清朝对新疆实施统治后，对新疆境内采取三种不同的政治制度：①在南疆维吾尔族聚居地区仍然沿用伯克制，只是废除了世袭制，规定各级伯克占有不同数量的土地以及附属于这些土地上的农户，各级伯克对依附的农民拥有进行劳役制剥削的封建特权;②在乌鲁木齐附近及以东的地区，除哈密以外，实行同于内地的府县制;③对于蒙古贵族和归附清朝较早的哈密、鲁克沁等地的维吾尔族头目则实行札萨克制与封以亲王之类的爵号，拥有世袭领地。这个时期维吾尔族地区处于封建地主经济发展阶段。有些地区还保留着农奴庄园制度。
    在新疆南部地区，占人口8%以地主、富农，却占有40～50%的土地，而占人口92%的农民，只有少量土地或没有土地。主要剥削形式为伙种对分。农民种地主土地，只能分得产量的30～50%，还要替地主交纳田赋杂税，每年必须为地主作无偿劳役。靠近城镇的地主，用实物地租剥削农民。南疆的墨玉、库车、阿克苏有完整的农奴庄园。农奴主被称为“和加”(意为圣人后裔)，占有大量土地和各种农奴。他们可以随便买卖农奴或把农奴作为礼物赠送。
    
    按等级给份地，每户要有2至4个劳动力为农奴主服劳役。一些丧失土地和其他生产资料的农民纷纷沦为雇工，受到残酷的剥削和压迫，并出现了养子长工、赘婿长工。由于南疆地区的绝大部分耕地靠昆仑山、喀喇昆仑山和天山雪水灌溉，地主则垄断水源，利用掌握水权对农民进行水租剥削，或收取苛捐杂税，甚至有意破坏水源以达到兼并农民土地的目的。
    维吾尔族地区的地主经济，又往往和宗教统治相结合。宗教上层占有大量土地、房产、水磨，通称“瓦合甫”。他们利用掌握的“瓦合甫”，与世俗地主相勾结，进行封建剥削。宗教税有“吾守尔”粮，税率为收获物的十分之一;“扎卡特’’税，税率为全年产品四十分之一。买卖房屋、田产、典押、借贷、继承、遗嘱、宰牲、诉讼等都要交税，名目繁多，使广大劳动人民过着十分贫穷、落后和悲惨的生活。生产工具十分简陋，生产力低下，很多农村濒于破产的边缘，而国民党的反动统治和横征暴敛，更加速了这种进程。
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