在音乐学院，于会泳教的课颇受学生的欢迎。新开始的民族音乐课不好上，其他的老师上课被学生评价为“没学问”，而于会泳的课却给学生以深刻的影响。别的老师都是放唱片让学生学唱，而于会泳则是自己示范唱让学生学唱，被学生誉为“又说又练的真把式”。

在上海音乐学院期间，于会泳研究了民歌、曲艺、京剧、地方戏及西方古典音乐之间的区别与联系，业务水平大有长进。他编写出版了《山东大鼓》，与人合编了《胶东民间歌曲》专集。他下乡采风时改编过几首民歌，例如《不唱山歌心不爽》、《幸福花儿遍地香》等歌曲。他谱写和出版的《女社员之歌》等歌曲和有关音乐方面的著作都别具一格。后来，他被抽调到上海京剧院为现代京剧《海港》等剧目谱曲。他在现代京剧音乐的处理上，采用西方乐器演奏京剧曲调，尤其是在唱腔设计方面，既不离京剧正宗，又有新的发展。在民族民间音乐的研究上，于会泳取得了一些成绩，他1963年出版的《民族民间音乐腔词关系研究》专著，奠定了其在中国民族民间音乐中的地位。

在学院工作期间，经同事介绍，于会泳认识了学院音工团的年轻女演员任珂，逐渐产生了感情。1953年秋，于会泳和任珂结婚。在生活安定了之后，于会泳把母亲从山东老家接到上海居住。任珂的弟弟妹妹考上

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