后来杨俊的健康状况越来越差，已经不能起床，便请使者上表陈谢。文帝告诉使者：“我这么努力的在关塞之事，开创大业，就是要做为传世之典范，而臣下们也应该守住大业不失本分。你身为一个君子，却竟然要败掉大业，我不知道要怎么责备你了。”于是杨俊羞惭恐惧，病得更重了。大都督皇甫统上表，请求恢复秦王的官职，仍没有得到同意。一年多以后，杨俊病危，才恢复上柱国之位。开皇二十年六月二十日丁丑，杨俊薨于仁寿宫。隋文帝废朝而悼伤，独孤皇后辍膳而摧痛。杨俊所有华丽奢侈的遗物，文帝下令全部烧掉，并命令送终的用具都一定要俭约，才能让后世效法。王府的幕僚请求立碑纪念，文帝说：“如果想要留名，记在一卷史书上也就够了，哪还需要用到石碑？如果子孙不能保存家业，以后石碑也不过是给人拿来做镇石而已。”

王妃崔氏因为对秦王下毒的关系，下诏将她废掉并赐死。众臣认为古有言“母以子贵，子以母贵”，如果母亲都有罪了，儿子也一样是有罪的，就像汉朝时栗姬与郭皇后的往事一样。于是秦王府的丧主竟然是官员，而不是秦王的儿子。杨俊的长女永丰公主，才十二岁，为父丧相当哀痛，在丧期过后便从此吃素；甚至往后每当忌日，便痛哭流涕而不吃不喝。又有领兵的王延，相当忠心，在杨俊过世后，绝食数日，文帝便赐药与加官，但在杨俊下葬之日时，王延号泣而亡，文帝感叹之下将他葬在杨俊的墓旁。

隋炀帝即位以后，仍立其子杨浩为秦王。江都之乱，杨浩被宇文化及立为帝，不久遭杀害，而另一子杨湛也被宇文化及杀害。

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