由于雍正的宠信，凡是年羹尧所保举的人，吏部和兵部都优先录用，时称“年选”。在西北年羹尧的辖区，“文官自督抚以至州县，武官自提镇以至千把”，雍正都给了年羹尧很大的任免权力，年羹尧也不自知，他便利用这个机会排斥异己，任用私人，形成了一个“年记”小集团。另外，年羹尧利用手中的任免权，买官卖官，贪赃受贿，侵蚀钱粮，算起来也有数百万两银子之多。当然，这事要在康熙朝的话，也许皇帝睁一眼闭一眼就过去了，但雍正初年正是严厉整顿吏治、清欠亏空的时候，年羹尧也是撞在枪口上。
     雍正二年(1724年)十月，年羹尧第二次进京陛见，这成为他人生由盛转衰的拐点，可惜他当时还是一点都不知道收敛。赴京途中，他居然令都统范时捷、直隶总督李维钧等跪接跪送。到京后，王公以下官员出城跪迎，年羹尧坐在马上，安然行过，看都不看一眼。王公大臣下马向他问候，他也只是点点头，完全不放在眼里。年羹尧的跋扈，一度引起了京城士大夫们的公愤。更有甚者，年羹尧在雍正面前，居然也“箕坐无人臣礼”。在此之前，本就很多人告年羹尧的状，雍正见年羹尧这个样子，这下真的火了。
     雍正二年十一月十五日，雍正借着京中出现“雍正赏兵乃是年羹尧主意”的谣言，指桑骂槐说：“朕又不是三岁小孩，难道还要年羹尧的指点！难道因为年羹尧强为陈奏，朕才赏兵的么？”“年羹尧的才能，做个大将军或者总督是有余的，但怎么可能具备天子的聪明才智？！” 雍正又说，那些人造谣是因为嫉妒中伤年羹尧，但话外之意，也有警告年羹尧切莫骄横过度的意思。
     雍正二年(1724年)十二月下旬，年羹尧奏报回到西安，雍正在他的折子上批了一段关于功臣保全名节的话：“凡人臣图功易，成功难；成功易，守功难；守功易，终功难。若倚功造过，必致反恩为仇，此从来人情常有者。尔等功臣，一赖人主防微杜渐，不令至于危地；二在尔等相时见机，不肯蹈其险辙；三须大小臣工避嫌远疑，不送尔等至于绝路。三者缺一不可。我君臣期勉之，慎之。”雍正的这段话意味深长，等于是第二次给年羹尧警告了。
    还没等看明白雍正什么意思，年羹尧又犯了一个大错。
     雍正三年(1725年)三月出现了“日月合璧、五星联珠”的祥瑞天象，大臣们纷纷上表祝贺，年羹尧也上了一表。不料别人的马屁都没事，偏他不小心拍到了马脚上。原来，年羹尧在表中把“朝乾夕惕”写成了“夕惕朝乾”，结果赞美的话变成了讽刺之语。雍正接阅后大怒，说：“年羹尧平日非粗心办事之人，直不欲以‘朝乾夕惕’四字归于朕耳。观此，年羹尧自恃己功，显露不臣之迹，其乖谬之处，断非无心！”尽管年羹尧后来一再进折请罪，但雍正就此抓住不放，要借此机会置年羹尧于死地了。
    由此，雍正开始正式修理年羹尧。 首先，雍正将四川和陕西的官员一一撤换，并对那些人分化瓦解，让他们和年羹尧划清界限。随后，雍正撤了年羹尧川陕总督的职，并命他交出抚远大将军印，调他去做杭州将军。年羹尧毫无还手之力，还得具折谢恩。雍正在他的折上批道：“朕听说有个谣言叫‘帝出三江口，嘉湖作战场’。朕倒要让你去那里做做官！朕想你要是自称帝号，那也是天数，朕也没办法。要是你自己不肯做，那有你统朕数千兵在此，你断不容三江口有人和朕争帝位吧？看你回的两个折子，朕实在是心寒至极。看来你还是不知感悔。上苍在上，朕若负你，天诛地灭，你若负朕，不知上苍如何发落你也！”
     善于察言观色的朝中大臣们乘机对年羹尧落井下石-----他们早就对老年不满了！朝廷内外，大小官员，这下看清形势，一个个挺身而出，大力揭发年羹尧的罪状。当年六月，雍正又下令将年羹尧的杭州将军革去。十一月，年羹尧被械系至京。十二月，经过大臣们的群策群力，年羹尧被彻底打翻在地，朝廷议政大臣向雍正提交了审判结果，乖乖，最后老年被定了92款大罪，分别是：大逆罪5条，欺罔罪9条，僭越罪16条，狂悖罪13条，专擅罪6条，忌刻罪6条，残忍罪4条，贪婪罪18条，侵蚀罪15条。
     随后，大臣们乘胜追击，请求对年羹尧明正典刑。雍正接报后假惺惺的说，这92款中应服极刑及立斩的就有30多条，但念及年羹尧功勋卓著，杀了他怕天下人不服，自己还要背上杀戮功臣的恶名，这次姑且格外开恩，赐其在狱中自裁。
     另外，年羹尧的嫡亲子孙送边地充军，家产全部抄没，就连族中的人也受连累，凡是做官的一律革职(处罚如此之重，估计和当时年妃已死有关)。 可怜年羹尧当时是何等地威风赫赫，叱咤风云，但在雍正的面前，不过是案上鱼肉，任其宰割，最后落得一个身败名裂、家破人亡的悲惨结局。
     其实年羹尧除了做人比较失败外，对雍正是根本没有二心的。就是到了最后关头，他也还对雍正抱有很大幻想。据说年羹尧接到雍正命他自裁的谕令后，一直不肯动手，他向雍正上书哀求说：“臣今日一万分知道自己的罪了，求主子饶了臣，臣年不老，留下这一犬马，为主子慢慢效力”。他当时还在幻想雍正只是吓吓他，最后会饶他不死。但雍正接到年羹尧的上书后，冷笑一声，答复道：“尔自尽后，稍有含冤之意，则佛书所谓永堕地狱者，虽万劫不能消汝罪孽也。”年羹尧还没死呢，雍正倒先诅咒上他了。年羹尧只得苦笑道，好，算你狠，只好拿了根绳子自尽了。
     其实说来，年羹尧也是意气中人，曾有这么一个故事，说年羹尧辖地里有个秀才，口齿伶俐，是个非常善于钻空子的大讼棍，当地县官都拿他没办法。年羹尧听后不服，便派人把秀才找来，说：“你这秀才，为何不好好闭门读书，偏要出入衙门，挑起诉讼？我今天倒要考考你，要是答不好，有你好看。”
     当时年羹尧的题早已由人想好，极其怪异，秀才果然半天答不上来，但此人灵机一变，便辩解说：“大人出的题目太偏，不是我们所考核的内容，我不服气。你要是另出一题，我作不出的话，甘愿听你处置。”老年正想着，不小心放了一个屁，于是便就以“放屁”为题。
     不料这秀才还真有点本事，居然挥笔立就，还出口成章：“大将军高耸金臀，洪宣宝屁，依稀有丝竹之音，仿佛有麝兰之气。小生立在下风，觉得馨香至极。”
     年羹尧大乐，骂道：“你这酸秀才，正经文章不好好做，放屁的文章倒作得好！既然你这么喜欢闻屁，那好，东门有个大粪坑，来！小的们，把他押到那坑边去蹲着，让他好好享受些麝兰香气，免得他闲着出来害人。”
     《栖霞阁野乘》中也有一文，是某塾师在年羹尧府中的所见所闻。文中说年羹尧有一幼子，年六岁，当时请了某沈姓塾师前来教导。当时年府给先生的待遇可谓是一流，当时专门服侍塾师的书童就有八名。塾师早上起来，那八个书童便都赶来侍候，为首的一人顶着银盆，请塾师盥洗；其他人或拿着洗漱用具，或拿着毛巾，还有端着镜子，拿着香皂的，八个人围着塾师团团转。塾师心中惊慌，便让书童们把东西放着，让他自己来。
    为首的书童大恐，说：“年将军有令，‘服侍先生要像服侍我一样，不得有违’。我们服侍年将军都是如此，不然就会有大祸临头。” 塾师硬是不肯，书童没办法，只好把盆放在盥洗架上。不料正当塾师洗脸的时候，年羹尧突然带着侍卫们进来，见书童没有顶着银盆，大怒，向身边的侍卫使了使眼色，侍卫便把书童带出，没多久，便提着书童的人头进来，禀告年羹尧说：“书童不敬先生，已将之斩首。”乖乖，这下把塾师给吓得是魂飞魄散！
     还有一次，年羹尧和塾师共进晚餐，不巧饭碗里有粒谷子，塾师便将之挑出，年羹尧见后不悦，回头把侍卫招来，低声吩咐了一下。不久，侍卫又提了个人头进来，说已经将那个拣米不干净的厨子斩了。年羹尧谈笑如常，而塾师这顿饭吃得是牙齿直打颤。