本不发达，而钱大昕单置科举类，元代有些这方面内容的典籍，固然是设目的原因，似乎还有点弦外音，即希望与元廷同为少数民族的统治者多给汉族文人一些机会。在这一类里，钱大昕著录了《诗义矜式》、《书义断法》、《历举三场文选》、《至正辛巳复科经文》等，从典籍标题看，有关指导参加科举的典籍属别集，而试卷汇编则属总集，将其纳入科举类，亦突出典籍的内容。《元补志》集部别集类、总集类所著录的典籍，大都是诗文集，缩小了总集、别集的范围，使得目录分类更为细密，进一步提高了目录作为工具书的职能。
钱大昕重视元史的研究，是元史研究的先行者，尤其是在元代世系、姓名、地理诸方面的成果卓著。《补元史艺文志》也是钱大昕研究元史的一个方面，它不仅收集了大量元代文献，而且对目录分类有所创新，对目录学乃至历史文献的发展，都做出了贡献。
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