苗族医药的起源很早。苗族民间有“千年苗医，万年苗药”之说，而苗族医药见诸史籍的时间也很早。西汉刘向在《说苑·辨物》中说：“吾闻古之为医者曰苗父。苗父之为医也，以营为席，以刍为狗，北面而祝，发十言耳。诸扶之而来者，举而来者，皆平复如故。”“苗父”者谁?有的学者认为：“刘向《说苑》说上古有人名苗父，……这个苗父就是黎、苗族的巫师(巫医)，巫师治病主要是祈祷禁咒术，但也逐渐用些酒、草等药物”。
    有的学者认为，汉族文献所记的苗父，就是苗族传说中的“药王爷”。湘黔交界的苗族人民说，药王爷是一个周身透明、状如玻璃、有翼能飞的神人，他不畏艰难险阻，披星戴月为人民“岔税岔嘎”(东部苗语即“寻找药方”)，这个传说流传很广，苗族东西部地区均有“一个药王，身在八方;三千苗药，八百单方”的歌谣。
    至今黔西南州安龙、贞丰、晴隆等地的苗医，还非常崇敬“药王”，在行医过程中治好病，就要以杀鸡祭祖的方式来敬祭“药王”。这个传说同《淮南子》记载的“神农尝百草”的传说非常类似，《山海经》云：“黑水之北，有人有翼，名曰苗民。”其中“有翼”和“有翅”、“透明”的传说，均是神话时代苗族先民的特征，这说明苗族医药是起源于上古神话时代的。
    
    由于苗族本身无本民族文字和史实的记载，故其医药的起源难于考证，但从众多的其他文献和传说、古歌中，仍可窥知其具体情况，其特点一是起源较早，历史悠久;二是起源于苗族人民生产和生活实践。苗族由于生活于药物资源十分丰富的地区，较早地了解和掌握了植物的知识和药用价值。至今在苗族地区，几乎每人都能认识掌握几种甚至几十种药物治疗方法，有些地方家家户户门庭院落房前房后皆种植一些常用药物。
    形成人们应用草药极为普遍的特点，具有“百草皆药，人人会医”之称，史载楚国巫师经常用苗药作巫具，《楚辞》中有不少记有被称为“苗药’、的“菖蒲”和“泽兰”，长沙马王堆一、二号汉墓把“泽兰”作为殉葬品，说明了苗药的历史悠久和广泛应用。苗族“古歌”中关于远古发现药物的故事也很多，如黔东南一首叫《垫哈》的古歌，说的是哈哥小时不幸被虎背去，十年未返，后被父母找回时，野性不改，声音嘶哑不能说话，一次他跑出去到河边吃了很多浮萍，哈哥不但能说话了，还改掉了野性，苗家因此积累了浮萍能治嘶哑病的经验。
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