第二阶段，日军突破清军鸭绿江防线，并在花园口登陆。

平壤之战和黄海海战后，日本为实施"作战大方针"中直隶平原决战的计划，决定以陆军第2集团军向中国辽东半岛进行登陆作战,突破渤海湾门户。陆军第1集团军则向鸭绿江清军防线发起攻击,造成对清朝祖宗陵寝之地奉天的巨大压力，掩护第2集团军的登陆作战。清廷则采纳李鸿章之议，实行"严防渤海以固京畿之藩篱,力保沈阳以顾东省之根本"(《李文忠公全书》奏稿卷七十八)的平分兵力方针。在实际兵力部署方面，由于对日军主攻方向判断失误，以及过分眷顾祖宗陵寝，集重兵于鸭绿江一线和奉天、辽阳之间。同时，为保卫北京，又令各省抽调兵力，驻守山海关至秦皇岛之间,以及天津、大沽、通州(今北京通县)等地。致使地处渤海门户正面的辽东半岛兵力不足，又多系临时填防部队，加之黄海制海权已被日军所得，失去海军掩护，防御极其空虚。

鸭绿江江防之战开始于10月24日。驻守鸭绿江北岸的清军共82营约3万人，四川提督宋庆为诸军总统。防线分中、东、西三段,以九连城一带为主防御阵地。兵力成一线部署，各部之间缺乏协同，纵深内又无强大预备队。日军第1集团军先于九连城上游的安平河口突破成功，继于虎山附近的鸭绿江上搭浮桥抢渡并攻占虎山。其他各部清军闻虎山失陷，不战而逃。26日，日军未遇抵抗即占领九连城和安东(今丹东)。清军鸭绿江防线崩溃。

在日军第1集团军进攻鸭绿江清军防线的同一天,大山岩上将指挥日军第2集团军2.5万人在日舰的掩护下，开始在旅顺后路的花园口登陆。日军的登陆活动历时十余天，清军竟坐视不问。11月6日，日军攻占金州(今属大连)。7日，分三路向大连湾进攻，发现清军早已溃散，唾手而得大连湾。17日，日军开始向旅顺口进逼。驻守旅顺口地区清军7名统领互不统属,1.4万余名官兵军心涣散。18日，日军前锋进犯土城子，只有总兵徐邦道指挥拱卫军奋勇抗击。22日，日军陷旅顺口，并血洗全城。

在战争的第二阶段，清军节节败退，不可收拾。

清廷内部的主和主张渐占上风。旅顺口失陷后，日本海军在渤海湾获得了重要的前方基地。从此，渤海湾门户洞开，北洋舰队深藏于威海卫港内，战局更加急转直下。

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