擢御前大臣，加太子太保。召还京，署工部尚书。授兵部尚书、总管内务府大臣。

四十九年，甘肃回田五等立新教，纠众为乱。授参赞大臣，从将军阿桂讨贼。旋授陕甘总督。师至隆德，田五之徒马文熹出降。攻双岘贼卡，贼拒战，阿桂令海兰察设伏，福康安往来督战，歼贼数千，遂破石峰堡，擒其渠。以功，进封嘉勇侯。转户、吏二部尚书，协办大学士。

五十二年，台湾林爽文为乱，命福康安为将军，而以海兰察为参赞大臣，督师讨之。时诸罗被围久，福建水师提督柴大纪坚守。上褒大纪，改诸罗为嘉义，以旌其功。陆路提督蔡攀龙督兵赴援，围未解。福康安师至，道新埤，援嘉义，与贼战仑仔顶，克俾长等十馀庄。会日暮，雨大至，福康安令驻师土山巅，贼经山下，昏黑无所见，发铳仰击。福康安戒诸军士毋动。既曙，雨霁，海兰察已自他道入，师与会，围解。进一等嘉勇公，赐红宝石帽顶、四团龙补服。

福康安既解嘉义围，令海兰察督兵追捕爽文，槛致京师；复得副贼庄大田。台湾平，赐黄腰带、紫缰、金黄辫珊瑚朝珠。命台湾、嘉义皆建生祠塑像，再图形紫光阁。疏请募熟番补屯丁，并陈善后诸事，要在习戎事，除奸民，清吏治，肃邮政，上悉从之。旋授闽浙总督。

五十四年，安南阮惠攻黎城，孙士毅师退。上移福康安两广总督，诏未至，福康安疏请往莅其事。上奖福康安忠，谓：「大臣视国如家，休戚相关，当若此也。」惠更名光平，乞输款，福康安为疏陈，请罢兵，上允之。

五十五年，福康安率光平朝京师，以获盗免罚总督俸。

五十六年，廓尔喀侵后藏，命福康安为将军，仍以海兰察为参赞大臣，督师讨之，免罚公俸。

五十七年三月，福康安师出青海，初春草未盛，马瘠，粮不给，督诸军速进。行四十日，至前藏，自第理浪古如绒辖、聂拉木，察地势，疾行向宗喀，至辖布基。诸道兵未集，督所部分六队，趋擦木，潜登山，夺贼前后二碉，歼贼渠三、贼二百馀，擒十馀。进次玛噶尔辖尔甲山梁，贼渠手红旗，拥众登，令设伏诱贼进，至山半，伏起横击，搴旗贼尽殪。进攻济陇，济陇当贼要隘，大碉负险，旁列诸碉卡，相与为犄角；乃分兵先翦其旁诸碉卡，并力攻大碉，缚大木为梯，督兵附碉登，毁垒。战自辰至亥，克其寨，斩六百，擒二百。捷闻，上为赋志喜诗书扇，并解御用佩囊以赐。

六月，自济陇入廓尔喀境，进克索勒拉山。度热索桥，东越峨绿山，自上游潜渡。越密里山，攻旺噶尔，克作木古拉巴载山梁。攻噶勒拉、堆补木诸山，破甲尔古拉、集木集两要寨。转战深入七百馀里，六战皆捷。上诏褒福康安劳，授武英殿大学士。福康安恃胜，军稍怠，督兵冒雨进；贼为伏以待，台斐英阿战死。廓尔喀使请和，福康安允之。廓尔喀归所掠后藏金瓦宝器，令大头人噶木第马达特塔巴等赍表进象、马及乐工一部，上许受其降。师还，加赐福康安一等轻车都统畀其子德麟，授领侍卫内大臣，视王公亲军校例，置六品顶戴蓝翎三缺，官其傔从。复图形紫光阁，大学士阿桂让福康安居首。

福康安初征金川，与海兰察合军讨乱回，同为参赞；及征台湾、定廓尔喀，皆专将，海兰察为参赞，师有功，受殊赏。上手诏谓：「福康安能克阳布，俘拉特纳巴都尔、巴都尔萨，当酬以王爵。今以受降班师，不克副初原。然福康安孝贤皇后侄，大学士傅恒子，进封为王，天下或议朕厚於后族，富察氏亦虑过盛无益。今如此蒇事，较荡平廓尔喀倍为欣慰。」阳布，廓尔喀都城；拉特纳巴都尔等，其渠名也。

五十八年，疏陈西藏善后十八事，诏从之。

安南国王阮光平卒，上虑其国且乱，命福康安如广西。福康安母卒於京师，令在任守制。福康安途中病，命御医往视。福康安疏言：「安南无事，乞还京师，冀得庐墓数日。」诏许之，加封嘉勇忠锐公。移四川总督。旋又率金川土司入觐。恒秀时为吉林将军，以采参亏库帑累民，命福康安莅谳，拟罪轻，上责福康安袒戚谊。复移云贵总督。方寒，赐御服黑狐大腿褂。

六十年，贵州苗石柳邓，湖南苗吴半生、石三保等为乱，命福康安讨之。柳邓围正大营、嗅脑营、松桃三城，福康安师至，力战，次第解三城围，赐三眼花翎。福康安率贵州兵破老虎岩贼寨，诇得柳邓踪迹。和琳时为四川总督，将四川兵来会，攻满华寨，焚贼寨四十。柳邓入湖北，投三保，三保方围永绥，福康安督兵赴援。师当渡，贼筑卡拒守。分兵出上流，缚筏，纵民牧牛，设伏；待贼至掠牛，伏起，夺贼船，所缚筏亦顺流至，师尽济。攻石花寨，越得拉山战，杀贼甚众，令总兵花连布间道援永绥，师从之，战三日，围解。

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