面对汹汹舆情，台湾起初表现得“无所畏惧”。1997年1月23日，当局发言人称，“南韩(指韩国)无权干涉我方核处理行为”，还拿1985年通过的旨在限制国际间核废料转运的《巴塞尔公约》作为“挡箭牌”，称公约允许具备安全条件的当事方之间相互转运核废料。1月27日，台湾又强调向朝鲜运送核废料纯属“商业行为”，希望韩国不要将此事上升到政治高度。同一天，朝鲜核专家抵达基隆港，与台湾商讨装运核废料的细节。后来消息人士向韩国媒体透露，台湾“行政院原子能委员会”成员曾受邀进入朝鲜平山废矿坑道现场检查，朝鲜还出示了核废料处理点的设计图及技术、建设等相关文件。

随着台朝核合作加紧进行，韩国的抗议活动进一步升级。1997年2月，韩国环境运动联合会在汉城(今首尔)光华门外的台湾驻韩代表处门前示威，并递交写给台湾“总统”李登辉的抗议书，宣称“北韩(指朝鲜)核废料场距汉城不到100公里，那里经常发生地震和泥石流塌方事故……台湾将自己无法处理的危险废料转让给经济困难的北韩的行为是威胁亚洲和平的严峻挑战”。韩国原子能安全技术院也表示，朝鲜平山填埋区的坑道浅，而且朝鲜在短短两年里根本无法完成正规储藏设施的建设。还有消息称，朝鲜只肯派800吨级的货船运送核废料，这就需要往返100次以上才能运完，中途出现泄漏危险的几率大大增加。

尽管台湾和朝鲜都表示“绝不让步”，但在美国应韩国所请施加压力后，台湾偃旗息鼓，自行中断了输核事宜。但事情并不算完，2001年，台湾突然重提向朝鲜运送核废料之事，并引发韩国国会4名议员前往台湾抗议。随后美国派官员赴台，在各方斡旋下，台湾不得不宣布，鉴于“北韩在运输及处理核物质技术上的不足”，“暂不适合在北韩处理台湾岛内核电站产生的废料”。2004年3月，朝鲜抗议台湾搁置运输核废料的协定，要求台方赔偿违约损失，但台湾不予理睬。

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