第二，孙立人自1947年底就已脱离内战主战场，同在前线与中共决战时败绩累累的黄埔系、准黄埔系的各位头目相比，孙立人虽说是被排挤出东北，可败绩也就少得多。蒋介石在确定陆军总司令人选时，挑来挑去，挑孙立人多少能改善一下国民党政权的形象。
     第三，逃台之初，岛上军事人员来自近百个军、数百个师、各军兵种、各总部机关和地方“绥靖机构”、军管区、师管区，参差不齐，人员复杂，机构混乱，裁撤、整顿、训练任务很重，而负责整训的又是陆军总部。蒋介石让孙立人出来主持问题最大、最多的陆军整顿，并非盲目行事，而是择能从之。在蒋介石看来，黄埔系成员无法完成整顿黄埔系的任务，孙立人非黄埔军校出身，整顿由黄埔系控制的陆军狠得下心，下得了手，是最合适的人选。再说孙立人在训练和管理上用的是美式方法，而国民党逃台后的主要保护国、援助国是美国，按照美式要求、惯例训练和整编军队，有益于接受美援和使用美援，有益于美军顾问团的指挥。
     第四，蒋介石为摆脱逃台后的困境，想方设法争取美援。为取得美国老板的欢心，在用人上任命了一批深受美国要人欣赏的人物，其中就包括孙立人。1954年6月孙立人陆军总司令职务任期满后，蒋介石另有打算，把他调任“总统府参军长”。孙立人是国民党决策圈内，为稳定军队里的混乱局面，把60万军队，数十万军事人员，改编为整齐的现代化军队过程中的关键人物之一。在他的主持下，军事当局完成了台湾地区的整个防卫设想。与此同时，孙立人大刀阔斧地进行军队整编，把国民党在大陆时保持的400余万军队的编制和近百万逃台军事人员彻底打乱，重新编队，确定了台湾陆军的基础。孙立人还加强军事长官和军士的教育和培训，以加速军队的正规化和现代化。经过整顿，军队内部原有的派系现象有所克服，效率较前提高，适应了蒋介石建设台湾、保卫台湾的需要，为全面接受美国军援提供了条件。
    孙立人功在整军，过亦在整军。同为“整军”，曾经得到蒋介石的赞扬，却也为蒋介石所不容。
     首先，孙立人的整顿，侵犯了黄埔系的利益。黄埔系在孙立人的眼里，始终是一帮练兵不精、打仗没章法、官官相护、吃空额喝兵血、胡作非为的草寇。自己受气于黄埔系已多年，只因黄埔系势力庞大，一直没有教训他们的机会，如今蒋介石的整顿令在手，整治这帮不法之徒的时机已到，决不手软。因此，在整顿中，黄埔系、准黄埔系花费30年创建起来的军事局面，全部被打乱，用人惯例、人事安排全部被取消；成批成批的将领被撤离岗位。虽然都知道这是蒋介石的安排，军队主官大都还是黄埔学生和中央军校学生，可失意者都把此记在孙立人的账上。军界上层一片反对之声，编余军官群起而攻之，为改变自己被整肃的命运四出告状，到陈诚、何应钦、顾祝同、蒋经国处讲谗言，诉说孙立人不是。积非成是，孙立人要“整垮黄埔系”的说法不胫而走，蒋介石当然不允许孙立人“腰斩”黄埔系的行为。这样孙立人的整军，昨天还算功绩，今天却成为罪过。