陈诚对国民党的组织涣散、争权夺利、勾心斗角的情形屡有批评，主张“根本改革党政”；对许多政府官员、军队高级将领的贪污腐败、违法乱纪事例，甚至点名道姓的批评，因此引起蒋的不满。蒋责备陈诚骄矜自负、爱发议论，说“总觉你说人之短，看人之轻”，并警告陈诚要“切思而自反”（《函电》第77页）。蒋不仅多次批评“辞修器量狭窄”，在1947年3月的日记中甚至写有非常激愤之语，如“所可痛心者不仅外人以冷眼观吾国，即战高级将领如辞修者，亦莫不对政府经济政治各种重大之政策，动辄猜疑与诽谤，其失却自信心类皆如此者，不胜痛愤”（《蒋介石日记》1947年3月28日）。但陈诚依然故我，同年8月他以参谋总长身份接任熊式辉的东北行辕主任之职，主持东北“剿共”，实际悲观至极，《家书》中多次坦陈其时局观，称“以现在中央之政策与制度，纵有神仙下凡，亦无能为力”；“如不改革，只有同归于尽”（《家书》第554、557页）。甚至说“无怪一般咸认为，欲中国有办法，非推翻现政府不可”，并且再次萌发脱身而去之念，“决心已定，决先辞参谋总长，再辞东北行辕，总期脱离政治与军事”（《家书》第556—557页）。巧合的是，同年底陈诚胃疾复发，翌年2月初得辞本兼各职，手术后赴台湾疗养，年底担任台湾省主席。
     陈诚在国民党的高级将领中，属于比较具有政治头脑的人，办事思虑细密，也相对洁身自爱。他确实自视甚高，屡把非中央系的张学良、杨虎城、冯玉祥、宋哲元、李宗仁、白崇禧、陈济棠、何健、韩复榘等称为“封建势力”，与孔祥熙、宋子文也有矛盾，对把持国民党组织系统和党务工作的陈果夫、陈立夫非常不满，对蒋介石倚重的特务系统屡加批评，与汤恩伯、胡宗南也存在矛盾。因此，在派系林立的权力网络中，陈诚除了顺从和依靠凌驾于权力网络之上的蒋介石之外，几乎难有立足之地。故陈诚在一些事情的见解上虽然与蒋介石相左，言词上也有顶撞，但绝对少不了向蒋表白，他与蒋“名虽部属，恩深骨肉”（《函电》第572页），称“蒋先生之爱我望我，虽自己之父兄亦有所不及”（《家书》第186页）。所以陈诚虽然多次想“脱离军事与政治”，甚至离开蒋介石，但有多少次辞职和“病休”，随后就有多少次再作冯妇，直至熬到白头。
    袁咏红