这件事，大大坚定了郑成功进军台湾的决心，他不顾一些将领的反对，在公元１６６１年的农历三月，率大军二万五千人，从金门出发，克服了狂风恶浪的袭击，到达鹿耳门港外。通向岛上的有两条航道，南航道水阔港深，好开大船，但荷兰人早将航道堵塞，防守严密；北航道水面窄，礁石多，大船进不去。但涨潮时，有条很窄的航路，可行大船。荷兰人没有在这里设防。郑成功选择从北航道进港，在何斌的导航下，战舰一条跟着一条，悄悄地驶进禾寮港，登上陆地。大军的到来，使台湾各族民众欢欣鼓舞，他们给大军送水送粮食，提供牛车，热情帮助。郑成功部署军队，迅速将荷兰侵略者盘踞的赤嵌城包围起来。

驻守台湾城的揆一派出水陆两支军队来救援赤嵌城。海上一支有四艘战船，最大的叫“赫克脱”号，威力强大。但郑成功水军灵活机动，勇猛顽强，几十艘战船围住它，一阵火攻炮击，“赫克脱”号燃起熊熊大火，接着发生爆炸，沉入海底。其余三艘，掉转船头就跑。其中的邮船“玛利亚”号，竟一口气逃到老窝巴达维亚（今印度尼西亚爪哇）。陆上一支援军二百多人，由彼得尔上尉率领。彼得尔与一百多名士兵被郑军击毙，其余荷军逃回台湾城。

从此，荷兰侵略者只得龟缩在城堡内。赤嵌城内荷军司令断了援军，又缺水源，先扯起白旗投降。剩下的台湾城，防守非常坚固，炮火猛烈，郑军士兵强攻，伤亡不小。因此，郑成功决定将城长期围困，逼荷军投降。

荷兰东印度公司收到逃回去的邮船“玛利亚”号的报告，派来几艘战船救援，又被郑成功水军击败。郑成功在将台湾城围困几个月后，派兵攻占了台湾城外城，使大炮直接对准城里。荷兰总督揆一感到大势已去，不得不开城投降。

受降仪式在郑成功军营里举行，郑成功高坐正中，揆一卸下佩剑，脱下军帽，毕恭毕敬地在降书上签下字，带着他的残兵败将，彻底离开了盘踞三十八年的中国宝岛。

郑成功在岛上建立了一府二县，又从大陆带去了大量的种子、农具和耕牛，组织军队和民众屯田垦荒，发展农业，为进一步开发台湾作出了积极贡献。

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