1959年3月17日夜，达赖喇嘛化装成一名普通士兵，在“四水六岗卫教军”簇拥下逃向印度，开始了他的流亡生涯。但就整个中国而言，达赖集团并未完全就此切断与中国各政治势力的联系，退踞台湾的蒋介石在相当长的时间里希望把达赖纳入自己的“反共复国”事业中，但终因双方目标南辕北辙而告吹。
    达赖二哥与国民党渊源颇深
    说起达赖集团与台湾国民党当局的联系，就不能不提达赖的二哥嘉乐顿珠。作为一个颇具传奇色彩的人物，早在1937年他的弟弟被确认为达赖喇嘛的转世灵童后，他就与当时的国民党政府打过交道。１９４６年，嘉乐顿珠被选为“西藏代表团代表”出席南京召开的伪国民大会，随即进入国民党南京中央政治学校学习。
    当年在南京读书的藏人，有许多贵族子弟。嘉乐顿珠入读这所学校，国民政府的用意不言自明。嘉乐顿珠在校期间还拿到蒋介石的奖学金补贴，并于1948年与其汉族女同学朱丹结婚，朱丹是国民党将军、蒙藏委员会委员朱缓光的女儿。嘉乐顿珠与蒋介石私交很好，但在1949年国民党败退台湾后，嘉乐顿珠感到去台湾没有前途，于是转道回到拉萨。
    1951年，西藏和平解放，中国大陆的统一正式完成。但以嘉乐顿珠为首的贵族农奴主势力不甘心失去特权，积极策划仍然保留的西藏噶厦当局与中央对抗。1952年，中央政府希望嘉乐顿珠率西藏青年代表团进京，参加中国青年代表大会，然后加入中国青年代表团出席维也纳的世界青年大会，但嘉乐顿珠却找个由头离开拉萨，取道山南偷渡印度，这正是后来达赖出走印度的路线。
    接受美国人的培训
    1955年，因民主改革触动了西藏周边地区一些藏族部落首领、商人及喇嘛的既得利益，他们开始密谋发动叛乱，其中康巴的武装后来演变成庞大的“四水六岗卫教军”（即美国人所谓的“康巴游击队”），其头领名叫恩珠？贡布扎西。为使“卫教军”有更大作为，贡布扎西不断派人去印度寻找嘉乐顿珠，试图与之合作。与此同时，当康区出现叛乱后，正寻找一切机会遏制中国的美国和台湾当局也认为机不可失，纷纷派人到印度找嘉乐顿珠。美国人希望嘉乐顿珠能联络“康巴游击队”，物色人员出国受训，并帮助嘉乐顿珠在印度噶伦堡和大吉岭建立针对西藏的间谍情报网。而台湾驻缅甸工作站的间谍头子张我佛则极力拉拢嘉乐顿珠“效忠党国”，希望他能成为“心向中央”的西藏“反共抗暴领袖”。
    1957年一个漆黑的夜晚，贡布扎西派出6名手下跟中情局特工一起秘密前往印度某地。当时，这些人有两个选择，要么去台湾，要么去美国。台湾情报人员私下里多次接触这6人，希望他们前往台湾接受“反共抗俄，光复大陆”的教育，但嘉乐顿珠则一心想傍上美国，苦口婆心地进行开导，最终他们放弃赴台计划。1957年3月21日晚，嘉乐顿珠亲自将这几人送到印巴边界，然后由美国驻达卡领馆送上飞往塞班的飞机。这些人在塞班岛接受了5个月的训练，进行了游击战、间谍及密码等方面的培训。
    两方合作同床异梦
    1959年3月，在国外敌对势力的支持下，少数分裂分子在西藏策划了武装叛乱。叛乱被迅速平定后，叛军残余逃往印度方向，达赖也被裹挟出境。
    为了给达赖营造有利的国际舆论环境，嘉乐顿珠四处奔走。他写信给台湾驻联合国代表，希望其用在联合国的发言权和投票权帮助西藏“独立”。然而就在拉萨叛乱被粉碎几天后，蒋介石在台湾发表“告西藏同胞书”，将“反共复国”、“五族共和”、“重建大中华民国”等作为原则，把达赖集团称为“反共爱国”的“西藏难胞”，对其“藏独”主张却毫无着墨。后来该文告成为国民党各部门处理涉藏问题的最高原则。
    看到蒋介石的讲话原文后，以贡布扎西为首的激进派大骂台湾当局，坚决反对把西藏问题称为“中国内政问题”，而嘉乐顿珠则坚持立足于“反共”这一基本点，争取台湾的实质性援助。在达赖的默许下，从1963年到1964年，嘉乐顿珠连续三次密访台湾，与蒋经国会晤。会晤的目的是“沟通关系”，解决双方的“理解分歧”。可是双方的矛盾难以调和，最终，嘉乐顿珠只带回蒋介石写给达赖的一封亲笔信，蒋继续坚持西藏问题是“中国反共抗暴”运动一部分。与此同时，台湾“军情局”呈给蒋介石的材料里，也提到“达赖喇嘛与嘉乐顿珠旨在宣传西藏并非我国领土之一部分，为将来策动西藏独立铺路之阴谋……”

尽管藏台两方在最高政治纲领上存在分歧，但基于共同对付中共的目的，双方还是进行了一定的合作。20世纪60年代，台湾通过情报部门设在东南亚的各工作站以及依然保留的“蒙藏委员会”机构，陆续向印度的达赖集团汇去活动资金，但台湾一直要求直接把钱付给“四水六岗卫教军”基层，以便鼓励他们加大袭扰中国大陆的力度，但“西藏流亡政府”坚持台湾必须将款项汇入达赖指定的账户，并一度拒收台湾的汇款。
    台湾“暗桩”关键时刻反水
    1960年，在中情局的资助下，叛乱分子在尼泊尔木斯塘秘密建立了游击基地。为争取这股力量，1963年，台湾“国防部”第二厅派遣一个叫格德仁波切的藏人来到木斯塘，建议西藏叛军接受来自台湾的教员和指挥官，并允诺提供比美国所承诺的还要多的武器。继格德仁波切之后，又有形形色色的台湾特工渗透进木斯塘，策反了不少人。其中尤以安多藏人头领贡唐催成影响最大，他以台湾为靠山，拒绝向寄居在印度达兰萨拉的达赖集团“纳税”，也不服从其管理。台湾当局还用飞机从木斯塘接走一些有头有脸的西藏贵族，在台湾另行成立一个“噶厦政府”。
    面对台湾当局一系列“挖墙脚”举动，达赖集团又气有恼。嘉乐顿珠直接电告他在木斯塘的代理人拉姆次仁，要求在“卫教军”中展开“不需要台湾支援”、“不要台湾派人”的宣传。几个月后，格德仁波切被拉姆次仁找借口枪杀，其余台湾军情人员和一些亲台人员也被酷刑折磨而死，木斯塘“卫教军”的训练大纲也开始把台湾列为“抗暴对象”之一。孰料，由于台湾军医撤走，1964年9月，贡布扎西在试图通过外科手术取出身上的弹片时出现问题，丧命于手术台上。
    1973年，尼泊尔国王比兰德拉出访中国，就清剿木斯塘叛军一事同中国政府达成一致。随后，尼政府以给予尼泊尔国籍为条件，将“卫教军”中一个大头目巴巴益西拉拢过来，此人正是格德仁波切极力培养的“暗桩”，一度当过“卫教军”总司令。巴巴益西将叛军的火力配置等重要情报汇报给尼军将领，还表示愿意带领300名随员追随尼军进剿。1974年7月，尼泊尔重兵包围了木斯塘营地，眼看挣扎无望，达赖录制了一盘磁带在木斯塘营地播放，在真切地听到达赖喇嘛的声音后，许多叛军放下武器，还有一些人自杀身亡。至此，这场在世界最高峰上进行的秘密战斗宣告结束。